More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1544 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
221 aa  449  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1715  GntR family transcriptional regulator  58.1 
 
 
230 aa  222  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.677468  normal  0.297998 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3471  transcriptional regulator, GntR family  57.01 
 
 
234 aa  206  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.204704  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2014  GntR family transcriptional regulator  39.17 
 
 
228 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5017  GntR family transcriptional regulator  41.4 
 
 
231 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.488746  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0537  GntR family transcriptional regulator  44.25 
 
 
248 aa  136  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00104238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2015  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
239 aa  125  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3649  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 
216 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0460435 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 
232 aa  102  4e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  30.85 
 
 
216 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
230 aa  95.1  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 
216 aa  95.1  8e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
223 aa  94  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 
226 aa  93.2  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1557  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
220 aa  92.8  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.76669  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
230 aa  92.4  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 
233 aa  92.4  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 
231 aa  92.4  5e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
229 aa  92  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 
225 aa  91.7  8e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 
224 aa  91.3  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  31.71 
 
 
239 aa  90.5  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
227 aa  89.4  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
243 aa  89  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
243 aa  89  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
213 aa  89  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  28.78 
 
 
218 aa  88.6  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  32.81 
 
 
237 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  31.02 
 
 
225 aa  87.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 
240 aa  86.7  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.6 
 
 
228 aa  86.3  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 
255 aa  86.3  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 
215 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
231 aa  86.3  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
237 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  29.08 
 
 
237 aa  85.5  6e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
239 aa  85.5  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
290 aa  85.1  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
222 aa  85.1  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  28.42 
 
 
223 aa  84.7  9e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
256 aa  84.7  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
260 aa  84.7  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
244 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
253 aa  84.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 
231 aa  84.3  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  29.05 
 
 
233 aa  84.3  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
225 aa  84  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1582  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
223 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  27.65 
 
 
231 aa  84  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
229 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
251 aa  84  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
226 aa  84  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  27.62 
 
 
209 aa  83.6  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
218 aa  83.6  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
214 aa  82.8  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  27.44 
 
 
233 aa  83.2  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  29.08 
 
 
233 aa  82.8  0.000000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  32.96 
 
 
217 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  31.76 
 
 
227 aa  82.8  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  29.5 
 
 
226 aa  83.2  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
240 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
227 aa  82.8  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  30.16 
 
 
217 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
223 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
223 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  27.14 
 
 
215 aa  82.4  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 
223 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
223 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
245 aa  82.4  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
219 aa  82  0.000000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
237 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
228 aa  82  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  29.54 
 
 
247 aa  82  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
251 aa  82  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
226 aa  82  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
226 aa  81.6  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
228 aa  81.3  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 
251 aa  80.9  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
218 aa  81.3  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
223 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
230 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 
248 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  28.18 
 
 
237 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
235 aa  80.5  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 
219 aa  80.5  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
229 aa  80.9  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
229 aa  79.7  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
224 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  29.51 
 
 
240 aa  79.7  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  31.39 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
221 aa  79.7  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
219 aa  80.1  0.00000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
223 aa  79.3  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
230 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 
227 aa  79.3  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
237 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
244 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 
218 aa  79  0.00000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
230 aa  79  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>