112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4687 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3734  hypothetical protein  50.43 
 
 		 819 aa  645    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1637  ABC transporter, permease protein, putative  49.94 
 
 		 825 aa  713    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3744  hypothetical protein  51.03 
 
 		 826 aa  657    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0400891 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2669  hypothetical protein  62.73 
 
 		 820 aa  944    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.243432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2027  hypothetical protein  52.57 
 
 		 815 aa  690    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4687  hypothetical protein  100 
 
 		 821 aa  1593    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0079  hypothetical protein  76 
 
 		 821 aa  1106    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4397  hypothetical protein  91.47 
 
 		 821 aa  1324    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.256206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0345  hypothetical protein  68.09 
 
 		 819 aa  1030    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427244  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0685  hypothetical protein  66.26 
 
 		 820 aa  968    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2029  hypothetical protein  51.66 
 
 		 819 aa  655    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.349708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2172  hypothetical protein  50.43 
 
 		 820 aa  650    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78559 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5297  protein of unknown function DUF214  80.76 
 
 		 821 aa  1222    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6018  protein of unknown function DUF214  46.93 
 
 		 800 aa  637    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2554  hypothetical protein  50.86 
 
 		 819 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6285  ABC transporter membrane spanning protein  50.31 
 
 		 802 aa  627  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3021  hypothetical protein  52.76 
 
 		 795 aa  621  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00599694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3353  predicted permease FtsX  52.33 
 
 		 800 aa  620  1e-176  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.381061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1541  ABC transporter inner membrane protein  51.66 
 
 		 795 aa  588  1e-166  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0256  hypothetical protein  48.59 
 
 		 793 aa  580  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0192  hypothetical protein  51.53 
 
 		 795 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431471  normal  0.319513 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1177  hypothetical protein  42.93 
 
 		 804 aa  493  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00247698  normal  0.649292 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02648  hypothetical protein  28.17 
 
 		 817 aa  310  5.9999999999999995e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2024  predicted permease  29.44 
 
 		 817 aa  302  1e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003769  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  27.74 
 
 		 817 aa  300  8e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.660506  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1235  hypothetical protein  29.16 
 
 		 836 aa  290  5.0000000000000004e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0042131  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001049  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  29.38 
 
 		 836 aa  284  6.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04771  peptide ABC transporter permease  29 
 
 		 836 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3310  hypothetical protein  29.79 
 
 		 887 aa  253  7e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3422  hypothetical protein  29.3 
 
 		 887 aa  253  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4107  hypothetical protein  28.66 
 
 		 840 aa  253  9.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0832  hypothetical protein  27.22 
 
 		 889 aa  248  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3202  hypothetical protein  30.77 
 
 		 850 aa  244  5e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0712  hypothetical protein  29.98 
 
 		 889 aa  242  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3954  hypothetical protein  29.84 
 
 		 849 aa  241  5e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0372326 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0867  hypothetical protein  26.72 
 
 		 889 aa  239  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0855  protein of unknown function DUF214  26.62 
 
 		 884 aa  238  4e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3508  hypothetical protein  26.57 
 
 		 879 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0555  hypothetical protein  26.78 
 
 		 865 aa  231  4e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0626  hypothetical protein  28.95 
 
 		 845 aa  231  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0856  hypothetical protein  28.57 
 
 		 897 aa  229  1e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3145  hypothetical protein  28.18 
 
 		 878 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1467  hypothetical protein  26.42 
 
 		 849 aa  222  1.9999999999999999e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2641  putative ABC transporter, permease protein  25.85 
 
 		 803 aa  220  7e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11005  adhesion ABC transporter transmembrane protein  27.25 
 
 		 855 aa  207  7e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.05567e-37  normal  0.438455 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2018  protein of unknown function DUF214  26.79 
 
 		 847 aa  201  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000691729 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2187  ABC transporter, permease protein  27.57 
 
 		 839 aa  199  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.424379  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1858  hypothetical protein  28.96 
 
 		 870 aa  196  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.576802 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1994  ABC transporter, permease protein  30.57 
 
