203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1329 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1834  FAD dependent oxidoreductase  75.6 
 
 		 504 aa  735    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0259899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4129  FAD dependent oxidoreductase  77.45 
 
 		 504 aa  757    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.60213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1329  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 501 aa  999    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914458  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4728  FAD dependent oxidoreductase  66.87 
 
 		 481 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  29.53 
 
 		 740 aa  176  9.999999999999999e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1209  conserved hypothetical protein, FAD-binding domain protein  26.97 
 
 		 502 aa  162  1e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0577  All-trans-retinol 13,14-reductase  27.56 
 
 		 542 aa  161  2e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  28.57 
 
 		 501 aa  123  8e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1069  FAD dependent oxidoreductase  27.45 
 
 		 496 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302171  hitchhiker  0.00376489 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1874  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.03 
 
 		 501 aa  104  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1077  all-trans-retinol 13,14-reductase  21.92 
 
 		 505 aa  97.1  8e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2002  FAD dependent oxidoreductase  24.25 
 
 		 510 aa  96.3  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  26.49 
 
 		 522 aa  93.2  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03825  hypothetical protein  20.72 
 
 		 508 aa  91.7  3e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.64 
 
 		 511 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  24.79 
 
 		 503 aa  89.7  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.64 
 
 		 511 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14681  putative carotenoid isomerase  22.95 
 
 		 520 aa  87.4  5e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.314761  normal  0.880307 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  24.52 
 
 		 508 aa  86.7  9e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2330  carotene isomerase  25.05 
 
 		 508 aa  85.5  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1701  amine oxidase  25.93 
 
 		 503 aa  85.5  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00066646 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09643  hypothetical protein  22.63 
 
 		 535 aa  84.7  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0783431  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  22.74 
 
 		 520 aa  84  0.000000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  24.86 
 
 		 512 aa  83.2  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  25.67 
 
 		 503 aa  82.8  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0636  putative carotenoid isomerase  23.32 
 
 		 520 aa  83.2  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10011  putative carotenoid isomerase  24.91 
 
 		 520 aa  82.8  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.243247 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  24.86 
 
 		 512 aa  83.2  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  22.72 
 
 		 516 aa  81.3  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  23.93 
 
 		 532 aa  80.9  0.00000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.285502 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3286  FAD dependent oxidoreductase  26.02 
 
 		 488 aa  79.3  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.370539 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5970  FAD dependent oxidoreductase  25.63 
 
 		 534 aa  79.3  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  24.21 
 
 		 506 aa  79.3  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1423  carotenoid isomerase  25.5 
 
 		 518 aa  78.6  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1681  carotenoid isomerase  25.64 
 
 		 518 aa  78.6  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.157771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3011  All-trans-retinol 13,14-reductase  26.45 
 
 		 544 aa  79.3  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  23.91 
 
 		 547 aa  78.6  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  23.84 
 
 		 938 aa  76.6  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  25.62 
 
 		 507 aa  75.9  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  22.41 
 
 		 522 aa  73.6  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  24.44 
 
 		 504 aa  72  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1995  All-trans-retinol 13,14-reductase  20.93 
 
 		 499 aa  71.2  0.00000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  22.46 
 
 		 506 aa  70.1  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  24.21 
 
 		 505 aa  69.7  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12061  putative carotenoid isomerase  21.82 
 
 		 514 aa  69.7  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.809432  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  25.63 
 
 		 507 aa  66.6  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3281  FAD dependent oxidoreductase  23.35 
 
 		 479 aa  65.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.463065  normal  0.0612809 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7528  putative phytoene dehydrogenase and related proteins  26.23 
 
 		 708 aa  63.5  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2665  putative phytoene dehydrogenase  23.28 
 
 		 495 aa  62  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12211  putative carotenoid isomerase  21.62 
 
 		 514 aa  60.8  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12221  putative carotenoid isomerase  21.44 
 
