More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00345 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00345  putative general secretion pathway GSPF-related transmembrane protein  100 
 
 		 397 aa  794    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.654109  normal  0.604529 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2420  type II secretion system protein  35.06 
 
 		 393 aa  193  5e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1972  type II secretion system protein  33.33 
 
 		 395 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.603788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1342  type II secretion system protein  32.57 
 
 		 395 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1433  type II secretion system protein F  34.64 
 
 		 392 aa  177  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1294  type II secretion system protein F  36.22 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0082723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3879  type II secretion system protein  32.65 
 
 		 397 aa  166  5e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28630  Type II secretion system protein F  31.66 
 
 		 396 aa  166  9e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2338  type II secretion system protein  34.63 
 
 		 396 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2516  type II secretion system protein  34.2 
 
 		 396 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136161 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3424  type II secretion system protein  33.94 
 
 		 403 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.766631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2589  type II secretion system protein  29.97 
 
 		 394 aa  159  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2613  type II secretion system protein  34.13 
 
 		 382 aa  159  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.95954 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2309  putative GSPF-related transmembrane protein  35.36 
 
 		 400 aa  155  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.281801  normal  0.163088 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2793  type II secretion system protein  33.16 
 
 		 396 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.289636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1432  type II secretion system protein  31.63 
 
 		 393 aa  153  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4712  Type II secretory pathway, gspf-related transmembrane protein  30.61 
 
 		 413 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.992517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3222  type II secretion system protein  31.58 
 
 		 394 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.333811 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05990  Tfp pilus biogenesis protein PilC  24.6 
 
 		 401 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1865  type II secretion system protein  26.32 
 
 		 402 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.334713 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1685  type II secretory pathway, component PulF  26.82 
 
 		 402 aa  147  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000381238  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1923  type II secretion system protein  27.62 
 
 		 402 aa  146  5e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.919085  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0227  general secretion pathway protein F  27.15 
 
 		 404 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1784  type IV pilus biogenesis protein PilC, putative  27.64 
 
 		 402 aa  135  9e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  30.1 
 
 		 405 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  29.84 
 
 		 405 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  28.82 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  28.82 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  28.82 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  28.82 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0061  general secretion pathway protein F  29.5 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  28.82 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  28.82 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  28.86 
 
 		 405 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  24.23 
 
 		 406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2412  type II secretion system protein  27.03 
 
 		 405 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3072  general secretion pathway protein F  29.12 
 
 		 405 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000734436 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4159  type II secretion system protein  28.2 
 
 		 427 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00287604 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1506  type II secretion system protein  24.64 
 
 		 403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000781072  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0079  general secretion pathway protein F  28.68 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  28 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0010  general secretion pathway protein F  28.68 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0060  general secretion pathway protein F  28.68 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.211909  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3116  general secretory pathway F transmembrane protein  28.5 
 
 		 403 aa  127  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0060  general secretion pathway protein F  29.43 
 
 		 405 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0107  general secretion pathway protein F  24.94 
 
 		 410 aa  126  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0050  general secretion pathway protein F  29.43 
 
 		 405 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.899692  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02971  general secretion pathway GSPF-like transmembrane protein  31.94 
 
 		 395 aa  126  8.000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3255  type II secretion system protein  26.42 
 
 		 403 aa  126  9e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1300  type II secretion system protein  25.65 
 
 		 405 aa  125  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0254672 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1317  type II secretory pathway protein LspF  26.49 
 
 		 399 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3242  general secretion pathway protein F  28.43 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0233  general secretion pathway protein F  23.34 
 
 		 406 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2271  type II secretion system protein F  21.53 
 
 		 401 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1745  type II secretion system protein  23.41 
 
 		 406 aa  124  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1314  type II secretory pathway protein LspF  26.61 
 
 		 399 aa  123  5e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3401  general secretion pathway protein F  27.44 
 
 		 403 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2069  fimbrial assembly protein PilC-like  28.11 
 
 		 410 aa  123  6e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0099  general secretion pathway protein F  23.99 
 
 		 396 aa  122  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3054  general secretion pathway protein F  28.06 
 
 		 403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1036  type II secretion system protein  25.58 
 
 		 401 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  23.83 
 
 		 402 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2371  general secretion pathway protein F  25.68 
 
 		 410 aa  120  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.371859  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  25 
 
 		 463 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0681  type II secretion system protein  27.86 
 
 		 407 aa  120  3.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.524718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  25 
 
 		 463 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1350  general secretion pathway protein F  25.92 
 
 		 403 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0770  type II secretion system protein  26.9 
 
 		 405 aa  120  6e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02677  general secretion pathway protein F  27.96 
 
 		 405 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1450  type II secretion system protein  26.88 
 
 		 405 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  25.82 
 
 		 409 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2392  general secretion pathway protein F  25.99 
 
 		 404 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000517266 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3231  general secretion pathway protein F  28.46 
 
 		 405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101612  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0130  type II secretory pathway, component PulF  30.59 
 
 		 401 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  23.44 
 
 		 422 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2569  type II secretion system protein F  21.29 
 
 		 401 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  24.26 
 
 		 422 aa  117  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1638  type II secretion system protein  23.86 
 
 		 404 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4356  general secretion pathway protein F  23.87 
 
 		 407 aa  117  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3617  general secretion pathway protein F  24.59 
 
 		 406 aa  117  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1575  type II secretion system protein  24.48 
 
 		 403 aa  117  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.377421  normal  0.0567328 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1612  type II secretion system protein  23.86 
 
 		 404 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  24.81 
 
 		 407 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0544  general secretion pathway protein F  29.41 
 
 		 411 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3554  type II secretion system protein  22.54 
 
 		 401 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  23.21 
 
 		 423 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0857  general secretory pathway protein F  26.9 
 
 		 405 aa  116  8.999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.555035  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1011  type II secretion system protein  21.61 
 
 		 413 aa  115  1.0000000000000001e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  23.28 
 
 		 423 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2031  general secretion pathway protein F  27.45 
 
 		 405 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  23 
 
 		 422 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2304  general secretion pathway protein F  23.36 
 
 		 406 aa  113  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  23.53 
 
 		 404 aa  113  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2182  general secretion pathway protein F  25.39 
 
 		 399 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24010  general secretion pathway protein F  27.53 
 
 		 405 aa  113  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1040  Type II secretion system F domain protein  22.91 
 
 		 413 aa  112  8.000000000000001e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0607  general secretion pathway protein F  25.56 
 
 		 400 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000348524 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3394  general secretion pathway protein F  26.15 
 
 		 405 aa  112  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.955056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2961  type II secretion system protein  24.93 
 
 		 424 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  23.95 
 
 		 420 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>