204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1834 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1329  FAD dependent oxidoreductase  75.6 
 
 		 501 aa  745    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914458  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1834  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 504 aa  1000    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0259899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4129  FAD dependent oxidoreductase  84.66 
 
 		 504 aa  838    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.60213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4728  FAD dependent oxidoreductase  69.62 
 
 		 481 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  30.81 
 
 		 740 aa  199  1.0000000000000001e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0577  All-trans-retinol 13,14-reductase  26.55 
 
 		 542 aa  160  6e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1209  conserved hypothetical protein, FAD-binding domain protein  25.92 
 
 		 502 aa  150  6e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  26.83 
 
 		 501 aa  117  6.9999999999999995e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1069  FAD dependent oxidoreductase  25.78 
 
 		 496 aa  109  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302171  hitchhiker  0.00376489 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1874  All-trans-retinol 13,14-reductase  24.05 
 
 		 501 aa  105  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5970  FAD dependent oxidoreductase  26.28 
 
 		 534 aa  95.5  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  27.39 
 
 		 522 aa  92.4  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.76 
 
 		 511 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.76 
 
 		 511 aa  91.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  25.3 
 
 		 547 aa  89.7  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03825  hypothetical protein  21.26 
 
 		 508 aa  88.6  2e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2002  FAD dependent oxidoreductase  22.6 
 
 		 510 aa  88.2  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1995  All-trans-retinol 13,14-reductase  21.15 
 
 		 499 aa  85.9  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1077  all-trans-retinol 13,14-reductase  20.08 
 
 		 505 aa  85.1  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  24.38 
 
 		 503 aa  84.3  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1701  amine oxidase  27.46 
 
 		 503 aa  81.6  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00066646 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  23.42 
 
 		 520 aa  80.5  0.00000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14681  putative carotenoid isomerase  23.15 
 
 		 520 aa  79.7  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.314761  normal  0.880307 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3286  FAD dependent oxidoreductase  24.42 
 
 		 488 aa  79  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.370539 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3011  All-trans-retinol 13,14-reductase  24.28 
 
 		 544 aa  77.4  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  23.03 
 
 		 532 aa  77  0.0000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.285502 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  24.21 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0636  putative carotenoid isomerase  22.96 
 
 		 520 aa  75.5  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  23.98 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  24 
 
 		 522 aa  74.3  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  26.82 
 
 		 508 aa  74.3  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  24.72 
 
 		 938 aa  73.2  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  26.94 
 
 		 505 aa  72.4  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  23.73 
 
 		 504 aa  72.8  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2330  carotene isomerase  24.72 
 
 		 508 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  22.95 
 
 		 506 aa  70.9  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09643  hypothetical protein  20.19 
 
 		 535 aa  70.1  0.00000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0783431  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  22.63 
 
 		 516 aa  68.6  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  26.84 
 
 		 519 aa  67.8  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  24.34 
 
 		 554 aa  67.4  0.0000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  26.19 
 
 		 507 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1423  carotenoid isomerase  23.79 
 
 		 518 aa  64.3  0.000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  24.24 
 
 		 503 aa  64.7  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  22.74 
 
 		 506 aa  63.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10011  putative carotenoid isomerase  24.02 
 
 		 520 aa  61.6  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.243247 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1681  carotenoid isomerase  24.91 
 
 		 518 aa  61.2  0.00000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.157771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2342  amine oxidase  28.16 
 
 		 505 aa  61.2  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2665  putative phytoene dehydrogenase  28.46 
 
 		 495 aa  59.7  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_54842  carotenoid isomerase  22.18 
 
 		 595 aa  58.2  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03711  phytoene dehydrogenase  54.35 
 
 		 509 aa  57.4  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3185  hypothetical protein  45.61 
 
 		 245 aa  57  0.0000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.29229  hitchhiker  0.00171019 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  23.46 
 
 		 492 aa  57  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0381  amine oxidase  27.1 
 
