More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5559 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 252 aa  499  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  55.84 
 
 		 250 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  49.36 
 
 		 242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  45.88 
 
 		 257 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 261 aa  196  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3386  GntR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 264 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.020999 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4140  transcriptional regulator, GntR family  44.83 
 
 		 251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183104  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2185  GntR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1907  GntR family transcriptional regulator  46.19 
 
 		 251 aa  178  9e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.128765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 256 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1351  GntR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 273 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 243 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 237 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 231 aa  142  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 237 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 239 aa  133  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64820  putative transcriptional regulator  41.01 
 
 		 237 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00305784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5629  putative transcriptional regulator  40.09 
 
 		 237 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2134  GntR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.777086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6553  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 233 aa  125  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697702 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  37.21 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 233 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  37.74 
 
 		 236 aa  121  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0345  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 238 aa  121  9e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3788  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 252 aa  109  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 227 aa  105  9e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1372  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0535  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 256 aa  98.2  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0372585 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 233 aa  97.4  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 232 aa  94.7  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 290 aa  94.7  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 214 aa  92.8  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 218 aa  92  9e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  33.62 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 		 223 aa  90.1  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 228 aa  90.1  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 230 aa  90.1  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  33.81 
 
 		 231 aa  89.4  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 230 aa  89.4  5e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 		 225 aa  89  7e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 231 aa  88.2  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  35.5 
 
 		 217 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 263 aa  87  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 226 aa  87.8  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 230 aa  86.3  4e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 235 aa  85.9  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 251 aa  86.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 233 aa  85.9  6e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 254 aa  85.9  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  34.13 
 
 		 263 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 		 231 aa  85.5  7e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 218 aa  85.1  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  31.93 
 
 		 227 aa  84  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  34.83 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 232 aa  83.6  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  32.68 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 220 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 274 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 225 aa  83.2  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  36.54 
 
 		 237 aa  82  0.000000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 224 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  33.65 
 
 		 229 aa  81.6  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  29.5 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  34.18 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4824  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 231 aa  79  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679029  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6111  GntR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 226 aa  79  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 242 aa  78.6  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 229 aa  78.6  0.00000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 233 aa  78.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>