More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0445 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03820  primosome assembly protein PriA  50.61 
 
 
732 aa  728    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.846253  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4050  primosomal protein N'  50.61 
 
 
732 aa  728    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001745  helicase PriA essential for oriC/DnaA-independent DNA replication  52.04 
 
 
733 aa  773    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.579492  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0534  primosomal protein N'  74.42 
 
 
742 aa  1153    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.680664  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3794  primosome assembly protein PriA  52.52 
 
 
731 aa  736    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5088  primosome assembly protein PriA  48.65 
 
 
739 aa  674    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420968  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45350  primosome assembly protein PriA  48.78 
 
 
739 aa  654    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746979  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5393  primosome assembly protein PriA  50.61 
 
 
732 aa  717    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.670889  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3778  primosomal protein N'  73.46 
 
 
731 aa  1139    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4495  primosome assembly protein PriA  50.41 
 
 
732 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2251  primosome assembly protein PriA  52.24 
 
 
734 aa  753    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.889331  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4167  primosome assembly protein PriA  50.61 
 
 
732 aa  717    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4122  primosomal protein N'  76.39 
 
 
737 aa  1171    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5137  primosomal protein N`  48.53 
 
 
739 aa  665    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4038  primosome assembly protein PriA  50.61 
 
 
731 aa  729    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4083  primosome assembly protein PriA  50.61 
 
 
732 aa  717    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0551  primosomal protein N'  77.56 
 
 
731 aa  1171    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0499  primosomal protein N'  77.02 
 
 
731 aa  1178    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0398  primosome assembly protein PriA  48.72 
 
 
739 aa  671    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.844316  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0117  primosome assembly protein PriA  51.77 
 
 
732 aa  736    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00727  primosome assembly protein PriA  51.77 
 
 
733 aa  767    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5787  primosome assembly protein PriA  48.86 
 
 
739 aa  663    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2743  primosome assembly protein PriA  51.71 
 
 
733 aa  764    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0028  primosome assembly protein PriA  45.21 
 
 
736 aa  647    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0400  primosome assembly protein PriA  49.12 
 
 
744 aa  660    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0475  primosomal protein N'  77.02 
 
 
731 aa  1176    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0496  primosomal protein N'  76.88 
 
 
731 aa  1176    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2869  primosomal protein N'  48.12 
 
 
753 aa  705    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3812  primosome assembly protein PriA  50.88 
 
 
732 aa  715    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0377  primosome assembly protein PriA  49.19 
 
 
746 aa  682    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0536  primosome assembly protein PriA  49.19 
 
 
743 aa  672    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03519  primosome assembly protein PriA  47.27 
 
 
729 aa  671    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.822304  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0445  primosomal protein N'  100 
 
 
735 aa  1512    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0169  primosome assembly protein PriA  50.48 
 
 
732 aa  711    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5138  primosome assembly protein PriA  48.24 
 
 
739 aa  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4471  primosome assembly protein PriA  50.61 
 
 
732 aa  717    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4099  primosome assembly protein PriA  51.15 
 
 
732 aa  725    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3844  primosomal protein N'  76.88 
 
 
731 aa  1174    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4426  primosomal protein N'  74.42 
 
 
731 aa  1150    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3356  primosomal protein N'  73.3 
 
 
734 aa  1122    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0166  primosome assembly protein PriA  47.81 
 
 
704 aa  669    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.331124  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4311  primosome assembly protein PriA  50.96 
 
 
732 aa  724    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4189  primosomal protein N'  48.7 
 
 
725 aa  702    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0183  primosome assembly protein PriA  51.09 
 
 
732 aa  716    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4377  primosome assembly protein PriA  50.48 
 
 
732 aa  714    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.679343 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1123  primosome assembly protein PriA  46.72 
 
 
730 aa  657    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0274294  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0379  primosomal protein N'  75.1 
 
 
731 aa  1128    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3495  primosomal protein N'  76.63 
 
 
736 aa  1176    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0457  primosomal protein N'  76.49 
 
 
736 aa  1173    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3761  primosomal protein N'  73.46 
 
 
731 aa  1126    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03769  hypothetical protein  50.61 
 
 
732 aa  728    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880403  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4341  primosome assembly protein PriA  50.82 
 
 
732 aa  723    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.849244  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66720  primosome assembly protein PriA  48.59 
 
 
739 aa  660    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4418  primosome assembly protein PriA  50.07 
 
