More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2969 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2969  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
521 aa  1026    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0473901 
 
 
-
 
NC_003296  RS05806  putative outer membrane lipoprotein  56.6 
 
 
490 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2620  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  53.81 
 
 
476 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.250647  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7487  nodulation protein T precursor  43.53 
 
 
490 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5661  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.17 
 
 
474 aa  351  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434988 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.68 
 
 
525 aa  335  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3473  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.68 
 
 
525 aa  335  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0809824  normal  0.12883 
 
 
-
 
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  42.67 
 
 
522 aa  323  5e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.22 
 
 
484 aa  314  2.9999999999999996e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00556392  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.44 
 
 
480 aa  313  4.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2135  putative outer membrane channel lipoprotein  47.22 
 
 
483 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0693732  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4021  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.9 
 
 
483 aa  303  7.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227062  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4106  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.27 
 
 
485 aa  293  6e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0438089  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2412  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.42 
 
 
498 aa  278  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.376385  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3900  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.78 
 
 
488 aa  270  5e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362136  normal  0.120633 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.58 
 
 
493 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  34.36 
 
 
503 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.53 
 
 
501 aa  227  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.97 
 
 
509 aa  225  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  36.48 
 
 
504 aa  220  6e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.81 
 
 
489 aa  208  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.12 
 
 
520 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.82 
 
 
518 aa  200  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.46 
 
 
477 aa  200  5e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.91 
 
 
497 aa  199  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  31.56 
 
 
483 aa  198  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.92 
 
 
520 aa  197  3e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.6 
 
 
514 aa  197  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.05 
 
 
494 aa  196  6e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  33.05 
 
 
479 aa  192  9e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.76 
 
 
471 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.76 
 
 
471 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.99 
 
 
495 aa  190  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.29 
 
 
472 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.54 
 
 
471 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.94 
 
 
489 aa  188  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.27 
 
 
485 aa  187  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.12 
 
 
482 aa  186  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  33.83 
 
 
479 aa  186  6e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.12 
 
 
477 aa  186  7e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.14 
 
 
513 aa  186  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.66 
 
 
515 aa  186  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.92 
 
 
497 aa  186  9e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
483 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.06 
 
 
479 aa  185  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.87 
 
 
511 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  31.84 
 
 
479 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.07 
 
 
502 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.51 
 
 
512 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.43 
 
 
473 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.5 
 
 
509 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
495 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.62 
 
 
475 aa  183  7e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.18 
 
 
496 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
471 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.18 
 
 
496 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.85 
 
 
493 aa  181  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.66 
 
 
512 aa  182  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.55 
 
 
487 aa  180  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.98 
 
 
483 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  31.33 
 
 
512 aa  180  5.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.17 
 
 
514 aa  180  5.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.32 
 
 
495 aa  180  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.75 
 
 
480 aa  179  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.52 
 
 
495 aa  179  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.83 
 
 
486 aa  179  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  29.46 
 
 
558 aa  178  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  30.32 
 
 
498 aa  179  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.2 
 
 
495 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.13 
 
 
495 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.13 
 
 
495 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.13 
 
 
495 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.2 
 
 
486 aa  177  4e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.48 
 
 
512 aa  177  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.32 
 
 
488 aa  177  4e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  29.17 
 
 
518 aa  176  7e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.51 
 
 
482 aa  176  7e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.71 
 
 
517 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.42 
 
 
477 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.67 
 
 
512 aa  176  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  29.51 
 
 
547 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.51 
 
 
484 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.43 
 
 
465 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  28.93 
 
 
569 aa  175  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.19 
 
 
485 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  30.08 
 
 
499 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.1 
 
 
457 aa  175  1.9999999999999998e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.99 
 
 
520 aa  175  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.71 
 
 
517 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.7 
 
 
511 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.39 
 
 
500 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.42 
 
 
486 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  31.29 
 
 
508 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.04 
 
 
465 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  30.62 
 
 
511 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.5 
 
 
484 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.06 
 
 
523 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.77 
 
 
462 aa  172  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.92 
 
 
504 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.65 
 
 
541 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>