More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2498 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1460  primosome assembly protein PriA  50.98 
 
 		 731 aa  674    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3657  primosome assembly protein PriA  48.8 
 
 		 738 aa  645    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1804  primosome assembly protein PriA  49.93 
 
 		 744 aa  667    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.207657  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0538  primosome assembly protein PriA  51.1 
 
 		 736 aa  650    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2212  primosome assembly protein PriA  68.41 
 
 		 730 aa  959    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2053  primosome assembly protein PriA  51.25 
 
 		 727 aa  667    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.785816  normal  0.492845 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0427  primosome assembly protein PriA  51.2 
 
 		 738 aa  665    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1010  primosome assembly protein PriA  52.7 
 
 		 725 aa  669    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0560  primosome assembly protein PriA  68.13 
 
 		 730 aa  955    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.926963  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3946  primosome assembly protein PriA  48.1 
 
 		 738 aa  644    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.339061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2498  primosome assembly protein PriA  100 
 
 		 733 aa  1457    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.430233 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1225  primosome assembly protein PriA  67.99 
 
 		 730 aa  948    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.241242 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0402  primosome assembly protein PriA  49.93 
 
 		 736 aa  653    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106987 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0270  primosome assembly protein PriA  51.4 
 
 		 735 aa  679    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1033  primosome assembly protein PriA  62.36 
 
 		 732 aa  909    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1100  primosome assembly protein PriA  49.79 
 
 		 740 aa  667    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.136988  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0179  primosome assembly protein PriA  49.29 
 
 		 734 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0554  primosome assembly protein PriA  51.12 
 
 		 735 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.940906  normal  0.348137 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0535  primosome assembly protein PriA  50.35 
 
 		 738 aa  652    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381236  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1322  primosome assembly protein PriA  52.7 
 
 		 725 aa  664    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal  0.25509 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2378  primosome assembly protein PriA  64.98 
 
 		 735 aa  923    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.474038 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1926  primosome assembly protein PriA  66.35 
 
 		 727 aa  931    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0448061  hitchhiker  0.000000000544837 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1737  primosome assembly protein PriA  49.79 
 
 		 744 aa  665    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0840  primosome assembly protein PriA  50.62 
 
 		 729 aa  652    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00727054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0758  primosome assembly protein PriA  52.41 
 
 		 725 aa  665    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.741976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0176  primosome assembly protein PriA  51.05 
 
 		 736 aa  679    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1614  primosome assembly protein PriA  51.83 
 
 		 754 aa  637    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.802709  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4112  primosome assembly protein PriA  49.29 
 
 		 739 aa  642    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2927  primosome assembly protein PriA  48.49 
 
 		 734 aa  632  1e-180  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0485  primosome assembly protein PriA  50.55 
 
 		 730 aa  631  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00148717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3213  primosome assembly protein PriA  49.93 
 
 		 726 aa  631  1e-179  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0108  primosome assembly protein PriA  46.21 
 
 		 745 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2393  primosome assembly protein PriA  47.1 
 
 		 733 aa  602  1.0000000000000001e-171  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2583  primosome assembly protein PriA  48.59 
 
 		 744 aa  599  1e-170  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.366109 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0218  primosome assembly protein PriA  47.66 
 
 		 734 aa  596  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2279  primosome assembly protein PriA  48.7 
 
 		 722 aa  592  1e-168  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0240  primosome assembly protein PriA  48.74 
 
 		 724 aa  582  1.0000000000000001e-165  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2807  primosome assembly protein PriA  46.31 
 
 		 727 aa  574  1.0000000000000001e-162  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.409981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0603  primosome assembly protein PriA  47.61 
 
 		 759 aa  552  1e-155  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.615341  normal  0.0181016 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1222  primosome assembly protein PriA  43.24 
 
 		 811 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1677  primosome assembly protein PriA  48.44 
 
 		 718 aa  488  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.915582  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0544  primosomal protein n  36.32 
 
 		 658 aa  444  1e-123  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0483  primosomal protein N'  40.07 
 
 		 658 aa  443  1e-123  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.522146  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1200  primosomal protein N  31.94 
 
 		 780 aa  427  1e-118  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0128  primosomal protein n`  38.27 
 
 		 751 aa  419  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3737  replication restart DNA helicase PriA  43.93 
 
 		 738 aa  419  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00228486 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0206  primosomal protein N'  34.97 
 
 		 709 aa  415  1e-114  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1061  primosome assembly protein PriA  38.7 
 
 		 804 aa  413  1e-114  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.964371  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3337  primosomal protein n  36.52 
 