 
732 aa  711    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0116  primosome assembly protein PriA  51.02 
 
 
732 aa  723    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4425  primosome assembly protein PriA  50.82 
 
 
732 aa  722    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.981494  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4427  primosome assembly protein PriA  50.82 
 
 
732 aa  723    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4961  primosome assembly protein PriA  48.65 
 
 
739 aa  672    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3672  primosomal protein N'  76.63 
 
 
736 aa  1175    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4789  primosome assembly protein PriA  52.45 
 
 
731 aa  738    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4366  primosomal protein N'  46.48 
 
 
736 aa  632  1e-180  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0275  primosomal protein N'  48.85 
 
 
737 aa  631  1e-179  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00025836  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2496  primosome assembly protein PriA  48.85 
 
 
738 aa  630  1e-179  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.733405  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1987  primosomal protein N' (replication factor Y)  44.06 
 
 
774 aa  621  1e-176  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0603  primosome assembly protein PriA  46.7 
 
 
740 aa  616  1e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4126  primosomal protein N'  45.01 
 
 
743 aa  612  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000536083  hitchhiker  0.00000144445 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2594  primosomal protein N`  44.67 
 
 
733 aa  593  1e-168  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2149  primosome assembly protein PriA  44.18 
 
 
733 aa  593  1e-168  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2239  primosome assembly protein PriA  43.97 
 
 
733 aa  593  1e-168  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2267  primosome assembly protein PriA  45.8 
 
 
745 aa  590  1e-167  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0591  primosomal protein N`  46.08 
 
 
720 aa  586  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.798479  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2694  transcription elongation factor GreA / replication restart DNA helicase PriA  43.01 
 
 
736 aa  585  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000288054  hitchhiker  0.00453215 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0743  primosomal protein N'  46.08 
 
 
720 aa  586  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000000905593  unclonable  0.000000000088889 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0044  primosomal protein N'  44.61 
 
 
662 aa  584  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3601  primosome assembly protein PriA  46.37 
 
 
732 aa  585  1.0000000000000001e-165  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.550659  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2014  primosomal protein N'  44.47 
 
 
662 aa  581  1e-164  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04038  primosome assembly protein PriA  44.41 
 
 
740 aa  570  1e-161  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2924  primosomal protein N' (replication factor Y)  40.11 
 
 
725 aa  559  1e-158  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2778  primosomal protein N' (replication factor Y)  40.24 
 
 
725 aa  561  1e-158  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2007  primosomal protein N'  42.56 
 
 
793 aa  552  1e-156  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00478973 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0799  primosomal protein N'  42.22 
 
 
774 aa  541  9.999999999999999e-153  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0822  primosomal protein N'  42.86 
 
 
723 aa  540  9.999999999999999e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.102519  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1727  replication restart DNA helicase PriA  41.51 
 
 
789 aa  531  1e-149  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.584251 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2672  replication restart DNA helicase PriA  41.19 
 
 
738 aa  521  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.868647 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0573  primosomal protein N'  39.44 
 
 
774 aa  518  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0130712  hitchhiker  0.00834371 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0248  primosomal protein N'  41.78 
 
 
731 aa  481  1e-134  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.00000476665  normal  0.18889 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2781  replication restart DNA helicase PriA  39.81 
 
 
719 aa  456  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.360664 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0167  primosomal protein N'  36.89 
 
 
752 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00132621 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0185  primosomal protein N'  36.76 
 
 
752 aa  450  1e-125  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0113  primosome assembly protein PriA  39.9 
 
 
757 aa  450  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.373406  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3490  primosome assembly protein PriA  40.53 
 
 
764 aa  450  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000105942  normal  0.279843 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3737  replication restart DNA helicase PriA  37.95 
 
 
738 aa  451  1e-125  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00228486 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0111  primosome assembly protein PriA  40.13 
 
 
753 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0033  replication restart DNA helicase PriA  45.81 
 
 
666 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.101123  normal  0.886692 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3293  primosome assembly protein PriA  40.66 
 
 
753 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.259169  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2327  primosomal protein N'  39.16 
 
 
734 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0753846  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0102  primosome assembly protein PriA  40 
 
 
753 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0127  primosome assembly protein PriA  40.05 
 
 
753 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2943  primosome assembly protein PriA  39.95 
 
 
753 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.36506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0112  primosome assembly protein PriA  39.92 
 
 
753 aa  445  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.146301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>