More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0706 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0096  FAD dependent oxidoreductase  82.34 
 
 
722 aa  1083    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.490674 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0706  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
717 aa  1430    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7528  putative phytoene dehydrogenase and related proteins  64.7 
 
 
708 aa  869    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0405  amine oxidase  76.01 
 
 
711 aa  1024    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0201487  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  31.29 
 
 
508 aa  177  5e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  31.39 
 
 
522 aa  176  9.999999999999999e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  30.98 
 
 
503 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  31.96 
 
 
507 aa  174  5.999999999999999e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2330  carotene isomerase  30.48 
 
 
508 aa  172  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  29.48 
 
 
506 aa  169  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  28.79 
 
 
512 aa  165  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  28.79 
 
 
512 aa  165  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  30.49 
 
 
505 aa  160  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14681  putative carotenoid isomerase  28.11 
 
 
520 aa  155  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.314761  normal  0.880307 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  29.17 
 
 
503 aa  153  8.999999999999999e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1701  amine oxidase  29.54 
 
 
503 aa  153  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00066646 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1681  carotenoid isomerase  28.65 
 
 
518 aa  150  9e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.157771  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  27.51 
 
 
506 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0636  putative carotenoid isomerase  27.74 
 
 
520 aa  149  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10011  putative carotenoid isomerase  29.77 
 
 
520 aa  148  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.243247 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  29.22 
 
 
504 aa  143  9e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176287  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1423  carotenoid isomerase  28.36 
 
 
518 aa  143  9.999999999999999e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4976  FAD dependent oxidoreductase  27.64 
 
 
515 aa  142  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2512  FAD dependent oxidoreductase  28.57 
 
 
497 aa  141  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.224928  normal  0.507466 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  27.72 
 
 
938 aa  141  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3602  FAD dependent oxidoreductase  28.76 
 
 
497 aa  140  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3278  FAD dependent oxidoreductase  26.87 
 
 
502 aa  140  1e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3632  FAD dependent oxidoreductase  27.59 
 
 
506 aa  135  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03711  phytoene dehydrogenase  27.03 
 
 
509 aa  134  6e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03701  phytoene dehydrogenase  26.67 
 
 
509 aa  133  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640229  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43564  predicted protein  28.44 
 
 
554 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.079373  normal  0.0235879 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1898  hypothetical protein  30.32 
 
 
511 aa  131  3e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.405447  normal  0.754346 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  25.43 
 
 
532 aa  131  4.0000000000000003e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.285502 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39472  predicted protein  27.48 
 
 
645 aa  130  7.000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000845209  normal  0.555705 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  27 
 
 
501 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0345  phytoene dehydrogenase  26.67 
 
 
509 aa  129  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0489  hypothetical protein  26.39 
 
 
509 aa  129  3e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1841  FAD dependent oxidoreductase  27.68 
 
 
512 aa  128  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2672  amine oxidase  26.39 
 
 
513 aa  127  5e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4146  All-trans-retinol 13,14-reductase  26.99 
 
 
562 aa  127  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.559453  decreased coverage  0.00452261 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3011  All-trans-retinol 13,14-reductase  27.21 
 
 
544 aa  127  8.000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_12111  hypothetical protein  26.21 
 
 
509 aa  125  3e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0871  amine oxidase  27.61 
 
 
512 aa  124  7e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.598168  normal  0.0715769 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  25.84 
 
 
516 aa  124  8e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0761  hypothetical protein  28.74 
 
 
510 aa  121  3.9999999999999996e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12221  putative carotenoid isomerase  24.9 
 
 
514 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12211  putative carotenoid isomerase  25.34 
 
 
514 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12061  putative carotenoid isomerase  24.8 
 
 
514 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.809432  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  25.48 
 
 
522 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  26.9 
 
 
740 aa  117  1.0000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45243  carotenoid isomerase  27.87 
 
