More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1907 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1907  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 251 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.128765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4140  transcriptional regulator, GntR family  91.24 
 
 		 251 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183104  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2185  GntR family transcriptional regulator  75.41 
 
 		 251 aa  374  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  60.36 
 
 		 261 aa  271  8.000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  59.91 
 
 		 242 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3386  GntR family transcriptional regulator  58.18 
 
 		 264 aa  249  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.020999 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  59.56 
 
 		 256 aa  247  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  54.47 
 
 		 257 aa  244  8e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1351  GntR family transcriptional regulator  56.05 
 
 		 252 aa  222  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  48.09 
 
 		 250 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  44.63 
 
 		 252 aa  181  8.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 273 aa  181  8.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 243 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2134  GntR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.777086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 231 aa  162  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 237 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 237 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 244 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5629  putative transcriptional regulator  44.17 
 
 		 237 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64820  putative transcriptional regulator  43.69 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00305784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  41.55 
 
 		 236 aa  148  9e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 239 aa  146  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  40.58 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6553  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 233 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697702 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0345  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 238 aa  133  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 233 aa  126  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1372  GntR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 242 aa  111  9e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3788  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 247 aa  95.5  7e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 217 aa  93.2  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 233 aa  92.4  6e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 		 223 aa  92.4  7e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 227 aa  92  8e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 235 aa  90.1  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 237 aa  89.4  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 252 aa  88.6  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 232 aa  88.2  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 214 aa  87.8  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.85 
 
 		 231 aa  86.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  36.92 
 
 		 228 aa  86.7  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 226 aa  85.1  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.04 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.81 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 239 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 234 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  29.56 
 
 		 229 aa  81.6  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5168  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.36 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  27.06 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  27.75 
 
 		 225 aa  79.7  0.00000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0535  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 256 aa  79  0.00000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0372585 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  25.36 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  31.51 
 
 		 219 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 248 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0450  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 222 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 229 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  33.02 
 
 		 237 aa  76.3  0.0000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 240 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  26.61 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 233 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  29.18 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 254 aa  74.7  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  29.52 
 
 		 240 aa  75.1  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 232 aa  74.7  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  30.85 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  30.85 
 
 		 238 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 252 aa  73.6  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  31.1 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  29.36 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 227 aa  72  0.000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  30.58 
 
 		 224 aa  72  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 229 aa  72  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 231 aa  72  0.000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>