More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2613 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2613  type II secretion system protein  100 
 
 		 382 aa  732    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.95954 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4712  Type II secretory pathway, gspf-related transmembrane protein  38.92 
 
 		 413 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.992517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28630  Type II secretion system protein F  38.46 
 
 		 396 aa  206  7e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1972  type II secretion system protein  36.84 
 
 		 395 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.603788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2420  type II secretion system protein  37.4 
 
 		 393 aa  204  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2309  putative GSPF-related transmembrane protein  40.12 
 
 		 400 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.281801  normal  0.163088 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2338  type II secretion system protein  39.58 
 
 		 396 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3424  type II secretion system protein  39.1 
 
 		 403 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.766631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2516  type II secretion system protein  38.73 
 
 		 396 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136161 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2793  type II secretion system protein  39.67 
 
 		 396 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.289636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1433  type II secretion system protein F  37.4 
 
 		 392 aa  191  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2589  type II secretion system protein  37.57 
 
 		 394 aa  186  6e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1294  type II secretion system protein F  38.5 
 
 		 389 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0082723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1342  type II secretion system protein  36.78 
 
 		 395 aa  180  4e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3879  type II secretion system protein  36.34 
 
 		 397 aa  169  9e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1865  type II secretion system protein  32.48 
 
 		 402 aa  167  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.334713 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1784  type IV pilus biogenesis protein PilC, putative  32.84 
 
 		 402 aa  164  3e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1450  type II secretion system protein  34.25 
 
 		 405 aa  164  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3222  type II secretion system protein  36.54 
 
 		 394 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.333811 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  32.65 
 
 		 405 aa  156  6e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1923  type II secretion system protein  31.87 
 
 		 402 aa  155  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.919085  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1432  type II secretion system protein  33.72 
 
 		 393 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00345  putative general secretion pathway GSPF-related transmembrane protein  34.13 
 
 		 397 aa  153  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.654109  normal  0.604529 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1278  type II secretion system protein  33.04 
 
 		 401 aa  153  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02971  general secretion pathway GSPF-like transmembrane protein  35.21 
 
 		 395 aa  152  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1685  type II secretory pathway, component PulF  27.43 
 
 		 402 aa  144  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000381238  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0130  type II secretory pathway, component PulF  34.62 
 
 		 401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0407  type II secretion system protein  27.16 
 
 		 419 aa  140  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  28.95 
 
 		 405 aa  140  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1104  Type II secretion system F domain protein  29.2 
 
 		 401 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.250932  decreased coverage  0.00579509 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  27.86 
 
 		 404 aa  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1395  type II secretion system protein  30.21 
 
 		 405 aa  136  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  28.78 
 
 		 403 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1493  type IV pilus biogenesis protein PilC  29.03 
 
 		 405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.181113  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2421  type II secretion system protein  33.33 
 
 		 402 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.610249  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  30.06 
 
 		 405 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3177  type II secretion system protein  27.91 
 
 		 419 aa  134  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1552  type II secretion system protein  31.61 
 
 		 402 aa  133  6e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0298839 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  26.63 
 
 		 406 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0638  type II secretion system protein  28.41 
 
 		 408 aa  132  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00492015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4697  type II secretion system protein  26.54 
 
 		 406 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2142  type II secretion system protein  26.71 
 
 		 402 aa  132  9e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0354555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3005  type II secretion system protein  33.04 
 
 		 401 aa  130  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00232151 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  28.65 
 
 		 417 aa  130  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002544  type 4 fimbrial assembly protein PilC  25.74 
 
 		 407 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000177594  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  28.5 
 
 		 417 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  27.03 
 
 		 419 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0925  type IV pilus biogenesis protein PilC  26.68 
 
 		 405 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2412  type II secretion system protein  27.03 
 
 		 405 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  26.93 
 
 		 422 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  27.81 
 
 		 417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2147  putative general protein secretion protein  27.3 
 
 		 405 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  28.99 
 
 		 409 aa  127  3e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1127  type II secretion system protein  28.53 
 
 		 411 aa  127  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.580874  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  26.39 
 
 		 463 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2369  type IV pilus assembly protein PilC  26.74 
 
 		 407 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.529559  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2095  type IV pilin biogenesis protein PilC  29.36 
 
 		 404 aa  126  7e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  26.39 
 
 		 463 aa  126  7e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  29.45 
 
 		 410 aa  125  9e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  27.41 
 
 		 409 aa  125  9e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0549  type II secretion system protein  26.82 
 
 		 408 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03470  hypothetical protein  25 
 
 		 407 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1584  type II secretion system protein  28.82 
 
 		 422 aa  125  1e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.738971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1638  type II secretion system protein  25.2 
 
 		 404 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0797  type II secretion system protein  27.49 
 
 		 405 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0544  general secretion pathway protein F  33.05 
 
 		 411 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1612  type II secretion system protein  25.2 
 
 		 404 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  28.7 
 
 		 417 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2610  general secretion pathway protein F  29.28 
 
 		 412 aa  124  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.906322 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3554  type II secretion system protein  24.4 
 
 		 401 aa  123  4e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12080  type IV pilus biogenesis protein  27.13 
 
 		 405 aa  123  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.192731  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  25.22 
 
 		 406 aa  123  5e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2136  type II secretion system protein  29.33 
 
 		 406 aa  122  7e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.428649 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  29.53 
 
 		 408 aa  123  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0754  general secretion pathway protein F  34.12 
 
 		 412 aa  123  7e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0769832 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0508  pilus tip-associated protein  27.6 
 
 		 408 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.139168 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1300  type II secretion system protein  29.43 
 
 		 405 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0254672 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1745  type II secretion system protein  24.65 
 
 		 406 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0970  type II secretion system protein  30.38 
 
 		 417 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3920  type II secretion system protein  26.12 
 
 		 407 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.128223  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5703  general secretion pathway protein F  32.68 
 
 		 408 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0555477  normal  0.0587373 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1105  type II secretion system protein  28.45 
 
 		 404 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0187302  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1045  general secretion pathway protein F  30.36 
 
 		 409 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2001  type IV pilin biogenesis protein PilC  25.07 
 
 		 408 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.148255  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0374  type II secretion system protein  26.11 
 
 		 407 aa  121  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.777573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2894  general secretion pathway protein F  31.33 
 
 		 410 aa  120  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.196755  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0767  type II secretion system protein  26.7 
 
 		 405 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336248  normal  0.146084 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3408  type II secretion system protein  27.41 
 
 		 399 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3868  type II secretion system protein  26.67 
 
 		 423 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419174 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2069  fimbrial assembly protein PilC-like  26.5 
 
 		 410 aa  120  3.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1506  type II secretion system protein  24.01 
 
 		 403 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000781072  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0804  type II secretion system protein  25.86 
 
 		 405 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3920  type II secretion system protein  27.08 
 
 		 422 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0767  type II secretion system protein  25.59 
 
 		 405 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0890  Type II secretion system F domain protein  26.98 
 
 		 403 aa  120  6e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0368  type IV pilus biogenesis protein PilC  26.68 
 
 		 419 aa  119  6e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206315  unclonable  0.00000947643 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4159  type II secretion system protein  28.19 
 
 		 427 aa  120  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00287604 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0162  type IV pilin biogenesis protein  29.36 
 
 		 400 aa  120  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00079869  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06891  Type II secretory pathway component PulF-like protein  24.34 
 
 		 453 aa  120  6e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.807158  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0155  type IV pilin biogenesis protein  29.51 
 
 		 400 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000866014  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>