More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0534 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03820  primosome assembly protein PriA  49.66 
 
 		 732 aa  734    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.846253  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4050  primosomal protein N'  49.66 
 
 		 732 aa  734    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4961  primosome assembly protein PriA  47.63 
 
 		 739 aa  662    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5088  primosome assembly protein PriA  47.56 
 
 		 739 aa  665    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4425  primosome assembly protein PriA  50.34 
 
 		 732 aa  737    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.981494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2869  primosomal protein N'  47.99 
 
 		 753 aa  713    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4311  primosome assembly protein PriA  50.48 
 
 		 732 aa  738    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0117  primosome assembly protein PriA  50.14 
 
 		 732 aa  740    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4366  primosomal protein N'  47.34 
 
 		 736 aa  656    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0496  primosomal protein N'  76.88 
 
 		 731 aa  1200    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4083  primosome assembly protein PriA  49.66 
 
 		 732 aa  721    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4122  primosomal protein N'  76.26 
 
 		 737 aa  1194    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5137  primosomal protein N`  47.23 
 
 		 739 aa  665    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0183  primosome assembly protein PriA  50.21 
 
 		 732 aa  723    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4427  primosome assembly protein PriA  50.34 
 
 		 732 aa  738    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0398  primosome assembly protein PriA  47.76 
 
 		 739 aa  674    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.844316  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3794  primosome assembly protein PriA  51.16 
 
 		 731 aa  739    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0377  primosome assembly protein PriA  47.43 
 
 		 746 aa  666    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4167  primosome assembly protein PriA  49.66 
 
 		 732 aa  721    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5787  primosome assembly protein PriA  47.77 
 
 		 739 aa  664    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0400  primosome assembly protein PriA  47.63 
 
 		 744 aa  655    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03519  primosome assembly protein PriA  46.86 
 
 		 729 aa  663    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.822304  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0551  primosomal protein N'  76.2 
 
 		 731 aa  1181    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4418  primosome assembly protein PriA  48.98 
 
 		 732 aa  715    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45350  primosome assembly protein PriA  47.85 
 
 		 739 aa  650    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746979  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0445  primosomal protein N'  74.42 
 
 		 735 aa  1105    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4377  primosome assembly protein PriA  49.52 
 
 		 732 aa  720    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.679343 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5393  primosome assembly protein PriA  49.52 
 
 		 732 aa  721    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.670889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3812  primosome assembly protein PriA  50.48 
 
 		 732 aa  735    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0536  primosome assembly protein PriA  47.84 
 
 		 743 aa  662    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0116  primosome assembly protein PriA  50.75 
 
 		 732 aa  744    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3778  primosomal protein N'  80.03 
 
 		 731 aa  1250    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4341  primosome assembly protein PriA  50.34 
 
 		 732 aa  737    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.849244  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0379  primosomal protein N'  81.67 
 
 		 731 aa  1241    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00727  primosome assembly protein PriA  51.98 
 
 		 733 aa  775    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03769  hypothetical protein  49.66 
 
 		 732 aa  734    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880403  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3356  primosomal protein N'  73.3 
 
 		 734 aa  1124    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4471  primosome assembly protein PriA  49.52 
 
 		 732 aa  721    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0534  primosomal protein N'  100 
 
 		 742 aa  1536    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.680664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0166  primosome assembly protein PriA  46.99 
 
 		 704 aa  655    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.331124  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001745  helicase PriA essential for oriC/DnaA-independent DNA replication  51.57 
 
 		 733 aa  771    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.579492  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5138  primosome assembly protein PriA  47.63 
 
 		 739 aa  669    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2251  primosome assembly protein PriA  52.72 
 
 		 734 aa  773    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.889331  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0499  primosomal protein N'  77.29 
 
 		 731 aa  1206    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4189  primosomal protein N'  48.09 
 
 		 725 aa  712    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4789  primosome assembly protein PriA  52.24 
 
 		 731 aa  746    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4099  primosome assembly protein PriA  50.89 
 
 		 732 aa  746    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0475  primosomal protein N'  77.02 
 
 		 731 aa  1200    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1123  primosome assembly protein PriA  47.89 
 
 		 730 aa  673    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0274294  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3495  primosomal protein N'  75.27 
 
 		 736 aa  1183    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0457  primosomal protein N'  75.14 
 
 		 736 aa  1182    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3761  primosomal protein N'  73.32 
 
 		 731 aa  1136    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3844  primosomal protein N'  76.88 
 
 		 731 aa  1197    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4038  primosome assembly protein PriA  50 
 
