More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1874 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1874  All-trans-retinol 13,14-reductase  100 
 
 
501 aa  1049    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2002  FAD dependent oxidoreductase  47.91 
 
 
510 aa  501  1e-140  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1077  all-trans-retinol 13,14-reductase  47.4 
 
 
505 aa  495  1e-139  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03825  hypothetical protein  46.4 
 
 
508 aa  459  9.999999999999999e-129  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1995  All-trans-retinol 13,14-reductase  40.16 
 
 
499 aa  395  1e-108  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2665  putative phytoene dehydrogenase  26.52 
 
 
495 aa  196  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0906  hypothetical protein  26.39 
 
 
480 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.396685  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  26.25 
 
 
547 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3011  All-trans-retinol 13,14-reductase  26.9 
 
 
544 aa  151  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5970  FAD dependent oxidoreductase  24.41 
 
 
534 aa  140  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  25.53 
 
 
520 aa  139  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0577  All-trans-retinol 13,14-reductase  26.3 
 
 
542 aa  134  5e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09643  hypothetical protein  25.1 
 
 
535 aa  133  9e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0783431  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.54 
 
 
511 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.54 
 
 
511 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.22 
 
 
522 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4146  All-trans-retinol 13,14-reductase  24.28 
 
 
562 aa  117  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.559453  decreased coverage  0.00452261 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  25.58 
 
 
501 aa  107  4e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1209  conserved hypothetical protein, FAD-binding domain protein  23.42 
 
 
502 aa  94.7  3e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  25.1 
 
 
503 aa  94  6e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  22.64 
 
 
740 aa  93.6  8e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1069  FAD dependent oxidoreductase  26.57 
 
 
496 aa  93.2  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302171  hitchhiker  0.00376489 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2059  hypothetical protein  22.56 
 
 
509 aa  92  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409241  normal  0.0351139 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3726  phytoene dehydrogenase and related proteins-like  23.8 
 
 
586 aa  92.4  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  24.03 
 
 
507 aa  89.7  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1137  UDP-galactopyranose mutase  22.88 
 
 
505 aa  86.3  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  23.33 
 
 
522 aa  85.5  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0345  phytoene dehydrogenase  22.76 
 
 
509 aa  84.7  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1701  amine oxidase  24.29 
 
 
503 aa  83.6  0.000000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00066646 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  21.31 
 
 
508 aa  83.2  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  23.68 
 
 
505 aa  82.8  0.00000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20111  phytoene dehydrogenase and related proteins  22.78 
 
 
505 aa  82  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.428487  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1329  FAD dependent oxidoreductase  23.03 
 
 
501 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914458  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17531  phytoene dehydrogenase  21.26 
 
 
501 aa  80.5  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  23.85 
 
 
492 aa  80.5  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_54800  carotenoid isomerase-like protein  19.69 
 
 
923 aa  79  0.0000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0759229  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1834  FAD dependent oxidoreductase  24.22 
 
 
504 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0259899 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  22.8 
 
 
512 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  22.8 
 
 
512 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16851  phytoene dehydrogenase and related protein  20.81 
 
 
503 aa  78.2  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03711  phytoene dehydrogenase  23.5 
 
 
509 aa  78.2  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1708  hypothetical protein  22.41 
 
 
509 aa  77  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.718334  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03701  phytoene dehydrogenase  22.67 
 
 
509 aa  76.6  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640229  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  20.9 
 
 
938 aa  76.6  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0319  amine oxidase  20.91 
 
 
489 aa  76.3  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2310  FAD dependent oxidoreductase  25.17 
 
 
514 aa  75.9  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.6902  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4129  FAD dependent oxidoreductase  23.56 
 
 
504 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.60213 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  23.45 
 
 
503 aa  74.3  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  26.6 
 
 
508 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3278  FAD dependent oxidoreductase  23.21 
 
 
502 aa  73.9  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1027  C-3',4' desaturase CrtD  21.81 
 
