More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4106 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4106  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
485 aa  938    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0438089  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3900  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.63 
 
 
488 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362136  normal  0.120633 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50 
 
 
480 aa  391  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2412  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  51.43 
 
 
498 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.376385  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  52.58 
 
 
484 aa  371  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00556392  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4021  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.12 
 
 
483 aa  354  2e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227062  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2135  putative outer membrane channel lipoprotein  50.58 
 
 
483 aa  333  3e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0693732  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3473  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.58 
 
 
525 aa  314  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0809824  normal  0.12883 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.58 
 
 
525 aa  314  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05806  putative outer membrane lipoprotein  45.58 
 
 
490 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  43.05 
 
 
522 aa  298  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2620  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.27 
 
 
476 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.250647  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7487  nodulation protein T precursor  37.23 
 
 
490 aa  280  6e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5661  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.61 
 
 
474 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434988 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2969  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.68 
 
 
521 aa  265  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0473901 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.15 
 
 
477 aa  202  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.92 
 
 
489 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.48 
 
 
475 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.07 
 
 
509 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  31.63 
 
 
479 aa  176  9e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  33.79 
 
 
520 aa  172  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.89 
 
 
496 aa  166  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.89 
 
 
496 aa  166  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1627  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.56 
 
 
538 aa  164  3e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  29.71 
 
 
483 aa  164  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.68 
 
 
502 aa  163  8.000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.24 
 
 
483 aa  162  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.8 
 
 
501 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.31 
 
 
493 aa  162  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.57 
 
 
487 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2315  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.35 
 
 
475 aa  160  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2826  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.35 
 
 
475 aa  160  5e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349908  normal  0.4485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.37 
 
 
504 aa  160  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.25 
 
 
493 aa  156  6e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.26 
 
 
475 aa  156  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  30.48 
 
 
503 aa  156  9e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.28 
 
 
485 aa  155  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.67 
 
 
490 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.11 
 
 
481 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.68 
 
 
480 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.04 
 
 
495 aa  152  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.55 
 
 
518 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.52 
 
 
482 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.64 
 
 
493 aa  152  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3706  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.76 
 
 
498 aa  152  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0175295 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  28.83 
 
 
512 aa  151  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.99 
 
 
491 aa  150  4e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.12 
 
 
492 aa  150  5e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.21 
 
 
470 aa  150  6e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0738  major facilitator superfamily multidrug efflux pump, outer membrane lipoprotein  29.77 
 
 
477 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280425  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.47 
 
 
471 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4418  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.32 
 
 
477 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.641884  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.9 
 
 
487 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.36 
 
 
489 aa  147  4.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.26 
 
 
495 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  28.07 
 
 
520 aa  147  5e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.52 
 
 
497 aa  147  5e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.26 
 
 
464 aa  147  6e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  32.87 
 
 
491 aa  146  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.13 
 
 
479 aa  146  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.74 
 
 
516 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6853  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.63 
 
 
491 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.64 
 
 
511 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.15 
 
 
489 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  29.55 
 
 
547 aa  146  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.04 
 
 
512 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2816  outer membrane efflux family protein  32.72 
 
 
482 aa  145  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.719657  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.42 
 
 
486 aa  145  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.26 
 
 
488 aa  144  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.3 
 
 
480 aa  144  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.38 
 
 
499 aa  143  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  29.19 
 
 
479 aa  143  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.44 
 
 
514 aa  142  9e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3590  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.71 
 
 
491 aa  142  9e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.4 
 
 
505 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
476 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.9 
 
 
494 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.97 
 
 
481 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.71 
 
 
486 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2443  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.4 
 
 
544 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167735  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1951  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.99 
 
 
480 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0887  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.14 
 
 
586 aa  140  4.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000421492  hitchhiker  0.0000263613 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.77 
 
 
484 aa  140  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.77 
 
 
484 aa  140  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.86 
 
 
486 aa  140  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.31 
 
 
486 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  28.48 
 
 
479 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.02 
 
 
496 aa  139  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.67 
 
 
495 aa  138  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.11 
 
 
470 aa  138  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  30.22 
 
 
511 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.12 
 
 
485 aa  138  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  29.11 
 
 
486 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4008  outer membrane protein oprM  29.08 
 
 
468 aa  138  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3584  outer membrane protein oprM  28.67 
 
 
468 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.67 
 
 
468 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.77 
 
 
504 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  28.6 
 
 
569 aa  137  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.55 
 
 
477 aa  137  4e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.64 
 
 
477 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>