More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0405 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0405  amine oxidase  100 
 
 		 711 aa  1429    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0201487  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0096  FAD dependent oxidoreductase  77.12 
 
 		 722 aa  1018    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.490674 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7528  putative phytoene dehydrogenase and related proteins  63.95 
 
 		 708 aa  861    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0706  FAD dependent oxidoreductase  76.01 
 
 		 717 aa  1063    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2330  carotene isomerase  29.66 
 
 		 508 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  32.42 
 
 		 507 aa  160  5e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14681  putative carotenoid isomerase  27.68 
 
 		 520 aa  158  3e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.314761  normal  0.880307 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  29.29 
 
 		 503 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  26.97 
 
 		 512 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  26.97 
 
 		 512 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  29.96 
 
 		 522 aa  155  2e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  28.02 
 
 		 508 aa  154  8e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0636  putative carotenoid isomerase  27.68 
 
 		 520 aa  153  8.999999999999999e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  27.06 
 
 		 506 aa  151  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1681  carotenoid isomerase  27.76 
 
 		 518 aa  148  4.0000000000000006e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.157771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10011  putative carotenoid isomerase  28.05 
 
 		 520 aa  146  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.243247 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  26.01 
 
 		 938 aa  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1701  amine oxidase  30.21 
 
 		 503 aa  145  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00066646 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0345  phytoene dehydrogenase  26.84 
 
 		 509 aa  142  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  28.21 
 
 		 505 aa  142  3e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1423  carotenoid isomerase  27.19 
 
 		 518 aa  141  4.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03701  phytoene dehydrogenase  27 
 
 		 509 aa  141  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640229  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03711  phytoene dehydrogenase  27.39 
 
 		 509 aa  141  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39472  predicted protein  31.81 
 
 		 645 aa  137  7.000000000000001e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000845209  normal  0.555705 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  25.78 
 
 		 506 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  26.21 
 
 		 516 aa  134  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  27.19 
 
 		 504 aa  134  6.999999999999999e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3632  FAD dependent oxidoreductase  25.35 
 
 		 506 aa  134  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4146  All-trans-retinol 13,14-reductase  28.06 
 
 		 562 aa  133  9e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.559453  decreased coverage  0.00452261 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4976  FAD dependent oxidoreductase  27.52 
 
 		 515 aa  133  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  27.72 
 
 		 503 aa  133  1.0000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1898  hypothetical protein  30.99 
 
 		 511 aa  132  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.405447  normal  0.754346 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3011  All-trans-retinol 13,14-reductase  26.14 
 
 		 544 aa  132  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3278  FAD dependent oxidoreductase  25.9 
 
 		 502 aa  130  7.000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  24.66 
 
 		 532 aa  130  9.000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.285502 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12221  putative carotenoid isomerase  25.25 
 
 		 514 aa  129  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12211  putative carotenoid isomerase  25.1 
 
 		 514 aa  125  2e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12061  putative carotenoid isomerase  24.3 
 
 		 514 aa  125  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.809432  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0489  hypothetical protein  26.38 
 
 		 509 aa  124  5e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43564  predicted protein  28.52 
 
 		 554 aa  124  6e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.079373  normal  0.0235879 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_12111  hypothetical protein  26.57 
 
 		 509 aa  124  9e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03741  phytoene dehydrogenase  26.96 
 
 		 509 aa  123  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3602  FAD dependent oxidoreductase  25.6 
 
 		 497 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0871  amine oxidase  28.01 
 
 		 512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.598168  normal  0.0715769 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2512  FAD dependent oxidoreductase  25.6 
 
 		 497 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.224928  normal  0.507466 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45243  carotenoid isomerase  28.49 
 
 		 598 aa  121  4.9999999999999996e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0755538  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1126  putative carotenoid isomerase  24.65 
 
 		 514 aa  120  9e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.777729  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1841  FAD dependent oxidoreductase  27.59 
 
 		 512 aa  119  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  27.5 
 
 		 501 aa  117  5e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  26.86 
 
 		 522 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2672  amine oxidase  25 
 
 		 513 aa  115  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0761  hypothetical protein  28.35 
 
