More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2028 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2028  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 260 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.283342 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3426  GntR family transcriptional regulator  91.77 
 
 		 243 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100034 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2156  transcriptional regulator, GntR family  88.07 
 
 		 243 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.695514  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3115  GntR family transcriptional regulator  82.25 
 
 		 243 aa  388  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1855  GntR family transcriptional regulator  81.3 
 
 		 231 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.98691 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4357  GntR family transcriptional regulator  51.48 
 
 		 240 aa  239  4e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.899298  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4670  GntR family transcriptional regulator  53.39 
 
 		 239 aa  238  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 233 aa  238  5e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3622  GntR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 239 aa  238  8e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  48.91 
 
 		 229 aa  236  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2268  GntR family transcriptional regulator  52.25 
 
 		 239 aa  235  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6033  transcriptional regulator, GntR family  52.25 
 
 		 239 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1158  transcriptional regulator, GntR family  52.44 
 
 		 227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.511472 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1379  transcriptional regulator, GntR family  52 
 
 		 227 aa  232  6e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.163127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1218  GntR domain-containing protein  48.8 
 
 		 250 aa  232  6e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.415589 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 239 aa  228  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0485  GntR family transcriptional regulator  51.12 
 
 		 242 aa  225  4e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1839  GntR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 230 aa  223  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1233  transcriptional regulator, GntR family  47.37 
 
 		 230 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2793  GntR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 230 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4842  transcriptional regulator, GntR family  45.54 
 
 		 230 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.283505  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4050  GntR family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 230 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5951  GntR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 233 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0388156 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1523  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 236 aa  133  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  99  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 223 aa  98.6  8e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 231 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 239 aa  96.3  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 222 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 223 aa  95.5  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 223 aa  95.5  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 231 aa  95.1  9e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  32.29 
 
 		 228 aa  95.5  9e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.29 
 
 		 230 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  34.83 
 
 		 214 aa  94  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 255 aa  93.2  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 		 223 aa  93.2  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 222 aa  93.2  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 222 aa  92.8  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 		 227 aa  92.4  6e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 229 aa  91.7  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 222 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 222 aa  89.7  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  31.77 
 
 		 237 aa  89.4  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 231 aa  89  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 222 aa  88.2  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 225 aa  88.2  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 240 aa  86.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 254 aa  86.3  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 233 aa  85.9  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 249 aa  85.9  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  32.6 
 
 		 219 aa  85.9  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 246 aa  84.3  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 232 aa  83.6  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  32.14 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 229 aa  82.4  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  27.64 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  26.32 
 
 		 215 aa  81.6  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 250 aa  81.3  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 221 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 240 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 214 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  32.57 
 
 		 216 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 233 aa  80.5  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 219 aa  80.5  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  30.17 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 222 aa  78.6  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 227 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 226 aa  78.2  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  30.86 
 
 		 216 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0450  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 222 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 227 aa  77.4  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>