200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4728 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4728  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 481 aa  950    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4129  FAD dependent oxidoreductase  67.94 
 
 		 504 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.60213 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1834  FAD dependent oxidoreductase  69.88 
 
 		 504 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0259899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1329  FAD dependent oxidoreductase  66.87 
 
 		 501 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914458  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  30.91 
 
 		 740 aa  206  1e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0577  All-trans-retinol 13,14-reductase  28.49 
 
 		 542 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1209  conserved hypothetical protein, FAD-binding domain protein  25.98 
 
 		 502 aa  157  3e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  26.22 
 
 		 501 aa  96.7  8e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3011  All-trans-retinol 13,14-reductase  25.94 
 
 		 544 aa  96.3  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1069  FAD dependent oxidoreductase  26.26 
 
 		 496 aa  94  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302171  hitchhiker  0.00376489 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1874  All-trans-retinol 13,14-reductase  22.7 
 
 		 501 aa  90.9  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5970  FAD dependent oxidoreductase  25.84 
 
 		 534 aa  87.4  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  25.66 
 
 		 522 aa  84.7  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03825  hypothetical protein  20.78 
 
 		 508 aa  83.2  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09643  hypothetical protein  22.22 
 
 		 535 aa  81.3  0.00000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0783431  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1077  all-trans-retinol 13,14-reductase  20.08 
 
 		 505 aa  79  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2330  carotene isomerase  25.33 
 
 		 508 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  25.62 
 
 		 492 aa  78.2  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2002  FAD dependent oxidoreductase  22.61 
 
 		 510 aa  77.8  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  22.62 
 
 		 547 aa  77.8  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1701  amine oxidase  25 
 
 		 503 aa  74.3  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00066646 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1995  All-trans-retinol 13,14-reductase  19.35 
 
 		 499 aa  73.9  0.000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  24.95 
 
 		 503 aa  73.6  0.000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  25.19 
 
 		 505 aa  70.5  0.00000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  24.95 
 
 		 508 aa  70.1  0.00000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  23.61 
 
 		 512 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  25.58 
 
 		 507 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  22.73 
 
 		 522 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  23.61 
 
 		 512 aa  69.3  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  21.4 
 
 		 520 aa  67.4  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  24.37 
 
 		 511 aa  67  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  25.18 
 
 		 554 aa  66.6  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0345  phytoene dehydrogenase  22.79 
 
 		 509 aa  66.2  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  24.56 
 
 		 511 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  27.68 
 
 		 508 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  21.24 
 
 		 511 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  23.63 
 
 		 511 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  21.24 
 
 		 511 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  23.19 
 
 		 532 aa  65.1  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.285502 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  25.24 
 
 		 504 aa  64.7  0.000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  24.85 
 
 		 511 aa  64.3  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3281  FAD dependent oxidoreductase  22.59 
 
 		 479 aa  63.9  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.463065  normal  0.0612809 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0706  FAD dependent oxidoreductase  28.28 
 
 		 717 aa  63.9  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03711  phytoene dehydrogenase  24.15 
 
 		 509 aa  62.8  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  23.31 
 
 		 506 aa  62.4  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7528  putative phytoene dehydrogenase and related proteins  25.26 
 
 		 708 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4146  All-trans-retinol 13,14-reductase  25.83 
 
 		 562 aa  61.6  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.559453  decreased coverage  0.00452261 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  24.75 
 
 		 519 aa  61.2  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0096  FAD dependent oxidoreductase  26.3 
 
 		 722 aa  60.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.490674 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  23.55 
 
 		 506 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2665  putative phytoene dehydrogenase  24.36 
 
 		 495 aa  57.8  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3185  hypothetical protein  41.67 
 
 		 245 aa  57  0.0000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.29229  hitchhiker  0.00171019 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1779  amine oxidase  35.4 
 
 		 420 aa  56.2  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  22.74 
 
 		 503 aa  56.2  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3017  hypothetical protein  41.67 
 
