230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3726 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3726  phytoene dehydrogenase and related proteins-like  100 
 
 
586 aa  1223    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2408  FAD dependent oxidoreductase  60.33 
 
 
563 aa  697    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.410244  normal  0.0736984 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2065  FAD dependent oxidoreductase  33.4 
 
 
484 aa  281  3e-74  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6289  FAD dependent oxidoreductase  29.5 
 
 
510 aa  238  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00968377  normal  0.473682 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1763  FAD dependent oxidoreductase  29.58 
 
 
498 aa  222  9.999999999999999e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0731  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  27.98 
 
 
500 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.444322  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0939  amine oxidase  25.56 
 
 
496 aa  206  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0811  phytoene dehydrogenase  28.25 
 
 
523 aa  204  3e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0324739  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_715  FAD dependent oxidoreductase  28.73 
 
 
500 aa  203  6e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  25.56 
 
 
522 aa  123  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1701  amine oxidase  25.1 
 
 
503 aa  117  6.9999999999999995e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00066646 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  26.45 
 
 
516 aa  116  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  26.42 
 
 
507 aa  115  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  26.23 
 
 
503 aa  115  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  23.16 
 
 
503 aa  113  8.000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2330  carotene isomerase  23.28 
 
 
508 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  24.81 
 
 
501 aa  111  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1069  FAD dependent oxidoreductase  25.05 
 
 
496 aa  109  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302171  hitchhiker  0.00376489 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  23.12 
 
 
508 aa  109  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  23.59 
 
 
512 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  23.19 
 
 
506 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  24.84 
 
 
938 aa  107  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  23.38 
 
 
512 aa  107  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  24.49 
 
 
506 aa  105  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  24.17 
 
 
505 aa  105  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10011  putative carotenoid isomerase  23.65 
 
 
520 aa  101  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.243247 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  24.59 
 
 
532 aa  101  4e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.285502 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  23.16 
 
 
504 aa  100  6e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176287  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1681  carotenoid isomerase  23.81 
 
 
518 aa  100  7e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.157771  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14681  putative carotenoid isomerase  25.21 
 
 
520 aa  100  7e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.314761  normal  0.880307 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1423  carotenoid isomerase  22.89 
 
 
518 aa  99.8  1e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  24.44 
 
 
740 aa  97.8  4e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12061  putative carotenoid isomerase  24.36 
 
 
514 aa  97.8  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.809432  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12211  putative carotenoid isomerase  24.36 
 
 
514 aa  95.9  2e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0636  putative carotenoid isomerase  24.22 
 
 
520 aa  92.8  1e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0006  amine oxidase  25.55 
 
 
556 aa  92.8  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1874  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.8 
 
 
501 aa  92.4  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3632  FAD dependent oxidoreductase  22.69 
 
 
506 aa  91.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3278  FAD dependent oxidoreductase  22.71 
 
 
502 aa  92  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1126  putative carotenoid isomerase  23.72 
 
 
514 aa  89.4  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.777729  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12221  putative carotenoid isomerase  23.91 
 
 
514 aa  89.4  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  22.61 
 
 
520 aa  87.8  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1077  all-trans-retinol 13,14-reductase  21.46 
 
 
505 aa  87.8  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  22.48 
 
 
511 aa  87.4  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2672  amine oxidase  23.24 
 
 
513 aa  86.3  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  21.91 
 
 
511 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  23.06 
 
 
547 aa  85.5  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  22.03 
 
 
511 aa  83.6  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  22.68 
 
 
522 aa  82.4  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0577  All-trans-retinol 13,14-reductase  22.91 
 
 
542 aa  82.4  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_12111  hypothetical protein  23.14 
 
 
509 aa  81.6  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  21.87 
 
 
511 aa  80.9  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  26.91 
 
 
518 aa  80.5  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0489  hypothetical protein  22.22 
 
 
509 aa  79.3  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4024  FAD dependent oxidoreductase  22.36 
 
 
547 aa  79.3  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.411315  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03825  hypothetical protein  22.43 
 
 
508 aa  79  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  21.27 
 
 
507 aa  78.6  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  25.84 
 
 
546 aa  78.6  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2512  FAD dependent oxidoreductase  21.73 
 
 
497 aa  78.2  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.224928  normal  0.507466 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  27.27 
 
 
518 aa  77.4  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  27.27 
 
 
518 aa  77.4  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  21.44 
 
 
511 aa  77.4  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32217  predicted protein  22.57 
 
 
504 aa  76.6  0.000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.340213  normal  0.0518556 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  22.34 
 
 
507 aa  76.3  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3602  FAD dependent oxidoreductase  21.52 
 
 
497 aa  76.3  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  21.44 
 
 
511 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  21.47 
 
 
504 aa  75.5  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  22.34 
 
 
494 aa  75.5  0.000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  22.88 
 
 
552 aa  75.1  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39472  predicted protein  21.63 
 
 
645 aa  74.7  0.000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000845209  normal  0.555705 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  24.04 
 
 
488 aa  74.3  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3475  FAD dependent oxidoreductase  22.87 
 
 
559 aa  72.8  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.621036  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  22.16 
 
 
505 aa  72.8  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  25.46 
 
 
549 aa  72.8  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1896  FAD dependent oxidoreductase  39.13 
 
 
73 aa  71.6  0.00000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09643  hypothetical protein  21.51 
 
 
535 aa  71.2  0.00000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0783431  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  22.79 
 
 
493 aa  71.2  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  22.61 
 
 
508 aa  70.5  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  23.05 
 
 
553 aa  70.5  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  24.93 
 
 
525 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0405  amine oxidase  25.38 
 
 
711 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0201487  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1209  conserved hypothetical protein, FAD-binding domain protein  20.75 
 
 
502 aa  69.7  0.0000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  22.47 
 
 
504 aa  68.6  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  24.64 
 
 
488 aa  68.2  0.0000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1486  FAD dependent oxidoreductase  22.45 
 
 
554 aa  68.2  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.975068 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  23.67 
 
 
499 aa  67.8  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0871  amine oxidase  23.84 
 
 
512 aa  67.4  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.598168  normal  0.0715769 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  22.08 
 
 
554 aa  67.4  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  22.62 
 
 
508 aa  67.4  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  21.36 
 
 
512 aa  67  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0543  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  21.27 
 
 
526 aa  66.6  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00000116233  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4976  FAD dependent oxidoreductase  23.56 
 
 
515 aa  65.5  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3011  All-trans-retinol 13,14-reductase  20.64 
 
 
544 aa  65.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1270  FAD dependent oxidoreductase  23.43 
 
 
555 aa  65.5  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  26.09 
 
 
519 aa  64.3  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4578  FAD dependent oxidoreductase  21.56 
 
 
512 aa  64.3  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  23.2 
 
 
498 aa  64.3  0.000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  23.18 
 
 
498 aa  64.3  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0346  amine oxidase  22.18 
 
 
494 aa  63.9  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0706  FAD dependent oxidoreductase  24.81 
 
 
717 aa  63.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>