More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0535 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0535  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 256 aa  517  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0372585 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 233 aa  106  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3788  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 237 aa  101  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 261 aa  99  6e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  29.05 
 
 		 252 aa  98.6  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  29 
 
 		 250 aa  96.3  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 256 aa  95.1  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3386  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.020999 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 237 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 227 aa  92.8  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6553  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 233 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  30.18 
 
 		 257 aa  92.8  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 231 aa  92.4  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 242 aa  92  8e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 239 aa  91.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1351  GntR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 252 aa  91.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 247 aa  91.7  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 243 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 244 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0345  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 238 aa  89.4  5e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 233 aa  89  7e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 230 aa  88.6  8e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 232 aa  87.8  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 246 aa  86.3  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  28.05 
 
 		 236 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 227 aa  86.3  5e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64820  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 237 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00305784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5629  putative transcriptional regulator  39.29 
 
 		 237 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 273 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  29.78 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  29.78 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 234 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  28.88 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2134  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.777086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 231 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 251 aa  81.6  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 222 aa  80.5  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  27.48 
 
 		 236 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 267 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  30.38 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1907  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 251 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.128765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  29.3 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2185  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 251 aa  79  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  29.07 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 254 aa  78.6  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 275 aa  78.2  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 222 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 224 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  30.97 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  32.29 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.78 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  26.8 
 
 		 274 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 221 aa  76.6  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1372  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 242 aa  76.3  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3090  GntR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.268358  normal  0.787214 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 246 aa  76.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4140  transcriptional regulator, GntR family  31.7 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183104  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  29.77 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1462  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0833  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1846  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0422  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  30.66 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2149  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.577726  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2775  transcriptional regulator, GntR family  37.59 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2102  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0736867  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 247 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 232 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  26.14 
 
 		 256 aa  75.1  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3029  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 233 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>