More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2025 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 244 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 237 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  96.62 
 
 		 237 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  89.03 
 
 		 237 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  81.97 
 
 		 236 aa  378  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  80.26 
 
 		 236 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64820  putative transcriptional regulator  74.11 
 
 		 237 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00305784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5629  putative transcriptional regulator  72.4 
 
 		 237 aa  325  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  67.87 
 
 		 239 aa  310  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  57.92 
 
 		 231 aa  269  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  53.46 
 
 		 246 aa  216  4e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0345  GntR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6553  GntR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 233 aa  175  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697702 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4140  transcriptional regulator, GntR family  44.93 
 
 		 251 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183104  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1907  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 251 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.128765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 243 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3386  GntR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 264 aa  151  8.999999999999999e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.020999 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2185  GntR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 251 aa  150  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 242 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3788  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2134  GntR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.777086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  40.99 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 273 aa  146  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1372  GntR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 242 aa  141  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 233 aa  140  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 257 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1351  GntR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  38.05 
 
 		 250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 247 aa  116  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 256 aa  92.8  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0535  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 256 aa  90.9  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0372585 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 228 aa  90.1  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 214 aa  90.1  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 230 aa  89  6e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  32.33 
 
 		 232 aa  87.4  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 226 aa  85.9  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 226 aa  85.9  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  37.56 
 
 		 237 aa  85.1  9e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 225 aa  84  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 251 aa  84  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3363  transcriptional regulator, GntR family  36.28 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 235 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.36 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 231 aa  79.7  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 		 249 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  31.09 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  39.6 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 213 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1095  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 253 aa  78.6  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.103754 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 247 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 240 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  36.77 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  31.3 
 
 		 240 aa  76.6  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 275 aa  75.5  0.0000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 232 aa  75.5  0.0000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 		 274 aa  75.5  0.0000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 263 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 241 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1044  transcriptional regulator  31.49 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000547437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  35.97 
 
 		 225 aa  75.1  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  36.67 
 
 		 233 aa  74.3  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  32.02 
 
 		 263 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>