More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2002 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2002  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 510 aa  1062    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1874  All-trans-retinol 13,14-reductase  47.91 
 
 		 501 aa  501  1e-140  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1077  all-trans-retinol 13,14-reductase  48.12 
 
 		 505 aa  496  1e-139  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03825  hypothetical protein  45.04 
 
 		 508 aa  443  1e-123  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1995  All-trans-retinol 13,14-reductase  38.65 
 
 		 499 aa  375  1e-103  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2665  putative phytoene dehydrogenase  27.26 
 
 		 495 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5970  FAD dependent oxidoreductase  26 
 
 		 534 aa  150  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09643  hypothetical protein  26.71 
 
 		 535 aa  147  4.0000000000000006e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0783431  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  26.94 
 
 		 547 aa  143  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3011  All-trans-retinol 13,14-reductase  25.94 
 
 		 544 aa  140  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0906  hypothetical protein  23.19 
 
 		 480 aa  124  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.396685  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  24.95 
 
 		 520 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.65 
 
 		 511 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.33 
 
 		 511 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  22.95 
 
 		 522 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0577  All-trans-retinol 13,14-reductase  25.24 
 
 		 542 aa  102  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  22.71 
 
 		 512 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  22.71 
 
 		 512 aa  101  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  24.47 
 
 		 507 aa  100  5e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  24.25 
 
 		 740 aa  100  6e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  24.76 
 
 		 507 aa  100  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4146  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.67 
 
 		 562 aa  98.2  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.559453  decreased coverage  0.00452261 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  23.02 
 
 		 506 aa  97.1  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  24.38 
 
 		 505 aa  95.5  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  24.24 
 
 		 504 aa  95.5  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10011  putative carotenoid isomerase  23.11 
 
 		 520 aa  94.7  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.243247 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  22.94 
 
 		 516 aa  94.4  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2330  carotene isomerase  22.42 
 
 		 508 aa  92.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  22 
 
 		 506 aa  91.7  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  22.97 
 
 		 532 aa  90.1  8e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.285502 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  23.58 
 
 		 522 aa  90.1  9e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  23.79 
 
 		 508 aa  89.4  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  22.59 
 
 		 938 aa  83.6  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1423  carotenoid isomerase  22.74 
 
 		 518 aa  82.8  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1701  amine oxidase  23.25 
 
 		 503 aa  80.9  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00066646 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  24.17 
 
 		 511 aa  80.9  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  23.92 
 
 		 503 aa  80.9  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0636  putative carotenoid isomerase  22.44 
 
 		 520 aa  80.5  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1681  carotenoid isomerase  22.24 
 
 		 518 aa  80.1  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.157771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  24.8 
 
 		 508 aa  80.1  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0345  phytoene dehydrogenase  20.91 
 
 		 509 aa  79.3  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1329  FAD dependent oxidoreductase  24.58 
 
 		 501 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914458  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  21.98 
 
 		 503 aa  79.3  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  25.48 
 
 		 501 aa  78.2  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14681  putative carotenoid isomerase  22.4 
 
 		 520 aa  78.6  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.314761  normal  0.880307 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  24.14 
 
 		 511 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3281  FAD dependent oxidoreductase  22.13 
 
 		 479 aa  73.9  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.463065  normal  0.0612809 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0319  amine oxidase  20.39 
 
 		 489 aa  72.8  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  23.59 
 
 		 511 aa  73.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03711  phytoene dehydrogenase  20.52 
 
 		 509 aa  72.4  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1944  phytoene dehydrogenase related enzyme  21.41 
 
 		 495 aa  71.6  0.00000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4273  C-3',4' desaturase CrtD  20.84 
 
 		 499 aa  70.5  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.938391 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  23.03 
 
 		 511 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1834  FAD dependent oxidoreductase  22.33 
 
 		 504 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0259899 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  23.69 
 
 		 508 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1209  conserved hypothetical protein, FAD-binding domain protein  22.38 
 
 		 502 aa  67.8  0.0000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_54800  carotenoid isomerase-like protein  20.28 
 
 		 923 aa  67  0.0000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0759229  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3185  hypothetical protein  42.16 
 
 		 245 aa  67  0.0000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.29229  hitchhiker  0.00171019 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1711  FAD dependent oxidoreductase  22.24 
 
 		 501 aa  66.2  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03741  phytoene dehydrogenase  19.22 
 
 		 509 aa  66.2  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  22.97 
 
 		 492 aa  66.6  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16851  phytoene dehydrogenase and related protein  20.38 
 
 		 503 aa  65.9  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03701  phytoene dehydrogenase  20.31 
 
 		 509 aa  65.9  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640229  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1069  FAD dependent oxidoreductase  22.31 
 
 		 496 aa  64.7  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302171  hitchhiker  0.00376489 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  24.32 
 
 		 552 aa  64.3  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  22.41 
 
 		 504 aa  64.3  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3854  FAD dependent oxidoreductase  23.6 
 
 		 530 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45243  carotenoid isomerase  25.57 
 
 		 598 aa  62.8  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0755538  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2065  FAD dependent oxidoreductase  22.41 
 
 		 484 aa  62.8  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1027  C-3',4' desaturase CrtD  21.73 
 
 		 504 aa  62.8  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  22.63 
 
 		 519 aa  62.4  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0386  phytoene dehydrogenase related enzyme  20.62 
 
 		 500 aa  62  0.00000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0006  amine oxidase  29.79 
 
 		 556 aa  61.6  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3017  hypothetical protein  38.24 
 
 		 484 aa  61.2  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.191221  normal  0.019056 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1708  hypothetical protein  21.55 
 
 		 509 aa  60.8  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.718334  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4129  FAD dependent oxidoreductase  21.87 
 
 		 504 aa  60.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.60213 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2059  hypothetical protein  20.2 
 
 		 509 aa  60.5  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409241  normal  0.0351139 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2737  C-3',4' desaturase CrtD  20.63 
 
 		 499 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000928862  unclonable  0.00000000408673 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  22.48 
 
 		 512 aa  59.7  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  22.8 
 
 		 518 aa  59.7  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  23.41 
 
 		 507 aa  59.7  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  22.09 
 
 		 508 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  22.55 
 
 		 518 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  22.55 
 
 		 518 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22931  phytoene dehydrogenase  20.12 
 
 		 503 aa  58.9  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3374  C-3',4' desaturase CrtD  20.63 
 
 		 499 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1607  FAD dependent oxidoreductase  24 
 
 		 510 aa  59.3  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17531  phytoene dehydrogenase  41.1 
 
 		 501 aa  59.3  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  20.83 
 
 		 498 aa  58.9  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0706  FAD dependent oxidoreductase  23.16 
 
 		 717 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3726  phytoene dehydrogenase and related proteins-like  24.82 
 
 		 586 aa  58.2  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4976  FAD dependent oxidoreductase  21.83 
 
 		 515 aa  57.8  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  27.66 
 
 		 548 aa  57.8  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6289  FAD dependent oxidoreductase  24.24 
 
 		 510 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00968377  normal  0.473682 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_38345  predicted protein  21.25 
 
 		 599 aa  57.4  0.0000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.526893  normal  0.29017 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20111  phytoene dehydrogenase and related proteins  36 
 
 		 505 aa  57.4  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.428487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1137  UDP-galactopyranose mutase  36 
 
 		 505 aa  57.4  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2878  amine oxidase  21.4 
 
 		 527 aa  57.4  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.700832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_54842  carotenoid isomerase  21.74 
 
 		 595 aa  57.4  0.0000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  24.07 
 
 		 524 aa  56.2  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>