 		 514 aa  60.5  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_54842  carotenoid isomerase  28.21 
 
 		 595 aa  59.7  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  24.11 
 
 		 519 aa  59.3  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  18.91 
 
 		 499 aa  58.5  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1126  putative carotenoid isomerase  21.08 
 
 		 514 aa  57.8  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.777729  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  25.72 
 
 		 512 aa  57.8  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0096  FAD dependent oxidoreductase  25 
 
 		 722 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.490674 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2146  FAD dependent oxidoreductase  27.93 
 
 		 505 aa  57.4  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.220753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3632  FAD dependent oxidoreductase  24.95 
 
 		 506 aa  57.8  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2342  amine oxidase  26.09 
 
 		 505 aa  56.6  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03711  phytoene dehydrogenase  52.17 
 
 		 509 aa  56.6  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1454  UDP-galactopyranose mutase  34.48 
 
 		 370 aa  56.6  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00047  predicted oxidoreductase with FAD/NAD(P)-binding domain  52.73 
 
 		 428 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3556  FAD dependent oxidoreductase  52.73 
 
 		 428 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00046  hypothetical protein  52.73 
 
 		 428 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0263  FAD dependent oxidoreductase  66.67 
 
 		 513 aa  55.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3612  putative oxidoreductase FixC  52.73 
 
 		 428 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0214955 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0045  putative oxidoreductase FixC  52.73 
 
 		 428 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.820288  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0047  putative oxidoreductase FixC  52.73 
 
 		 428 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  24.17 
 
 		 518 aa  55.1  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0049  putative oxidoreductase FixC  52.73 
 
 		 428 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0047  putative oxidoreductase FixC  52.73 
 
 		 428 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  26.39 
 
 		 504 aa  55.1  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1238  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  46.88 
 
 		 472 aa  54.7  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.690842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  24.84 
 
 		 508 aa  54.3  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  23.91 
 
 		 511 aa  54.3  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  23.24 
 
 		 511 aa  53.9  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3185  hypothetical protein  40.35 
 
 		 245 aa  54.3  0.000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.29229  hitchhiker  0.00171019 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0706  FAD dependent oxidoreductase  28.74 
 
 		 717 aa  53.9  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0789  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  47.54 
 
 		 470 aa  53.9  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0405  amine oxidase  28.41 
 
 		 711 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0201487  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3017  hypothetical protein  46.67 
 
 		 484 aa  53.1  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.191221  normal  0.019056 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0083  putative oxidoreductase FixC  56.25 
 
 		 428 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8148  FAD dependent oxidoreductase  28.18 
 
 		 557 aa  53.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0084  putative oxidoreductase FixC  56.25 
 
 		 428 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0087  putative oxidoreductase FixC  56.25 
 
 		 428 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.458255 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2310  FAD dependent oxidoreductase  25.69 
 
 		 514 aa  52.8  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.6902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0086  putative oxidoreductase FixC  56.25 
 
 		 428 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0083  putative oxidoreductase FixC  56.25 
 
 		 428 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.715205  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1027  C-3',4' desaturase CrtD  26.65 
 
 		 504 aa  52.8  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0345  phytoene dehydrogenase  47.83 
 
 		 509 aa  52.4  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  24.18 
 
 		 497 aa  52.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43564  predicted protein  23 
 
 		 554 aa  52.4  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.079373  normal  0.0235879 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  24.63 
 
 		 508 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4976  FAD dependent oxidoreductase  22.8 
 
 		 515 aa  52  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13863  dehydrogenase  26.27 
 
 		 536 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0381  amine oxidase  25.09 
 
 		 510 aa  51.6  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2043  amine oxidase  46.67 
 
 		 476 aa  51.6  0.00004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0112057  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  23.72 
 
 		 511 aa  51.2  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_715  FAD dependent oxidoreductase  27.62 
 
 		 500 aa  50.8  0.00006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>