More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0554 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0840  primosome assembly protein PriA  58.82 
 
 		 729 aa  839    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00727054 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1225  primosome assembly protein PriA  51.48 
 
 		 730 aa  650    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.241242 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1926  primosome assembly protein PriA  50.35 
 
 		 727 aa  650    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0448061  hitchhiker  0.000000000544837 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1010  primosome assembly protein PriA  57.66 
 
 		 725 aa  813    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1614  primosome assembly protein PriA  57.61 
 
 		 754 aa  805    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.802709  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1804  primosome assembly protein PriA  56.67 
 
 		 744 aa  807    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.207657  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0603  primosome assembly protein PriA  53.05 
 
 		 759 aa  669    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.615341  normal  0.0181016 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2583  primosome assembly protein PriA  55.09 
 
 		 744 aa  786    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.366109 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2212  primosome assembly protein PriA  51.83 
 
 		 730 aa  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0538  primosome assembly protein PriA  55.41 
 
 		 736 aa  774    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0240  primosome assembly protein PriA  49.03 
 
 		 724 aa  644    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0427  primosome assembly protein PriA  82.9 
 
 		 738 aa  1195    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2927  primosome assembly protein PriA  55.66 
 
 		 734 aa  788    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0176  primosome assembly protein PriA  91.86 
 
 		 736 aa  1358    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0560  primosome assembly protein PriA  51.69 
 
 		 730 aa  650    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.926963  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3657  primosome assembly protein PriA  55.23 
 
 		 738 aa  786    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0485  primosome assembly protein PriA  57.1 
 
 		 730 aa  801    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00148717 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0758  primosome assembly protein PriA  57.38 
 
 		 725 aa  811    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.741976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2498  primosome assembly protein PriA  51.12 
 
 		 733 aa  671    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.430233 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2053  primosome assembly protein PriA  61.76 
 
 		 727 aa  892    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.785816  normal  0.492845 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1322  primosome assembly protein PriA  57.79 
 
 		 725 aa  812    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal  0.25509 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4112  primosome assembly protein PriA  55.86 
 
 		 739 aa  783    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0270  primosome assembly protein PriA  94.56 
 
 		 735 aa  1409    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2393  primosome assembly protein PriA  48.73 
 
 		 733 aa  640    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1033  primosome assembly protein PriA  49.52 
 
 		 732 aa  651    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0402  primosome assembly protein PriA  82.17 
 
 		 736 aa  1187    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106987 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3946  primosome assembly protein PriA  55.31 
 
 		 738 aa  803    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.339061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0179  primosome assembly protein PriA  86.13 
 
 		 734 aa  1267    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0218  primosome assembly protein PriA  51.12 
 
 		 734 aa  676    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0554  primosome assembly protein PriA  100 
 
 		 735 aa  1486    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.348137 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0535  primosome assembly protein PriA  84.07 
 
 		 738 aa  1204    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381236  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1737  primosome assembly protein PriA  56.67 
 
 		 744 aa  807    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0108  primosome assembly protein PriA  50.2 
 
 		 745 aa  721    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2378  primosome assembly protein PriA  47.7 
 
 		 735 aa  639    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.474038 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2279  primosome assembly protein PriA  51.62 
 
 		 722 aa  667    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3213  primosome assembly protein PriA  56 
 
 		 726 aa  786    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1460  primosome assembly protein PriA  55.28 
 
 		 731 aa  779    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1100  primosome assembly protein PriA  56.85 
 
 		 740 aa  817    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.136988  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2807  primosome assembly protein PriA  48.34 
 
 		 727 aa  631  1e-179  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.409981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1677  primosome assembly protein PriA  51.25 
 
 		 718 aa  600  1e-170  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.915582  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1222  primosome assembly protein PriA  45.51 
 
 		 811 aa  575  1.0000000000000001e-162  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1200  primosomal protein N  34.72 
 
 		 780 aa  492  1e-137  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0544  primosomal protein n  35.95 
 
 		 658 aa  485  1e-135  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0483  primosomal protein N'  37.88 
 
 		 658 aa  475  1e-132  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.522146  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3737  replication restart DNA helicase PriA  38.56 
 
 		 738 aa  441  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00228486 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0167  primosomal protein N'  37.62 
 
 		 752 aa  431  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00132621 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0206  primosomal protein N'  34.48 
 
 		 709 aa  432  1e-119  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0185  primosomal protein N'  36.95 
 
