More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1044 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1044  transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000547437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 220 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 218 aa  120  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  34.22 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0179  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 214 aa  112  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5168  transcriptional regulator, GntR family  32.72 
 
 		 234 aa  109  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8629  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 223 aa  108  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6620  transcriptional regulator, GntR family  35.2 
 
 		 207 aa  105  7e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0364591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 253 aa  102  6e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 231 aa  94.4  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 224 aa  93.2  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 219 aa  92  6e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 231 aa  92  7e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0485  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 242 aa  91.7  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  27.8 
 
 		 221 aa  91.7  8e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 233 aa  91.7  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 238 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 227 aa  90.9  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 214 aa  91.3  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 227 aa  90.9  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 241 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 242 aa  90.9  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 237 aa  90.1  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 234 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28 
 
 		 228 aa  89.4  4e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.85 
 
 		 223 aa  89  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 229 aa  88.6  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 229 aa  89  7e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 233 aa  88.2  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 217 aa  87.8  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 231 aa  87.8  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  30.39 
 
 		 218 aa  87  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 222 aa  87  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 220 aa  86.3  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 241 aa  86.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3386  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 264 aa  86.3  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.020999 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  31.14 
 
 		 257 aa  86.3  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 229 aa  86.3  4e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 232 aa  85.9  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 217 aa  85.5  6e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 255 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4210  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 229 aa  85.5  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 230 aa  85.5  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 222 aa  85.1  9e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 233 aa  85.1  9e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 237 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  30.04 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 		 232 aa  84.7  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  29.82 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 234 aa  84  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  30 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  34 
 
 		 227 aa  84  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  29.05 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  27.14 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  27.52 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  27.69 
 
 		 220 aa  82  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 212 aa  82  0.000000000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  28.02 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14130  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.377103  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 245 aa  81.6  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 220 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 242 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4842  transcriptional regulator, GntR family  35.42 
 
 		 230 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.283505  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 233 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3115  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 243 aa  80.9  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4357  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 240 aa  80.1  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.899298  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 256 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  29.02 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  29.56 
 
 		 220 aa  79.7  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>