More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0179 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_0179  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
214 aa  437  9.999999999999999e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  35.78 
 
 
229 aa  123  2e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
220 aa  109  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1044  transcriptional regulator  33.82 
 
 
234 aa  102  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000547437  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5168  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 
234 aa  101  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
218 aa  97.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 
223 aa  94.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8629  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 
223 aa  91.3  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
227 aa  89.4  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
235 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
232 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 
232 aa  86.7  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
235 aa  87  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
234 aa  85.9  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1760  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
222 aa  84.7  9e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298302  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1807  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
222 aa  84.7  9e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.521171 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1741  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
222 aa  84.7  9e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00122783  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  29.56 
 
 
233 aa  83.6  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
229 aa  83.2  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.22 
 
 
229 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
290 aa  82.4  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  29.85 
 
 
232 aa  82.8  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
231 aa  81.3  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  27.86 
 
 
222 aa  80.9  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  29.67 
 
 
229 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  28.65 
 
 
226 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 
223 aa  79.7  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
223 aa  79  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
229 aa  78.6  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
222 aa  78.6  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2296  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
216 aa  78.6  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 
221 aa  77.8  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
230 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  27.45 
 
 
218 aa  77.4  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 
233 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  27.32 
 
 
231 aa  77.4  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 
239 aa  77  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
225 aa  77  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1964  transcriptional regulator, GntR family  28.92 
 
 
229 aa  76.6  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.461761  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
230 aa  76.3  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  31.91 
 
 
244 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
217 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0200  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 
246 aa  74.7  0.0000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
233 aa  74.3  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 
233 aa  74.3  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 
222 aa  74.3  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
226 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4366  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
222 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  29.23 
 
 
231 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
229 aa  72.8  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
265 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
260 aa  73.2  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 
223 aa  72.8  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0658  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
211 aa  73.2  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.117657 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1978  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
222 aa  73.2  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
223 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0521  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
211 aa  72.4  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.803557  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1871  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
211 aa  72.4  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.909537  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  28.23 
 
 
217 aa  72  0.000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
258 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
230 aa  71.6  0.000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 
221 aa  71.6  0.000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
214 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  27.36 
 
 
219 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
267 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1522  transcriptional regulator, GntR family  28.17 
 
 
218 aa  70.9  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0103  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 
221 aa  71.2  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
242 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
229 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
232 aa  70.5  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
233 aa  70.5  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
218 aa  70.9  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
247 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3926  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 
224 aa  69.7  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
228 aa  70.1  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
229 aa  69.7  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
232 aa  69.3  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  26.13 
 
 
212 aa  69.3  0.00000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  27.62 
 
 
225 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  25.73 
 
 
233 aa  68.6  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
239 aa  68.6  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2226  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 
245 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113996  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  26.87 
 
 
227 aa  68.6  0.00000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  26.57 
 
 
223 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 
224 aa  68.6  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
244 aa  68.2  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 
209 aa  67.8  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  30.29 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
223 aa  67.8  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
255 aa  67.4  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 
241 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  26.32 
 
 
218 aa  67.4  0.0000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  31.32 
 
 
217 aa  67.8  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 
222 aa  67.8  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
219 aa  67.8  0.0000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  25.13 
 
 
212 aa  67.4  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
225 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  28.72 
 
 
217 aa  67.4  0.0000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  28.64 
 
 
222 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>