 		 484 aa  55.5  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.191221  normal  0.019056 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3632  FAD dependent oxidoreductase  25.91 
 
 		 506 aa  55.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6289  FAD dependent oxidoreductase  23.21 
 
 		 510 aa  55.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00968377  normal  0.473682 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0006  amine oxidase  25.71 
 
 		 556 aa  55.1  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0405  amine oxidase  25.52 
 
 		 711 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0201487  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03701  phytoene dehydrogenase  23.01 
 
 		 509 aa  55.1  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640229  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05895  secretory pathway gdp dissociation inhibitor (AFU_orthologue; AFUA_2G11150)  24.38 
 
 		 468 aa  54.7  0.000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.438112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  24.81 
 
 		 508 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0893  hypothetical protein  25.1 
 
 		 427 aa  54.3  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  34.27 
 
 		 507 aa  54.3  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2352  FAD dependent oxidoreductase  23.73 
 
 		 495 aa  53.9  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.125181  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4024  FAD dependent oxidoreductase  24.81 
 
 		 547 aa  52.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.411315  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2043  amine oxidase  41.67 
 
 		 476 aa  52.8  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0112057  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  25.1 
 
 		 512 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  23.13 
 
 		 493 aa  52.8  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1137  UDP-galactopyranose mutase  23.4 
 
 		 505 aa  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1423  carotenoid isomerase  24.92 
 
 		 518 aa  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1681  carotenoid isomerase  24.84 
 
 		 518 aa  52.4  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.157771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3789  hypothetical protein  24.7 
 
 		 427 aa  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.673359 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  21.19 
 
 		 938 aa  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  24.36 
 
 		 504 aa  52.4  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2059  hypothetical protein  20.04 
 
 		 509 aa  52.4  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409241  normal  0.0351139 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2262  amine oxidase  22.83 
 
 		 436 aa  51.6  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239134  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_715  FAD dependent oxidoreductase  29.46 
 
 		 500 aa  51.6  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0263  FAD dependent oxidoreductase  61.9 
 
 		 513 aa  51.2  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_54800  carotenoid isomerase-like protein  22.7 
 
 		 923 aa  50.4  0.00006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0759229  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3278  FAD dependent oxidoreductase  25.26 
 
 		 502 aa  50.4  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3374  C-3',4' desaturase CrtD  58.54 
 
 		 499 aa  50.1  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  21.58 
 
 		 516 aa  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0168  hypothetical protein  24.58 
 
 		 414 aa  49.3  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.68498 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1188  phytoene desaturase  35.42 
 
 		 461 aa  50.1  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.045363  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2541  putative phytoene dehydrogenase  24.54 
 
 		 530 aa  49.7  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.553028 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2737  C-3',4' desaturase CrtD  58.54 
 
 		 499 aa  50.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000928862  unclonable  0.00000000408673 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3286  FAD dependent oxidoreductase  43.86 
 
 		 488 aa  49.7  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.370539 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0731  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  29.59 
 
 		 500 aa  49.3  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.444322  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1454  UDP-galactopyranose mutase  53.49 
 
 		 370 aa  49.3  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1238  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  47.37 
 
 		 472 aa  49.3  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.690842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0906  hypothetical protein  23.83 
 
 		 480 aa  48.5  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.396685  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3475  FAD dependent oxidoreductase  24.53 
 
 		 559 aa  48.9  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.621036  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3170  hypothetical protein  26.49 
 
 		 439 aa  48.9  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1708  hypothetical protein  20.39 
 
 		 509 aa  49.3  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.718334  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  25.64 
 
 		 531 aa  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2305  glycosyl transferase family 2  23.34 
 
 		 722 aa  48.5  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0138852  normal  0.273361 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1711  FAD dependent oxidoreductase  24.9 
 
 		 501 aa  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16851  phytoene dehydrogenase and related protein  42.86 
 
 		 503 aa  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4976  FAD dependent oxidoreductase  48.33 
 
 		 515 aa  47.8  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>