93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0168 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0168  hypothetical protein  100 
 
 		 414 aa  850    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.68498 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1705  hypothetical protein  74.09 
 
 		 436 aa  643    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.823957 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3789  hypothetical protein  88.41 
 
 		 427 aa  742    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.673359 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0893  hypothetical protein  89.61 
 
 		 427 aa  754    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0059  hypothetical protein  70.87 
 
 		 453 aa  609  1e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0325  hypothetical protein  70.87 
 
 		 428 aa  592  1e-168  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1552  hypothetical protein  55.42 
 
 		 435 aa  501  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.113177  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4795  hypothetical protein  50.36 
 
 		 419 aa  434  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173425  normal  0.558478 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0140  hypothetical protein  46.38 
 
 		 432 aa  397  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.63632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1155  hypothetical protein  43.28 
 
 		 423 aa  369  1e-101  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0082  amine oxidase  31.35 
 
 		 436 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2149  hypothetical protein  28.06 
 
 		 429 aa  200  3e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.226037  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0501  hypothetical protein  33.49 
 
 		 437 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0829  hypothetical protein  28.47 
 
 		 448 aa  194  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.476785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3170  hypothetical protein  28.5 
 
 		 439 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1133  hypothetical protein  28.18 
 
 		 450 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3973  hypothetical protein  27.68 
 
 		 450 aa  179  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0831495  normal  0.0100129 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0179  hypothetical protein  27.87 
 
 		 448 aa  176  6e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2794  hypothetical protein  29.6 
 
 		 429 aa  174  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0088  hypothetical protein  29.4 
 
 		 448 aa  171  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.220394  normal  0.164147 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1597  hypothetical protein  30.15 
 
 		 412 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1492  hypothetical protein  29.15 
 
 		 436 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0711656 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1642  hypothetical protein  28.22 
 
 		 437 aa  142  9.999999999999999e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.608904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0060  hypothetical protein  26.09 
 
 		 437 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0519  hypothetical protein  31.1 
 
 		 412 aa  126  8.000000000000001e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.696387  normal  0.911419 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1302  hypothetical protein  28.84 
 
 		 445 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1319  hypothetical protein  28.84 
 
 		 445 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.150757 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1338  hypothetical protein  28.84 
 
 		 445 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.601176 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0725  hypothetical protein  30.35 
 
 		 410 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00111805  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0694  hypothetical protein  28.12 
 
 		 409 aa  89  2e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.452898  normal  0.129497 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4795  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  24.9 
 
 		 479 aa  67.8  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000234203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45735  phytoene dehydrogenase  26.81 
 
 		 624 aa  67.4  0.0000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1769  Carotene 7,8-desaturase  24.81 
 
 		 453 aa  66.6  0.0000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8013  hypothetical protein  23.78 
 
 		 524 aa  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0984  amine oxidase  22.49 
 
 		 520 aa  64.7  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_38345  predicted protein  26.26 
 
 		 599 aa  63.5  0.000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.526893  normal  0.29017 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0308  phytoene desaturase  25.1 
 
 		 475 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.105357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1415  carotene 7,8-desaturase  23.62 
 
 		 453 aa  61.6  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1157  phytoene desaturase  23.67 
 
 		 471 aa  60.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0308  phytoene desaturase  24.7 
 
 		 475 aa  60.1  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_55102  phytoene desaturase  23.31 
 
 		 589 aa  60.1  0.00000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.989776  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01721  phytoene desaturase  24.75 
 
 		 473 aa  59.7  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.69255  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0146  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  24.83 
 
 		 465 aa  59.7  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0949  Carotene 7,8-desaturase  23.99 
 
 		 453 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1547  protoporphyrinogen oxidase  24.18 
 
 		 479 aa  59.3  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.361545  normal  0.242049 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1590  zeta-carotene desaturase  22.51 
 
 		 455 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01631  phytoene desaturase  24.83 
 
