More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5088 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03820  primosome assembly protein PriA  49.86 
 
 		 732 aa  688    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.846253  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4050  primosomal protein N'  49.86 
 
 		 732 aa  688    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0551  primosomal protein N'  47.36 
 
 		 731 aa  649    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001745  helicase PriA essential for oriC/DnaA-independent DNA replication  48.12 
 
 		 733 aa  692    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.579492  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5088  primosome assembly protein PriA  100 
 
 		 739 aa  1493    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4418  primosome assembly protein PriA  49.59 
 
 		 732 aa  676    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2594  primosomal protein N`  46.44 
 
 		 733 aa  636    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2869  primosomal protein N'  46.31 
 
 		 753 aa  674    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4341  primosome assembly protein PriA  49.66 
 
 		 732 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.849244  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4083  primosome assembly protein PriA  50 
 
 		 732 aa  679    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4366  primosomal protein N'  46.17 
 
 		 736 aa  664    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4167  primosome assembly protein PriA  50 
 
 		 732 aa  679    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4961  primosome assembly protein PriA  99.46 
 
 		 739 aa  1486    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4122  primosomal protein N'  47 
 
 		 737 aa  660    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5137  primosomal protein N`  84.17 
 
 		 739 aa  1281    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3812  primosome assembly protein PriA  48.57 
 
 		 732 aa  677    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5138  primosome assembly protein PriA  98.11 
 
 		 739 aa  1467    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0398  primosome assembly protein PriA  84.44 
 
 		 739 aa  1288    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.844316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0499  primosomal protein N'  47.23 
 
 		 731 aa  653    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0183  primosome assembly protein PriA  49.66 
 
 		 732 aa  674    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0475  primosomal protein N'  47.23 
 
 		 731 aa  655    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0377  primosome assembly protein PriA  95.67 
 
 		 746 aa  1438    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0028  primosome assembly protein PriA  51.95 
 
 		 736 aa  734    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0400  primosome assembly protein PriA  86.02 
 
 		 744 aa  1278    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4038  primosome assembly protein PriA  49.93 
 
 		 731 aa  697    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03769  hypothetical protein  49.86 
 
 		 732 aa  688    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0445  primosomal protein N'  48.38 
 
 		 735 aa  650    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0275  primosomal protein N'  51.56 
 
 		 737 aa  659    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00025836  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1987  primosomal protein N' (replication factor Y)  44.65 
 
 		 774 aa  639    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4099  primosome assembly protein PriA  48.71 
 
 		 732 aa  682    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4425  primosome assembly protein PriA  49.59 
 
 		 732 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.981494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0822  primosomal protein N'  47.27 
 
 		 723 aa  645    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.102519  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3601  primosome assembly protein PriA  49.26 
 
 		 732 aa  640    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.550659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0169  primosome assembly protein PriA  48.84 
 
 		 732 aa  670    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4377  primosome assembly protein PriA  50 
 
 		 732 aa  680    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.679343 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0496  primosomal protein N'  47.23 
 
 		 731 aa  655    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00727  primosome assembly protein PriA  48.66 
 
 		 733 aa  694    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3844  primosomal protein N'  47.23 
 
 		 731 aa  655    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5787  primosome assembly protein PriA  77.13 
 
 		 739 aa  1155    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2743  primosome assembly protein PriA  48.92 
 
 		 733 aa  701    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4427  primosome assembly protein PriA  49.46 
 
 		 732 aa  682    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3356  primosomal protein N'  48.11 
 
 		 734 aa  660    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0117  primosome assembly protein PriA  51.15 
 
 		 732 aa  707    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0603  primosome assembly protein PriA  53.53 
 
 		 740 aa  729    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45350  primosome assembly protein PriA  77 
 
 		 739 aa  1120    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746979  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0379  primosomal protein N'  48.51 
 
 		 731 aa  667    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3794  primosome assembly protein PriA  51.42 
 
 		 731 aa  708    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4189  primosomal protein N'  45.12 
 
 		 725 aa  643    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4311  primosome assembly protein PriA  49.59 
 
 		 732 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4471  primosome assembly protein PriA  50.27 
 
 		 732 aa  684    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2251  primosome assembly protein PriA  49.8 
 
 		 734 aa  697    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.889331  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2267  primosome assembly protein PriA  48.37 
 
 		 745 aa  636    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3495  primosomal protein N'  47.73 
 
 		 736 aa  664    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0457  primosomal protein N'  47.86 
 