 		 746 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0591  primosomal protein N`  38.26 
 
 		 720 aa  404  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.798479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0743  primosomal protein N'  38.26 
 
 		 720 aa  404  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000000905593  unclonable  0.000000000088889 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2924  primosomal protein N' (replication factor Y)  33.93 
 
 		 725 aa  399  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09880  primosomal protein N'  33.29 
 
 		 745 aa  400  9.999999999999999e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001745  helicase PriA essential for oriC/DnaA-independent DNA replication  34.69 
 
 		 733 aa  399  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.579492  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5088  primosome assembly protein PriA  37.45 
 
 		 739 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420968  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2778  primosomal protein N' (replication factor Y)  33.6 
 
 		 725 aa  399  1e-109  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2267  primosome assembly protein PriA  43.54 
 
 		 745 aa  396  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5138  primosome assembly protein PriA  37.48 
 
 		 739 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2315  primosomal protein N'  34.51 
 
 		 747 aa  397  1e-109  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.101119  hitchhiker  0.00122833 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0044  primosomal protein N'  39.89 
 
 		 662 aa  395  1e-108  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5137  primosomal protein N`  37.4 
 
 		 739 aa  395  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0398  primosome assembly protein PriA  37.53 
 
 		 739 aa  395  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.844316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2743  primosome assembly protein PriA  38.36 
 
 		 733 aa  393  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4961  primosome assembly protein PriA  37.18 
 
 		 739 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1332  primosomal protein N'  30.55 
 
 		 749 aa  393  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000143785  normal  0.287743 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0400  primosome assembly protein PriA  37.04 
 
 		 744 aa  392  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2014  primosomal protein N'  39.7 
 
 		 662 aa  392  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0377  primosome assembly protein PriA  37.08 
 
 		 746 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2251  primosome assembly protein PriA  35.12 
 
 		 734 aa  389  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.889331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1758  primosomal protein N'  31.85 
 
 		 732 aa  390  1e-107  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1998  primosome assembly protein PriA  32.42 
 
 		 731 aa  390  1e-107  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1716  primosome assembly protein PriA  32.42 
 
 		 731 aa  392  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00727  primosome assembly protein PriA  40.19 
 
 		 733 aa  390  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4079  primosomal protein N'  38.51 
 
 		 724 aa  389  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1951  primosome assembly protein PriA  38.49 
 
 		 801 aa  387  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3601  primosome assembly protein PriA  38.34 
 
 		 732 aa  387  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.550659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0183  primosome assembly protein PriA  35.44 
 
 		 732 aa  389  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0566  replication restart DNA helicase PriA  35.4 
 
 		 815 aa  388  1e-106  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00911754  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0779  primosomal protein N'  36.36 
 
 		 802 aa  384  1e-105  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4366  primosomal protein N'  34.19 
 
 		 736 aa  383  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1527  primosomal protein N'  36.23 
 
 		 818 aa  384  1e-105  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.590711  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0536  primosome assembly protein PriA  36.44 
 
 		 743 aa  383  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1987  primosomal protein N' (replication factor Y)  39.19 
 
 		 774 aa  384  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1296  primosomal protein N'  31.31 
 
 		 802 aa  384  1e-105  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0117  primosome assembly protein PriA  35.87 
 
 		 732 aa  385  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1271  primosomal protein N'  31.31 
 
 		 802 aa  384  1e-105  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.58065  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0169  primosome assembly protein PriA  35.21 
 
 		 732 aa  385  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3911  primosome assembly protein PriA  35.29 
 
 		 801 aa  380  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3882  primosome assembly protein PriA  35.12 
 
 		 801 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000345063 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3719  primosome assembly protein PriA  35.12 
 
 		 801 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3609  primosome assembly protein PriA  35.12 
 
 		 801 aa  380  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3627  primosome assembly protein PriA  35.12 
 
 		 801 aa  380  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2810  primosomal protein N'  35.39 
 
 		 758 aa  382  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0764  primosomal protein N'  36.33 
 
 		 732 aa  380  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000407652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4006  primosome assembly protein PriA  35.12 
 
 		 801 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1276  primosome assembly protein PriA  35 
 
 		 801 aa  381  1e-104  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2496  primosome assembly protein PriA  41.68 
 
 		 738 aa  382  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.733405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3761  primosomal protein N'  34.62 
 
 		 731 aa  382  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0167  primosomal protein N'  34.79 
 
 		 752 aa  382  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00132621 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45350  primosome assembly protein PriA  42.25 
 
 		 739 aa  382  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>