 		 466 aa  58.2  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1524  Carotene 7,8-desaturase  23.7 
 
 		 453 aa  58.2  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615844  normal  0.187981 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0830  zeta-carotene desaturase  22.22 
 
 		 453 aa  57.4  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.762196  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4188  phytoene desaturase  25.21 
 
 		 477 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.422832  normal  0.265876 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0942  amine oxidase  24.27 
 
 		 449 aa  56.6  0.0000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15931  normal  0.877558 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2875  phytoene desaturase  24.58 
 
 		 479 aa  56.2  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.202948  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0916  Carotene 7,8-desaturase  22.96 
 
 		 453 aa  55.8  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2395  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  23.59 
 
 		 472 aa  55.8  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4011  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  24.25 
 
 		 459 aa  55.8  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01611  phytoene desaturase  24.5 
 
 		 466 aa  56.2  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26651  phytoene desaturase  25 
 
 		 472 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3309  amine oxidase  25.13 
 
 		 484 aa  54.3  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0298  carotene 7,8-desaturase  23.59 
 
 		 472 aa  53.9  0.000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_47627  Amine oxidase  24.09 
 
 		 552 aa  53.1  0.000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0599395 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1983  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  23.05 
 
 		 474 aa  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.490957  normal  0.280593 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3587  hypothetical protein  25.16 
 
 		 463 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.584997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1510  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  22.48 
 
 		 464 aa  51.2  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  38.71 
 
 		 505 aa  51.2  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02161  phytoene desaturase  22.48 
 
 		 462 aa  51.2  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  26.02 
 
 		 501 aa  50.8  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3582  hypothetical protein  25.16 
 
 		 463 aa  50.4  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.932394  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3655  hypothetical protein  25.16 
 
 		 463 aa  50.4  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4465  amine oxidase  22.59 
 
 		 480 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4196  amine oxidase  22.89 
 
 		 496 aa  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.956515 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4728  FAD dependent oxidoreductase  24.35 
 
 		 481 aa  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3095  hypothetical protein  22.49 
 
 		 500 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  32.81 
 
 		 497 aa  48.5  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1142  amine oxidase  20.82 
 
 		 428 aa  47.8  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1486  FAD dependent oxidoreductase  43.48 
 
 		 554 aa  47  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.975068 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  30.89 
 
 		 492 aa  46.6  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3530  oxidoreductase  35.09 
 
 		 531 aa  46.6  0.0008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2305  glycosyl transferase family 2  21.66 
 
 		 722 aa  46.2  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0138852  normal  0.273361 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2838  FAD dependent oxidoreductase  33.33 
 
 		 531 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.320797  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1446  amine oxidase  22.9 
 
 		 446 aa  46.6  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.14723  normal  0.0175327 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2310  FAD dependent oxidoreductase  26.61 
 
 		 514 aa  45.8  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.6902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5578  amine oxidase (flavin-containing)  35.29 
 
 		 456 aa  45.4  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3174  FAD dependent oxidoreductase  33.33 
 
 		 531 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.919135 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01591  phytoene desaturase  20.93 
 
 		 472 aa  44.7  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1188  phytoene desaturase  21.11 
 
 		 461 aa  45.1  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.045363  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1706  hypothetical protein  23.29 
 
 		 465 aa  44.3  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.186838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  42.22 
 
 		 554 aa  43.9  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1366  protoporphyrinogen oxidase  22.02 
 
 		 482 aa  43.9  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.409095  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3475  FAD dependent oxidoreductase  41.3 
 
 		 559 aa  43.9  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.621036  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1329  FAD dependent oxidoreductase  31.76 
 
 		 501 aa  43.5  0.007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914458  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  39.29 
 
 		 508 aa  43.5  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0065  protoporphyrinogen oxidase  23.55 
 
 		 459 aa  43.1  0.008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1073  phytoene dehydrogenase-related protein  21.56 
 
 		 460 aa  43.1  0.009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>