More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3115 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3115  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  491  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1855  GntR family transcriptional regulator  84.78 
 
 		 231 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2156  transcriptional regulator, GntR family  83.04 
 
 		 243 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.695514  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2028  GntR family transcriptional regulator  82.25 
 
 		 260 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.283342 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3426  GntR family transcriptional regulator  76.13 
 
 		 243 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100034 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  54.46 
 
 		 233 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1158  transcriptional regulator, GntR family  55.11 
 
 		 227 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.511472 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1379  transcriptional regulator, GntR family  54.22 
 
 		 227 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.163127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1218  GntR domain-containing protein  54.22 
 
 		 250 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.415589 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4357  GntR family transcriptional regulator  57.62 
 
 		 240 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.899298  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4670  GntR family transcriptional regulator  54.02 
 
 		 239 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3622  GntR family transcriptional regulator  53.88 
 
 		 239 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 229 aa  238  9e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2268  GntR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 239 aa  237  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6033  transcriptional regulator, GntR family  53.7 
 
 		 239 aa  236  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  50.63 
 
 		 239 aa  235  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1839  GntR family transcriptional regulator  50.44 
 
 		 230 aa  230  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0485  GntR family transcriptional regulator  54.25 
 
 		 242 aa  230  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1233  transcriptional regulator, GntR family  50.44 
 
 		 230 aa  228  5e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2793  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 230 aa  224  8e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4842  transcriptional regulator, GntR family  50 
 
 		 230 aa  211  9e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.283505  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4050  GntR family transcriptional regulator  48.2 
 
 		 230 aa  204  8e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5951  GntR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 233 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0388156 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1523  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 223 aa  99  7e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 223 aa  99  7e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 242 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 232 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  32.28 
 
 		 231 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 222 aa  97.1  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 222 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  31.77 
 
 		 228 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.77 
 
 		 230 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  32.09 
 
 		 237 aa  94  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 231 aa  93.6  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 222 aa  94  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 222 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 240 aa  91.3  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 222 aa  90.9  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  28.78 
 
 		 227 aa  90.9  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 233 aa  88.6  8e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 226 aa  88.2  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 232 aa  87  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 214 aa  87  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 239 aa  86.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 232 aa  86.7  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 225 aa  85.5  8e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 222 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  84  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 254 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 227 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  32.55 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  30.16 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 226 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 224 aa  81.6  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  34.39 
 
 		 216 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  32.57 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  31.03 
 
 		 227 aa  79.7  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  25.91 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 244 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  32.83 
 
 		 237 aa  79  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 244 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 219 aa  78.2  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 229 aa  77.8  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 222 aa  78.2  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 249 aa  77  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  30.66 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  33.96 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  31.43 
 
 		 216 aa  76.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  27.18 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 248 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 265 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>