 		 510 aa  56.2  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3017  hypothetical protein  45.61 
 
 		 484 aa  55.5  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.191221  normal  0.019056 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3281  FAD dependent oxidoreductase  21.51 
 
 		 479 aa  55.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.463065  normal  0.0612809 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0731  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  21.34 
 
 		 500 aa  55.8  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.444322  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0811  phytoene dehydrogenase  22.39 
 
 		 523 aa  55.1  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0324739  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16851  phytoene dehydrogenase and related protein  24.82 
 
 		 503 aa  54.7  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2043  amine oxidase  51.06 
 
 		 476 aa  54.3  0.000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0112057  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  28.95 
 
 		 552 aa  53.9  0.000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3475  FAD dependent oxidoreductase  25.42 
 
 		 559 aa  53.9  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.621036  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3278  FAD dependent oxidoreductase  24.81 
 
 		 502 aa  53.5  0.000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  26.75 
 
 		 508 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0345  phytoene dehydrogenase  50 
 
 		 509 aa  53.1  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0263  FAD dependent oxidoreductase  66.67 
 
 		 513 aa  53.1  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  25.14 
 
 		 507 aa  52.8  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03741  phytoene dehydrogenase  26.67 
 
 		 509 aa  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43564  predicted protein  21.93 
 
 		 554 aa  52  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.079373  normal  0.0235879 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3431  amine oxidase  25.64 
 
 		 529 aa  52.4  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.478071  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  21.81 
 
 		 502 aa  52.8  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  21.81 
 
 		 502 aa  52.8  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1027  C-3',4' desaturase CrtD  25.37 
 
 		 504 aa  52  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12061  putative carotenoid isomerase  20.76 
 
 		 514 aa  51.6  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.809432  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1454  UDP-galactopyranose mutase  55.81 
 
 		 370 aa  51.6  0.00003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6289  FAD dependent oxidoreductase  23.06 
 
 		 510 aa  51.2  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00968377  normal  0.473682 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2541  putative phytoene dehydrogenase  25.66 
 
 		 530 aa  51.2  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.553028 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_54800  carotenoid isomerase-like protein  30.97 
 
 		 923 aa  51.2  0.00004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0759229  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1238  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  41.54 
 
 		 472 aa  51.6  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.690842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0319  amine oxidase  24.51 
 
 		 489 aa  51.2  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  23.54 
 
 		 531 aa  50.8  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0956  amine oxidase  25.83 
 
 		 434 aa  50.8  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.618507  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0346  amine oxidase  26.69 
 
 		 494 aa  50.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  25.7 
 
 		 518 aa  50.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0789  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  41.94 
 
 		 470 aa  50.8  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0096  FAD dependent oxidoreductase  25.21 
 
 		 722 aa  50.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.490674 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0906  hypothetical protein  22.2 
 
 		 480 aa  50.4  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.396685  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2921  hypothetical protein  23.96 
 
 		 436 aa  50.4  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0819317 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  23.85 
 
 		 511 aa  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  22.01 
 
 		 504 aa  50.1  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1160  hypothetical protein  33.98 
 
 		 495 aa  49.7  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0006  amine oxidase  25.47 
 
 		 556 aa  49.7  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4014  UDP-galactopyranose mutase  48.89 
 
 		 376 aa  50.1  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  25.82 
 
 		 524 aa  49.7  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1487  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  24.91 
 
 		 510 aa  49.7  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000619668 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03701  phytoene dehydrogenase  47.83 
 
 		 509 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640229  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2262  amine oxidase  21.65 
 
 		 436 aa  50.1  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239134  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1486  FAD dependent oxidoreductase  24.86 
 
 		 554 aa  49.7  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.975068 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2059  hypothetical protein  20 
 
 		 509 aa  50.1  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409241  normal  0.0351139 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2410  hypothetical protein  24.26 
 
 		 436 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4976  FAD dependent oxidoreductase  50 
 
 		 515 aa  48.9  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>