More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2043 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 237 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  91.56 
 
 		 237 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  89.03 
 
 		 237 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  89.03 
 
 		 244 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  81.55 
 
 		 236 aa  374  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  79.4 
 
 		 236 aa  363  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64820  putative transcriptional regulator  71.24 
 
 		 237 aa  321  5e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00305784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5629  putative transcriptional regulator  70.39 
 
 		 237 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  65.81 
 
 		 239 aa  316  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  57.47 
 
 		 231 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0345  GntR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 238 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6553  GntR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697702 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 243 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3386  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 264 aa  157  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.020999 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  44.61 
 
 		 233 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2134  GntR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 240 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.777086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 256 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3788  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 238 aa  149  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  42 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  42.27 
 
 		 257 aa  148  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 242 aa  145  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1907  GntR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 251 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.128765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4140  transcriptional regulator, GntR family  42.03 
 
 		 251 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183104  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 273 aa  141  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  40.6 
 
 		 252 aa  139  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2185  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 251 aa  138  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1372  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 224 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1351  GntR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 252 aa  129  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  38.54 
 
 		 250 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0535  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 256 aa  102  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0372585 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 256 aa  91.3  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 252 aa  89.7  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 225 aa  86.7  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 		 232 aa  87  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 221 aa  85.5  6e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  38.54 
 
 		 237 aa  85.5  7e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  29.3 
 
 		 223 aa  84  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  38.89 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 229 aa  82.4  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 221 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  31.46 
 
 		 224 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3363  transcriptional regulator, GntR family  36.02 
 
 		 218 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2945  transcriptional regulator, GntR family  40.28 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000364354  hitchhiker  0.000119928 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  39.6 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  33.99 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 237 aa  78.6  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 242 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 267 aa  77.8  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  31.22 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 217 aa  78.2  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 231 aa  78.2  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  28.88 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1526  GntR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.625253  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  39.16 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 262 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 262 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 242 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 242 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  32.41 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 275 aa  75.5  0.0000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1095  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 253 aa  75.5  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.103754 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 235 aa  75.1  0.0000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 243 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>