More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0233 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0233  general secretion pathway protein F  100 
 
 		 406 aa  822    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03958  general secretion pathway protein F  78.43 
 
 		 408 aa  645    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3565  general secretion pathway protein F  60.84 
 
 		 407 aa  522  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4589  general secretion pathway protein F  59.47 
 
 		 413 aa  522  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0123  general secretion pathway protein F  61.33 
 
 		 407 aa  523  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0151  general secretion pathway protein F  59.36 
 
 		 407 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0155  general secretion pathway protein F  59.36 
 
 		 407 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0573694 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0155  general secretion pathway protein F  59.36 
 
 		 407 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4204  general secretion pathway protein F  59.36 
 
 		 407 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0107  general secretion pathway protein F  60.15 
 
 		 410 aa  513  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0146  general secretion pathway protein F  59.85 
 
 		 407 aa  513  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4356  general secretion pathway protein F  59.11 
 
 		 407 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4732  general secretion pathway protein F  60.2 
 
 		 407 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0181431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0153  general secretion pathway protein F  60.59 
 
 		 407 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0158  general secretion pathway protein F  60.34 
 
 		 407 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0153  general secretion pathway protein F  60.34 
 
 		 407 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3617  general secretion pathway protein F  58.77 
 
 		 406 aa  498  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0168  general secretion pathway protein F  60.1 
 
 		 407 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2304  general secretion pathway protein F  57.04 
 
 		 406 aa  493  9.999999999999999e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0171  general secretion pathway protein F  58.87 
 
 		 407 aa  487  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2922  general secretion pathway protein F  57.78 
 
 		 405 aa  481  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00603  general secretion pathway protein F  55.8 
 
 		 406 aa  474  1e-132  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001890  general secretion pathway protein F  57.53 
 
 		 405 aa  464  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0005  general secretion pathway protein F  54.55 
 
 		 407 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.138499 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1301  general secretion pathway protein F  56.37 
 
 		 408 aa  450  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0099  general secretion pathway protein F  53.9 
 
 		 396 aa  441  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1472  general secretion pathway protein F  57.42 
 
 		 408 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.655662  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2858  general secretion pathway protein F  56.76 
 
 		 408 aa  436  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1414  general secretion pathway protein F  56.76 
 
 		 408 aa  422  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3136  general secretion pathway protein F  52.09 
 
 		 407 aa  421  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3425  general secretion pathway protein F  51.84 
 
 		 407 aa  422  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2392  general secretion pathway protein F  50.62 
 
 		 404 aa  421  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000517266 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02836  hypothetical type II secretion protein GspF  51.7 
 
 		 407 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000156909  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0227  general secretion pathway protein F  50.62 
 
 		 404 aa  416  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02786  hypothetical protein  51.7 
 
 		 407 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000209561  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3410  general secretion pathway protein GspF  51.21 
 
 		 407 aa  417  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3245  general secretion pathway protein GspF  51.7 
 
 		 407 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.750263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2031  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24010  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 		 405 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1350  general secretion pathway protein F  49.88 
 
 		 403 aa  402  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2371  general secretion pathway protein F  49.27 
 
 		 410 aa  395  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.371859  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2924  general secretion pathway protein F  51.36 
 
 		 405 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646431  normal  0.200315 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1414  general secretion pathway protein F  46.91 
 
 		 405 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648646  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03178  general secretory pathway component, cryptic  43.53 
 
 		 398 aa  353  2e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0386  general secretion pathway protein F  43.53 
 
 		 398 aa  353  2e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0386  general secretion pathway protein F  43.53 
 
 		 398 aa  353  2e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03129  hypothetical protein  43.53 
 
 		 398 aa  353  2e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3521  general secretion pathway protein F  43.53 
 
 		 398 aa  353  2e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.373913  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1317  type II secretory pathway protein LspF  43.32 
 
 		 399 aa  348  1e-94  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1314  type II secretory pathway protein LspF  43.07 
 
 		 399 aa  344  2e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4249  general secretion pathway protein F  45.54 
 