 
504 aa  73.2  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1607  FAD dependent oxidoreductase  24.91 
 
 
510 aa  73.2  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1658  UDP-galactopyranose mutase  22.14 
 
 
501 aa  72.8  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1673  FAD dependent oxidoreductase  23.84 
 
 
537 aa  72.8  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.0012513  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1944  phytoene dehydrogenase related enzyme  22.64 
 
 
495 aa  72  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  21.86 
 
 
506 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0308  FAD dependent oxidoreductase  20.58 
 
 
547 aa  71.2  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.733784  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  21.84 
 
 
506 aa  70.9  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2512  FAD dependent oxidoreductase  24.71 
 
 
497 aa  70.9  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.224928  normal  0.507466 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  20.95 
 
 
516 aa  70.9  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0386  phytoene dehydrogenase related enzyme  20.47 
 
 
500 aa  70.1  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4976  FAD dependent oxidoreductase  20.93 
 
 
515 aa  70.1  0.00000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  24.06 
 
 
504 aa  70.1  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0939  amine oxidase  21.9 
 
 
496 aa  68.9  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_715  FAD dependent oxidoreductase  41.89 
 
 
500 aa  68.6  0.0000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2737  C-3',4' desaturase CrtD  43.42 
 
 
499 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000928862  unclonable  0.00000000408673 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3374  C-3',4' desaturase CrtD  43.42 
 
 
499 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2342  amine oxidase  23.2 
 
 
505 aa  68.6  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10011  putative carotenoid isomerase  23.75 
 
 
520 aa  68.6  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.243247 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3602  FAD dependent oxidoreductase  24.52 
 
 
497 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0226  FAD dependent oxidoreductase  22.46 
 
 
518 aa  67.4  0.0000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03741  phytoene dehydrogenase  22.09 
 
 
509 aa  67.4  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3854  FAD dependent oxidoreductase  21.43 
 
 
530 aa  67  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0245  amine oxidase  21.19 
 
 
491 aa  66.6  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6157  putative phytoene dehydrogenase family protein  20.17 
 
 
533 aa  66.6  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375282  normal  0.113405 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3286  FAD dependent oxidoreductase  23.39 
 
 
488 aa  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.370539 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9210  CRTISO5 carotenoid isomerase 5,phytoene dehydrogenase-related protein  22.18 
 
 
530 aa  65.9  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  24.41 
 
 
507 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17571  phytoene dehydrogenase and related protein  42.47 
 
 
501 aa  65.9  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.274386  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  22.65 
 
 
518 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2065  FAD dependent oxidoreductase  21.7 
 
 
484 aa  65.9  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22931  phytoene dehydrogenase  22.44 
 
 
503 aa  65.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  21.56 
 
 
537 aa  65.5  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0933  phytoene dehydrogenase and related proteins-like  23.19 
 
 
474 aa  65.1  0.000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  22.01 
 
 
508 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1711  FAD dependent oxidoreductase  20.72 
 
 
501 aa  64.7  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  24.64 
 
 
512 aa  64.3  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0731  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  22.68 
 
 
500 aa  64.3  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.444322  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0970  phytoene dehydrogenase-like  22.31 
 
 
523 aa  64.3  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354104  normal  0.67541 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2878  amine oxidase  20.04 
 
 
527 aa  64.3  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.700832  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0706  FAD dependent oxidoreductase  21.59 
 
 
717 aa  63.9  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0811  phytoene dehydrogenase  35.29 
 
 
523 aa  63.2  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0324739  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  21.95 
 
 
504 aa  62.8  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176287  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  23 
 
 
519 aa  62.8  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  22.24 
 
 
511 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1487  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  22.32 
 
 
510 aa  62.8  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000619668 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17731  phytoene dehydrogenase  42.47 
 
 
501 aa  63.2  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0636  putative carotenoid isomerase  23.34 
 
 
520 aa  62  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2640  amine oxidase  22.5 
 
 
495 aa  62.4  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  22.04 
 
 
532 aa  62  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.285502 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>