 		 731 aa  740    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66720  primosome assembly protein PriA  48.04 
 
 		 739 aa  665    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0169  primosome assembly protein PriA  49.79 
 
 		 732 aa  719    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4426  primosomal protein N'  87.82 
 
 		 731 aa  1359    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4495  primosome assembly protein PriA  49.93 
 
 		 732 aa  730    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3672  primosomal protein N'  75.14 
 
 		 736 aa  1182    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2743  primosome assembly protein PriA  52.06 
 
 		 733 aa  768    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1987  primosomal protein N' (replication factor Y)  43.35 
 
 		 774 aa  629  1e-179  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0275  primosomal protein N'  47.88 
 
 		 737 aa  628  1e-179  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00025836  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0028  primosome assembly protein PriA  44.4 
 
 		 736 aa  622  1e-177  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2496  primosome assembly protein PriA  47.64 
 
 		 738 aa  625  1e-177  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.733405  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2594  primosomal protein N`  44.47 
 
 		 733 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3601  primosome assembly protein PriA  45.96 
 
 		 732 aa  606  9.999999999999999e-173  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.550659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0603  primosome assembly protein PriA  45.68 
 
 		 740 aa  605  1.0000000000000001e-171  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4126  primosomal protein N'  43.69 
 
 		 743 aa  594  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000536083  hitchhiker  0.00000144445 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2149  primosome assembly protein PriA  41.87 
 
 		 733 aa  582  1.0000000000000001e-165  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2239  primosome assembly protein PriA  41.73 
 
 		 733 aa  579  1e-164  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0591  primosomal protein N`  44.11 
 
 		 720 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.798479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0743  primosomal protein N'  44.11 
 
 		 720 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000000905593  unclonable  0.000000000088889 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04038  primosome assembly protein PriA  44.15 
 
 		 740 aa  569  1e-161  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2694  transcription elongation factor GreA / replication restart DNA helicase PriA  42.05 
 
 		 736 aa  568  1e-160  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000288054  hitchhiker  0.00453215 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2778  primosomal protein N' (replication factor Y)  41.29 
 
 		 725 aa  564  1.0000000000000001e-159  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2924  primosomal protein N' (replication factor Y)  41.7 
 
 		 725 aa  561  1e-158  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2267  primosome assembly protein PriA  42.84 
 
 		 745 aa  557  1e-157  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0799  primosomal protein N'  42.38 
 
 		 774 aa  550  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2007  primosomal protein N'  42.34 
 
 		 793 aa  550  1e-155  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00478973 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1727  replication restart DNA helicase PriA  42.3 
 
 		 789 aa  540  9.999999999999999e-153  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.584251 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0822  primosomal protein N'  41.49 
 
 		 723 aa  538  1e-151  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.102519  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0044  primosomal protein N'  51.32 
 
 		 662 aa  538  1e-151  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2014  primosomal protein N'  51.13 
 
 		 662 aa  535  1e-150  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2672  replication restart DNA helicase PriA  40.35 
 
 		 738 aa  528  1e-148  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.868647 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0573  primosomal protein N'  39.1 
 
 		 774 aa  508  9.999999999999999e-143  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0130712  hitchhiker  0.00834371 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0248  primosomal protein N'  38.79 
 
 		 731 aa  472  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.00000476665  normal  0.18889 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2327  primosomal protein N'  37.94 
 
 		 734 aa  463  1e-129  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0753846  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0764  primosomal protein N'  37.11 
 
 		 732 aa  456  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000407652  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0167  primosomal protein N'  36.33 
 
 		 752 aa  455  1.0000000000000001e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00132621 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09880  primosomal protein N'  35.7 
 
 		 745 aa  450  1e-125  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4079  primosomal protein N'  38.11 
 
 		 724 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3737  replication restart DNA helicase PriA  36.86 
 
 		 738 aa  448  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00228486 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0185  primosomal protein N'  35.98 
 
 		 752 aa  444  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2781  replication restart DNA helicase PriA  38.58 
 
 		 719 aa  443  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.360664 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0128  primosomal protein n`  35.94 
 
 		 751 aa  435  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0033  replication restart DNA helicase PriA  44.4 
 
 		 666 aa  433  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.101123  normal  0.886692 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0374  primosomal protein N'  35 
 
 		 754 aa  432  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607469  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3337  primosomal protein n  36.28 
 
 		 746 aa  432  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0113  primosome assembly protein PriA  37.29 
 
 		 757 aa  430  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.373406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0102  primosome assembly protein PriA  36.93 
 
 		 753 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>