 
598 aa  115  2.0000000000000002e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0755538  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03741  phytoene dehydrogenase  25.9 
 
 
509 aa  115  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1209  conserved hypothetical protein, FAD-binding domain protein  25.1 
 
 
502 aa  115  4.0000000000000004e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  26.5 
 
 
547 aa  114  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1126  putative carotenoid isomerase  24.56 
 
 
514 aa  110  7.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.777729  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  24.04 
 
 
520 aa  109  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9210  CRTISO5 carotenoid isomerase 5,phytoene dehydrogenase-related protein  26.27 
 
 
530 aa  108  4e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5970  FAD dependent oxidoreductase  26.65 
 
 
534 aa  107  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4578  FAD dependent oxidoreductase  26.18 
 
 
512 aa  105  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1723  carotene isomerase  27.15 
 
 
516 aa  103  8e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2065  FAD dependent oxidoreductase  26.24 
 
 
484 aa  103  1e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.48 
 
 
511 aa  103  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3281  FAD dependent oxidoreductase  25.79 
 
 
479 aa  102  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.463065  normal  0.0612809 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_54842  carotenoid isomerase  26.03 
 
 
595 aa  102  2e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.3 
 
 
511 aa  101  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2352  FAD dependent oxidoreductase  23.49 
 
 
495 aa  101  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.125181  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0577  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.95 
 
 
542 aa  99.4  2e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  27.94 
 
 
525 aa  99  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1069  FAD dependent oxidoreductase  25.05 
 
 
496 aa  99  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302171  hitchhiker  0.00376489 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32217  predicted protein  27.83 
 
 
504 aa  98.6  4e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.340213  normal  0.0518556 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09643  hypothetical protein  21.67 
 
 
535 aa  98.2  5e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0783431  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0319  amine oxidase  27.38 
 
 
489 aa  96.7  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  29.77 
 
 
529 aa  95.9  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  24.28 
 
 
511 aa  95.1  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  29.74 
 
 
530 aa  94.7  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1607  FAD dependent oxidoreductase  25.53 
 
 
510 aa  93.2  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0308  FAD dependent oxidoreductase  24.26 
 
 
547 aa  92.8  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.733784  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1708  hypothetical protein  22.41 
 
 
509 aa  92.8  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.718334  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  23.7 
 
 
511 aa  91.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1486  FAD dependent oxidoreductase  24.33 
 
 
554 aa  91.7  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.975068 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1027  C-3',4' desaturase CrtD  25.58 
 
 
504 aa  90.9  7e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  29.51 
 
 
530 aa  90.9  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1711  FAD dependent oxidoreductase  26.19 
 
 
501 aa  90.5  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  24.28 
 
 
511 aa  85.5  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3530  oxidoreductase  26.64 
 
 
531 aa  85.1  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3475  FAD dependent oxidoreductase  23.88 
 
 
559 aa  85.1  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.621036  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0939  amine oxidase  23.86 
 
 
496 aa  84.7  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2838  FAD dependent oxidoreductase  26.64 
 
 
531 aa  84.3  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.320797  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0381  amine oxidase  27.32 
 
 
510 aa  84.3  0.000000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  26.55 
 
 
530 aa  84  0.000000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_51868  carotenoid isomerase  24.25 
 
 
633 aa  84  0.000000000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  23.24 
 
 
554 aa  84  0.000000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  24.95 
 
 
512 aa  84  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0346  amine oxidase  25.05 
 
 
494 aa  84  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  25.75 
 
 
505 aa  83.6  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3174  FAD dependent oxidoreductase  26.25 
 
 
531 aa  84  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.919135 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  22.93 
 
 
511 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  25.55 
 
 
553 aa  82.8  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6289  FAD dependent oxidoreductase  26.39 
 
 
510 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00968377  normal  0.473682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6157  putative phytoene dehydrogenase family protein  27.24 
 
 
533 aa  82.4  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375282  normal  0.113405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>