More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2412 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2412  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
498 aa  968    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.376385  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3900  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.42 
 
 
488 aa  436  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362136  normal  0.120633 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.84 
 
 
480 aa  425  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  55.89 
 
 
484 aa  419  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00556392  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4021  RND efflux system outer membrane lipoprotein  54.45 
 
 
483 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227062  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4106  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.9 
 
 
485 aa  396  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0438089  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3473  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.5 
 
 
525 aa  326  6e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0809824  normal  0.12883 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.5 
 
 
525 aa  326  6e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  44.18 
 
 
522 aa  325  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2135  putative outer membrane channel lipoprotein  46.01 
 
 
483 aa  300  4e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0693732  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05806  putative outer membrane lipoprotein  40.21 
 
 
490 aa  297  3e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7487  nodulation protein T precursor  37.87 
 
 
490 aa  281  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2969  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.25 
 
 
521 aa  276  9e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0473901 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2620  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.56 
 
 
476 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.250647  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5661  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.12 
 
 
474 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434988 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.92 
 
 
520 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.7 
 
 
477 aa  184  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.03 
 
 
509 aa  182  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.99 
 
 
475 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.25 
 
 
496 aa  170  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.25 
 
 
496 aa  170  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.47 
 
 
504 aa  169  9e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.03 
 
 
493 aa  169  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.5 
 
 
482 aa  168  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.62 
 
 
488 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.97 
 
 
500 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.79 
 
 
520 aa  167  4e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3706  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.94 
 
 
498 aa  167  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0175295 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.73 
 
 
486 aa  167  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30 
 
 
475 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.96 
 
 
518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  28.66 
 
 
569 aa  165  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  29.55 
 
 
547 aa  163  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.07 
 
 
470 aa  162  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.71 
 
 
501 aa  159  9e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.58 
 
 
558 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  30.27 
 
 
479 aa  159  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.21 
 
 
471 aa  159  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.8 
 
 
505 aa  158  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.41 
 
 
486 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.04 
 
 
482 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.05 
 
 
492 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.77 
 
 
516 aa  158  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.07 
 
 
491 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.79 
 
 
591 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.85 
 
 
480 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.05 
 
 
470 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.75 
 
 
502 aa  157  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.19 
 
 
477 aa  157  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.29 
 
 
560 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.57 
 
 
489 aa  156  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.44 
 
 
504 aa  156  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.59 
 
 
501 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.91 
 
 
497 aa  155  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  26.77 
 
 
518 aa  155  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  27.62 
 
 
486 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.49 
 
 
464 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2315  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.98 
 
 
475 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.42 
 
 
477 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2826  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.98 
 
 
475 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349908  normal  0.4485 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.49 
 
 
476 aa  154  5e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.71 
 
 
485 aa  154  5e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.76 
 
 
514 aa  154  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.63 
 
 
499 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.51 
 
 
561 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.35 
 
 
495 aa  152  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.51 
 
 
561 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.08 
 
 
486 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  29.41 
 
 
492 aa  151  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.44 
 
 
482 aa  152  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2819  outer membrane protein OprJ  29.85 
 
 
468 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.980235 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.42 
 
 
469 aa  151  3e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.75 
 
 
496 aa  150  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.24 
 
 
490 aa  150  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.29 
 
 
480 aa  150  6e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.75 
 
 
504 aa  150  6e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3271  outer membrane efflux protein OprA  29.74 
 
 
467 aa  150  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.44 
 
 
486 aa  150  7e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.31 
 
 
484 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.23 
 
 
521 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  27.9 
 
 
483 aa  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.45 
 
 
481 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  30.74 
 
 
474 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.82 
 
 
511 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0887  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.77 
 
 
586 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000421492  hitchhiker  0.0000263613 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.65 
 
 
485 aa  149  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.18 
 
 
531 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2963  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  28.86 
 
 
487 aa  147  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.72 
 
 
516 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  30.63 
 
 
474 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.63 
 
 
477 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  30.28 
 
 
511 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31 
 
 
495 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4247  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.2 
 
 
484 aa  147  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0143571  normal  0.053898 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.18 
 
 
525 aa  147  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6823  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.87 
 
 
480 aa  147  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.248499 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.98 
 
 
514 aa  147  5e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.37 
 
 
512 aa  147  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3836  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.95 
 
 
471 aa  147  6e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.232227  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.51 
 
 
467 aa  147  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41681  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>