 		 752 aa  424  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09880  primosomal protein N'  33.92 
 
 		 745 aa  421  1e-116  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1758  primosomal protein N'  32.97 
 
 		 732 aa  409  1e-113  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1061  primosome assembly protein PriA  37.97 
 
 		 804 aa  403  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.964371  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3844  primosomal protein N'  34.72 
 
 		 731 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0496  primosomal protein N'  34.72 
 
 		 731 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0025  primosomal protein N'  36.82 
 
 		 679 aa  405  1e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0475  primosomal protein N'  34.72 
 
 		 731 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0374  primosomal protein N'  36.42 
 
 		 754 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607469  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0499  primosomal protein N'  34.59 
 
 		 731 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2869  primosomal protein N'  33.29 
 
 		 753 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3337  primosomal protein n  35.39 
 
 		 746 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4126  primosomal protein N'  35.21 
 
 		 743 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000536083  hitchhiker  0.00000144445 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1123  primosome assembly protein PriA  34.01 
 
 		 730 aa  400  9.999999999999999e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0274294  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66720  primosome assembly protein PriA  36.88 
 
 		 739 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2251  primosome assembly protein PriA  36 
 
 		 734 aa  402  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.889331  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5138  primosome assembly protein PriA  36.6 
 
 		 739 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0128  primosomal protein n`  36.22 
 
 		 751 aa  396  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5088  primosome assembly protein PriA  36.51 
 
 		 739 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0398  primosome assembly protein PriA  36.81 
 
 		 739 aa  398  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.844316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0534  primosomal protein N'  34.95 
 
 		 742 aa  399  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.680664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1987  primosomal protein N' (replication factor Y)  34.78 
 
 		 774 aa  397  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001745  helicase PriA essential for oriC/DnaA-independent DNA replication  34.23 
 
 		 733 aa  396  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.579492  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0379  primosomal protein N'  36.28 
 
 		 731 aa  398  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0457  primosomal protein N'  35.25 
 
 		 736 aa  399  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0377  primosome assembly protein PriA  36.88 
 
 		 746 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3672  primosomal protein N'  35.16 
 
 		 736 aa  396  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0779  primosomal protein N'  38.08 
 
 		 802 aa  396  1e-108  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2014  primosomal protein N'  41.04 
 
 		 662 aa  393  1e-108  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5137  primosomal protein N`  37.18 
 
 		 739 aa  395  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2778  primosomal protein N' (replication factor Y)  34.59 
 
 		 725 aa  394  1e-108  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00727  primosome assembly protein PriA  34.23 
 
 		 733 aa  395  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0566  replication restart DNA helicase PriA  35.53 
 
 		 815 aa  393  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00911754  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45350  primosome assembly protein PriA  37.99 
 
 		 739 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746979  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5787  primosome assembly protein PriA  37.23 
 
 		 739 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2810  primosomal protein N'  34.98 
 
 		 758 aa  395  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4961  primosome assembly protein PriA  36.51 
 
 		 739 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2149  primosome assembly protein PriA  34.73 
 
 		 733 aa  395  1e-108  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0044  primosomal protein N'  41.44 
 
 		 662 aa  392  1e-108  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3495  primosomal protein N'  35.29 
 
 		 736 aa  395  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0043  primosomal protein N'  35.78 
 
 		 738 aa  394  1e-108  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.401318 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3761  primosomal protein N'  34 
 
 		 731 aa  393  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0117  primosome assembly protein PriA  35.82 
 
 		 732 aa  395  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4426  primosomal protein N'  34.63 
 
 		 731 aa  390  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0591  primosomal protein N`  36.21 
 
 		 720 aa  392  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.798479  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4122  primosomal protein N'  34.85 
 
 		 737 aa  392  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2924  primosomal protein N' (replication factor Y)  34.19 
 
 		 725 aa  390  1e-107  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1594  primosomal protein N'  36.42 
 
 		 735 aa  392  1e-107  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0743  primosomal protein N'  36.21 
 
 		 720 aa  392  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000000905593  unclonable  0.000000000088889 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3794  primosome assembly protein PriA  34.88 
 
 		 731 aa  390  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3601  primosome assembly protein PriA  37.01 
 
 		 732 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.550659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2239  primosome assembly protein PriA  34.32 
 
 		 733 aa  388  1e-106  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0770  primosomal protein N'  39.3 
 
 		 735 aa  389  1e-106  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.654251  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>