More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3900 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3900  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
488 aa  929    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362136  normal  0.120633 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.76 
 
 
480 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2412  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  57.75 
 
 
498 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.376385  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4106  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  55.95 
 
 
485 aa  413  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0438089  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  58.04 
 
 
484 aa  409  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00556392  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4021  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.28 
 
 
483 aa  394  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227062  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3473  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.49 
 
 
525 aa  301  2e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0809824  normal  0.12883 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.49 
 
 
525 aa  301  2e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2135  putative outer membrane channel lipoprotein  49.42 
 
 
483 aa  293  4e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0693732  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  44.3 
 
 
522 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05806  putative outer membrane lipoprotein  43.53 
 
 
490 aa  287  2.9999999999999996e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7487  nodulation protein T precursor  37.83 
 
 
490 aa  283  7.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2620  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.19 
 
 
476 aa  266  8e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.250647  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2969  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.55 
 
 
521 aa  259  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0473901 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5661  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.83 
 
 
474 aa  251  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434988 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.33 
 
 
489 aa  182  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.4 
 
 
509 aa  179  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.97 
 
 
518 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.19 
 
 
493 aa  177  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  34.44 
 
 
479 aa  176  6e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.45 
 
 
475 aa  172  9e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.94 
 
 
504 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.14 
 
 
520 aa  172  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.28 
 
 
477 aa  171  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.31 
 
 
520 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.67 
 
 
501 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.85 
 
 
493 aa  161  2e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.02 
 
 
492 aa  155  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2819  outer membrane protein OprJ  32.51 
 
 
468 aa  154  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.980235 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.1 
 
 
487 aa  154  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.15 
 
 
475 aa  154  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  30.59 
 
 
483 aa  152  8.999999999999999e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.2 
 
 
482 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
480 aa  152  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.83 
 
 
487 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.34 
 
 
497 aa  150  4e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.87 
 
 
476 aa  150  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.42 
 
 
474 aa  150  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  31.74 
 
 
503 aa  149  9e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.28 
 
 
521 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2826  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.44 
 
 
475 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349908  normal  0.4485 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2315  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.44 
 
 
475 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.96 
 
 
491 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.42 
 
 
481 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.66 
 
 
499 aa  148  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.12 
 
 
482 aa  147  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.67 
 
 
525 aa  147  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2756  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.21 
 
 
469 aa  147  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0415066  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.03 
 
 
493 aa  147  5e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.73 
 
 
492 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.75 
 
 
457 aa  145  1e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.39 
 
 
467 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41681  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  30.9 
 
 
479 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.17 
 
 
496 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.17 
 
 
496 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.42 
 
 
516 aa  145  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.66 
 
 
499 aa  145  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.95 
 
 
486 aa  145  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1416  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.47 
 
 
469 aa  144  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
514 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.330678  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.61 
 
 
495 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.35 
 
 
502 aa  144  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1768  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
493 aa  144  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.73 
 
 
486 aa  144  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.25 
 
 
489 aa  144  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
514 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1745  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
498 aa  144  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.134149  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.84 
 
 
510 aa  143  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379784  normal  0.0805194 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4223  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.84 
 
 
510 aa  143  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00337155  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.41 
 
 
483 aa  143  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.26 
 
 
477 aa  143  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1056  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
498 aa  143  8e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.14613  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0170  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
498 aa  143  8e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0737823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0996  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
498 aa  143  8e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  25.62 
 
 
479 aa  142  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  31.37 
 
 
474 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.05 
 
 
489 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.88 
 
 
490 aa  141  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  29.56 
 
 
479 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.21 
 
 
479 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.68 
 
 
471 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.19 
 
 
511 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1854  putative outer membrane multidrug resistance lipoprotein  33.69 
 
 
475 aa  140  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.22 
 
 
469 aa  140  6e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4646  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.16 
 
 
498 aa  140  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0590697  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2559  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.98 
 
 
527 aa  140  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  30.11 
 
 
474 aa  140  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.99 
 
 
512 aa  140  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.73 
 
 
480 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.49 
 
 
495 aa  139  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4977  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.54 
 
 
476 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  31.52 
 
 
491 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  29.75 
 
 
490 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  31.46 
 
 
492 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5238  outer membrane protein OprM  32.99 
 
 
475 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.3 
 
 
489 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5135  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.89 
 
 
493 aa  139  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.75 
 
 
495 aa  139  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.49 
 
 
502 aa  139  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1427  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.53 
 
 
498 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0987986 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>