More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3473 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  80.44 
 
 
522 aa  718    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
525 aa  1025    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3473  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
525 aa  1025    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0809824  normal  0.12883 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.67 
 
 
480 aa  319  6e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7487  nodulation protein T precursor  39.47 
 
 
490 aa  308  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05806  putative outer membrane lipoprotein  42.3 
 
 
490 aa  306  6e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2620  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.97 
 
 
476 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.250647  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4106  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.58 
 
 
485 aa  299  8e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0438089  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2135  putative outer membrane channel lipoprotein  45.88 
 
 
483 aa  299  8e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0693732  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.74 
 
 
484 aa  298  1e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00556392  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3900  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.8 
 
 
488 aa  288  2e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362136  normal  0.120633 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2412  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.67 
 
 
498 aa  284  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.376385  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4021  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.24 
 
 
483 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227062  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2969  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.19 
 
 
521 aa  283  8.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0473901 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5661  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.71 
 
 
474 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434988 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.76 
 
 
509 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  36.11 
 
 
504 aa  249  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  34.61 
 
 
503 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.81 
 
 
518 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.6 
 
 
487 aa  233  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.79 
 
 
501 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  34.79 
 
 
490 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.38 
 
 
493 aa  213  7e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  33.75 
 
 
498 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.79 
 
 
496 aa  212  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.79 
 
 
496 aa  212  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.54 
 
 
495 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.12 
 
 
502 aa  211  3e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34 
 
 
481 aa  211  4e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  34.08 
 
 
499 aa  211  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.47 
 
 
512 aa  208  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.93 
 
 
494 aa  205  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  33.14 
 
 
569 aa  205  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  33.2 
 
 
483 aa  204  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.96 
 
 
495 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.02 
 
 
520 aa  204  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.68 
 
 
480 aa  204  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.48 
 
 
509 aa  203  6e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.37 
 
 
514 aa  202  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  32.68 
 
 
547 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  34.9 
 
 
479 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
504 aa  201  3e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.09 
 
 
482 aa  201  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.74 
 
 
496 aa  200  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  31.16 
 
 
558 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.13 
 
 
495 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.72 
 
 
511 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.6 
 
 
489 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.78 
 
 
517 aa  197  5.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.93 
 
 
477 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3582  RND efflux transporter  35.55 
 
 
496 aa  197  6e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.78 
 
 
520 aa  196  6e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.78 
 
 
489 aa  196  9e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.81 
 
 
493 aa  196  9e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2332  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.2 
 
 
496 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.61 
 
 
517 aa  195  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.21 
 
 
517 aa  195  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.91 
 
 
523 aa  195  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.72 
 
 
495 aa  194  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.63 
 
 
521 aa  194  4e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.86 
 
 
479 aa  194  4e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.13 
 
 
495 aa  193  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.13 
 
 
495 aa  193  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.13 
 
 
495 aa  193  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  33.81 
 
 
479 aa  193  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.63 
 
 
475 aa  192  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.07 
 
 
523 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.99 
 
 
486 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.61 
 
 
475 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.57 
 
 
477 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.07 
 
 
523 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.33 
 
 
486 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.07 
 
 
523 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  34.38 
 
 
508 aa  190  5.999999999999999e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34 
 
 
489 aa  190  5.999999999999999e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.65 
 
 
497 aa  190  5.999999999999999e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.39 
 
 
512 aa  189  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  32.7 
 
 
479 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.62 
 
 
490 aa  189  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  32.25 
 
 
512 aa  189  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.02 
 
 
501 aa  188  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.02 
 
 
501 aa  188  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.14 
 
 
513 aa  188  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6515  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.48 
 
 
477 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0241936 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.69 
 
 
477 aa  187  4e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.58 
 
 
523 aa  187  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.95 
 
 
511 aa  187  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.43 
 
 
500 aa  186  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.27 
 
 
472 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.66 
 
 
505 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  33.47 
 
 
511 aa  184  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.85 
 
 
486 aa  184  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.96 
 
 
482 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.49 
 
 
533 aa  183  6e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3841  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.59 
 
 
490 aa  183  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626052  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.94 
 
 
520 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  28.87 
 
 
518 aa  182  1e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.74 
 
 
516 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3082  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.5 
 
 
536 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000116407 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.71 
 
 
546 aa  182  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>