 		 510 aa  114  9e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4578  FAD dependent oxidoreductase  28.46 
 
 		 512 aa  112  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3281  FAD dependent oxidoreductase  26.4 
 
 		 479 aa  110  7.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.463065  normal  0.0612809 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1723  carotene isomerase  27.36 
 
 		 516 aa  110  8.000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09643  hypothetical protein  21.49 
 
 		 535 aa  110  8.000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0783431  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1209  conserved hypothetical protein, FAD-binding domain protein  25.15 
 
 		 502 aa  110  9.000000000000001e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32217  predicted protein  28.82 
 
 		 504 aa  109  2e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.340213  normal  0.0518556 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  24.24 
 
 		 511 aa  108  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  24.24 
 
 		 520 aa  108  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_54842  carotenoid isomerase  25.28 
 
 		 595 aa  108  5e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  24.85 
 
 		 547 aa  107  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9210  CRTISO5 carotenoid isomerase 5,phytoene dehydrogenase-related protein  25.67 
 
 		 530 aa  105  2e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  24.66 
 
 		 740 aa  106  2e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  24.05 
 
 		 511 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1708  hypothetical protein  23.03 
 
 		 509 aa  103  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.718334  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2065  FAD dependent oxidoreductase  24.9 
 
 		 484 aa  101  5e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1069  FAD dependent oxidoreductase  24.53 
 
 		 496 aa  98.6  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302171  hitchhiker  0.00376489 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1711  FAD dependent oxidoreductase  28.4 
 
 		 501 aa  98.6  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2059  hypothetical protein  23.03 
 
 		 509 aa  95.9  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409241  normal  0.0351139 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5970  FAD dependent oxidoreductase  25.46 
 
 		 534 aa  96.3  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  23.77 
 
 		 492 aa  94  9e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_51868  carotenoid isomerase  24.11 
 
 		 633 aa  91.3  6e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  25.52 
 
 		 512 aa  89.7  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0577  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.92 
 
 		 542 aa  90.5  1e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0811  phytoene dehydrogenase  22.85 
 
 		 523 aa  89  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0324739  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0381  amine oxidase  27.9 
 
 		 510 aa  89  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0319  amine oxidase  25.93 
 
 		 489 aa  88.6  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  23.42 
 
 		 511 aa  88.6  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2352  FAD dependent oxidoreductase  25.23 
 
 		 495 aa  87.4  7e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.125181  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0939  amine oxidase  23.39 
 
 		 496 aa  87  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3475  FAD dependent oxidoreductase  23.46 
 
 		 559 aa  86.7  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.621036  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  24.29 
 
 		 511 aa  87  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  23.95 
 
 		 511 aa  86.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  23.31 
 
 		 511 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0346  amine oxidase  24.5 
 
 		 494 aa  85.9  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  27.36 
 
 		 498 aa  85.1  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6289  FAD dependent oxidoreductase  24.17 
 
 		 510 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00968377  normal  0.473682 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1486  FAD dependent oxidoreductase  23.8 
 
 		 554 aa  85.1  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.975068 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  25.92 
 
 		 509 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3530  oxidoreductase  27.31 
 
 		 531 aa  84  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  23.57 
 
 		 554 aa  84  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0308  FAD dependent oxidoreductase  25.14 
 
 		 547 aa  82.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.733784  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3174  FAD dependent oxidoreductase  27.31 
 
 		 531 aa  82.4  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.919135 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  25.5 
 
 		 525 aa  82  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  22.16 
 
 		 494 aa  82.4  0.00000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_54826  carotenoid isomerase  25.05 
 
 		 635 aa  82  0.00000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0698106  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6157  putative phytoene dehydrogenase family protein  24.81 
 
 		 533 aa  82  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375282  normal  0.113405 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_715  FAD dependent oxidoreductase  22.56 
 
 		 500 aa  81.6  0.00000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  24.28 
 
 		 553 aa  80.9  0.00000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>