 		 403 aa  343  4e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0143  general secretion pathway protein F  45.34 
 
 		 407 aa  341  1e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3072  general secretion pathway protein F  42.08 
 
 		 405 aa  333  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000734436 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  41.09 
 
 		 405 aa  332  8e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  40.84 
 
 		 405 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  40.84 
 
 		 405 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  40.84 
 
 		 405 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  40.84 
 
 		 405 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  40.84 
 
 		 405 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  40.84 
 
 		 405 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  40.84 
 
 		 405 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  40.84 
 
 		 405 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  40.59 
 
 		 405 aa  326  6e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0060  general secretion pathway protein F  40.84 
 
 		 405 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0010  general secretion pathway protein F  40.74 
 
 		 405 aa  325  9e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0050  general secretion pathway protein F  40.84 
 
 		 405 aa  325  9e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.899692  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0060  general secretion pathway protein F  40.74 
 
 		 405 aa  325  9e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.211909  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0079  general secretion pathway protein F  40.74 
 
 		 405 aa  325  9e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0061  general secretion pathway protein F  40.59 
 
 		 405 aa  323  5e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3242  general secretion pathway protein F  40.35 
 
 		 405 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3578  TonB-dependent siderophore receptor  42.05 
 
 		 411 aa  320  3.9999999999999996e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.477901 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0256  general secretion pathway protein F  45.81 
 
 		 400 aa  319  7e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.726784 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1071  general secretion pathway protein F  40.25 
 
 		 405 aa  318  9e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3116  general secretory pathway F transmembrane protein  40.99 
 
 		 403 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3401  general secretion pathway protein F  40.99 
 
 		 403 aa  312  7.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3054  general secretion pathway protein F  40.99 
 
 		 403 aa  311  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3231  general secretion pathway protein F  41.58 
 
 		 405 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101612  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3173  general secretion pathway protein F  41.09 
 
 		 403 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131882  normal  0.0228377 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55430  putative type II secretion system protein  42.47 
 
 		 404 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000716105  normal  0.0429131 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4823  putative type II secretion system protein  42.22 
 
 		 404 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0274243  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3394  general secretion pathway protein F  39.6 
 
 		 405 aa  300  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.955056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3267  general secretion pathway protein F  37.87 
 
 		 400 aa  291  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000471586  hitchhiker  0.0000000000000079941 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0955  general secretion pathway protein F  37.38 
 
 		 400 aa  289  6e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.110988  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1006  type II secretion system protein  37.62 
 
 		 400 aa  289  7e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0728  general secretion pathway protein F  38.42 
 
 		 409 aa  288  9e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164597  normal  0.206561 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  37.44 
 
 		 404 aa  286  5e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3429  general secretion pathway protein F  37.78 
 
 		 405 aa  283  4.0000000000000003e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000239637 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5703  general secretion pathway protein F  36.52 
 
 		 408 aa  283  4.0000000000000003e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0555477  normal  0.0587373 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3138  general secretory pathway protein F  37.78 
 
 		 404 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000899303 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2209  general secretion pathway protein F  37.28 
 
 		 399 aa  281  1e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.616736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4178  general secretion pathway protein F  38.42 
 
 		 400 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.363514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1279  general secretion pathway protein F  37.78 
 
 		 403 aa  276  6e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1071  general secretion pathway protein F  37.23 
 
 		 411 aa  270  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.299024  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1904  general secretion pathway protein F  38.24 
 
 		 401 aa  270  4e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1045  general secretion pathway protein F  37.44 
 
 		 400 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1089  general secretion pathway protein F  37.68 
 
 		 400 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.419193  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3366  general secretion pathway protein F  36.54 
 
 		 403 aa  266  4e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0261754 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1048  general secretion pathway protein F  37.44 
 
 		 400 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2610  general secretion pathway protein F  35.94 
 
 		 412 aa  264  3e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.906322 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0754  general secretion pathway protein F  36.1 
 
 		 412 aa  261  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0769832 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>