 		 736 aa  665    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2496  primosome assembly protein PriA  54.07 
 
 		 738 aa  707    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.733405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3761  primosomal protein N'  47.29 
 
 		 731 aa  666    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4126  primosomal protein N'  48.11 
 
 		 743 aa  671    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000536083  hitchhiker  0.00000144445 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0536  primosome assembly protein PriA  80.51 
 
 		 743 aa  1210    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66720  primosome assembly protein PriA  77 
 
 		 739 aa  1157    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0534  primosomal protein N'  47.56 
 
 		 742 aa  665    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.680664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4495  primosome assembly protein PriA  49.32 
 
 		 732 aa  680    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4789  primosome assembly protein PriA  49.39 
 
 		 731 aa  684    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0116  primosome assembly protein PriA  48.71 
 
 		 732 aa  683    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3778  primosomal protein N'  47.03 
 
 		 731 aa  650    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5393  primosome assembly protein PriA  50 
 
 		 732 aa  679    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.670889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3672  primosomal protein N'  47.72 
 
 		 736 aa  662    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4426  primosomal protein N'  47.7 
 
 		 731 aa  667    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2694  transcription elongation factor GreA / replication restart DNA helicase PriA  44.55 
 
 		 736 aa  623  1e-177  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000288054  hitchhiker  0.00453215 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1123  primosome assembly protein PriA  44.82 
 
 		 730 aa  622  1e-177  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0274294  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03519  primosome assembly protein PriA  45.01 
 
 		 729 aa  619  1e-176  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.822304  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04038  primosome assembly protein PriA  46.9 
 
 		 740 aa  613  9.999999999999999e-175  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0166  primosome assembly protein PriA  43.32 
 
 		 704 aa  602  1.0000000000000001e-171  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.331124  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0743  primosomal protein N'  47.63 
 
 		 720 aa  600  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000000905593  unclonable  0.000000000088889 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2924  primosomal protein N' (replication factor Y)  42.55 
 
 		 725 aa  600  1e-170  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0591  primosomal protein N`  47.63 
 
 		 720 aa  600  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.798479  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2149  primosome assembly protein PriA  44.23 
 
 		 733 aa  600  1e-170  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2007  primosomal protein N'  43.09 
 
 		 793 aa  600  1e-170  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00478973 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2778  primosomal protein N' (replication factor Y)  42.55 
 
 		 725 aa  598  1e-169  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2239  primosome assembly protein PriA  44.14 
 
 		 733 aa  595  1e-169  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1727  replication restart DNA helicase PriA  43.06 
 
 		 789 aa  595  1e-168  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.584251 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0573  primosomal protein N'  42.44 
 
 		 774 aa  581  1e-164  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0130712  hitchhiker  0.00834371 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0044  primosomal protein N'  51.95 
 
 		 662 aa  558  1e-158  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2014  primosomal protein N'  51.76 
 
 		 662 aa  556  1e-157  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0799  primosomal protein N'  44.53 
 
 		 774 aa  555  1e-156  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2327  primosomal protein N'  43.7 
 
 		 734 aa  550  1e-155  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0753846  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2672  replication restart DNA helicase PriA  42.91 
 
 		 738 aa  550  1e-155  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.868647 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4079  primosomal protein N'  43.77 
 
 		 724 aa  539  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0248  primosomal protein N'  44.89 
 
 		 731 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.00000476665  normal  0.18889 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3173  primosome assembly protein PriA  42.2 
 
 		 765 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3889  primosome assembly protein PriA  41.77 
 
 		 748 aa  511  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3022  primosome assembly protein PriA  41.07 
 
 		 752 aa  509  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2781  replication restart DNA helicase PriA  43.21 
 
 		 719 aa  508  9.999999999999999e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.360664 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3303  primosome assembly protein PriA  42.71 
 
 		 764 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3490  primosome assembly protein PriA  42.37 
 
 		 764 aa  506  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000105942  normal  0.279843 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3497  primosome assembly protein PriA  41.51 
 
 		 765 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.631062 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0045  primosome assembly protein PriA  41.92 
 
 		 747 aa  499  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.493665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0169  primosome assembly protein PriA  42.32 
 
 		 755 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3961  primosome assembly protein PriA  42.32 
 
 		 755 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0102  primosome assembly protein PriA  42.23 
 
 		 753 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0112  primosome assembly protein PriA  41.53 
 
 		 753 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.146301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>