 		 837 aa  194  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0122  protein of unknown function DUF214  28.72 
 
 		 845 aa  187  5e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00908006  hitchhiker  0.000145231 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2209  protein of unknown function DUF214  26.67 
 
 		 847 aa  186  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1272  hypothetical protein  25.97 
 
 		 850 aa  185  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2585  hypothetical protein  27.86 
 
 		 866 aa  176  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000661481  normal  0.951642 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1579  ABC-type transporter protein  23.98 
 
 		 813 aa  166  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.15291  normal  0.104036 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1312  hypothetical protein  29.74 
 
 		 843 aa  158  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.417466  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0310  hypothetical protein  28.24 
 
 		 753 aa  150  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1773  hypothetical protein  29.08 
 
 		 841 aa  130  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00954847  normal  0.230312 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1517  hypothetical protein  23.45 
 
 		 851 aa  122  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01331  hypothetical protein  24.69 
 
 		 929 aa  116  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2956  putative ABC transport system permease protein  28.62 
 
 		 872 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.410151 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1658  hypothetical protein  24.19 
 
 		 850 aa  115  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1005  hypothetical protein  24 
 
 		 858 aa  113  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3628  hypothetical protein  25.66 
 
 		 858 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.203673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0894  hypothetical protein  23.77 
 
 		 855 aa  112  4.0000000000000004e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.196822  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5006  protein of unknown function DUF214  25.41 
 
 		 857 aa  107  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.624438  normal  0.0207603 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1641  ABC liporpotein exporter, fused inner membrane subunits  25.7 
 
 		 846 aa  105  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.147617 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1688  protein of unknown function DUF214  29.3 
 
 		 846 aa  104  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.121796 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2047  ABC transporter, permease protein  25.19 
 
 		 844 aa  94.4  7e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.57549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5155  hypothetical protein  25.83 
 
 		 855 aa  94.7  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.426312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1282  hypothetical protein  27.41 
 
 		 853 aa  88.6  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000146358 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1416  hypothetical protein  30.03 
 
 		 843 aa  85.9  0.000000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.675366  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2636  hypothetical protein  23.7 
 
 		 843 aa  79.3  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.605081  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0455  protein of unknown function DUF214  26.75 
 
 		 849 aa  74.3  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1527  hypothetical protein  26.03 
 
 		 867 aa  73.2  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2460  protein of unknown function DUF214  29.11 
 
 		 877 aa  72.4  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.764632  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2698  protein of unknown function DUF214  22.94 
 
 		 855 aa  72.8  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0506019  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3477  protein of unknown function DUF214  26.07 
 
 		 884 aa  71.2  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1178  hypothetical protein  23.31 
 
 		 847 aa  70.5  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.883962  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1153  hypothetical protein  25.09 
 
 		 857 aa  70.5  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3114  hypothetical protein  29.11 
 
 		 877 aa  70.9  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1836  protein of unknown function DUF214  29.82 
 
 		 842 aa  70.5  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0436  protein of unknown function DUF214  27.16 
 
 		 849 aa  70.1  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4481  hypothetical protein  23.1 
 
 		 854 aa  68.6  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.180518  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0800  protein of unknown function DUF214  24.56 
 
 		 848 aa  66.6  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2042  hypothetical protein  28.36 
 
 		 842 aa  65.9  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.056679  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0397  protein of unknown function DUF214  23.59 
 
 		 856 aa  65.1  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0721103  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1921  protein of unknown function DUF214  28.16 
 
 		 842 aa  63.5  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.270476  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1291  hypothetical protein  25.66 
 
 		 866 aa  62.8  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.624977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4468  protein of unknown function DUF214  26.02 
 
 		 855 aa  58.9  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4888  hypothetical protein  24.24 
 
 		 842 aa  59.3  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.355305  normal  0.171205 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1848  putative ABC transporter integral membrane protein  23.84 
 
 		 841 aa  58.9  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.779452  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2144  protein of unknown function DUF214  27.4 
 
 		 408 aa  58.5  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3224  hypothetical protein  26.09 
 
 		 868 aa  55.1  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.263939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3960  hypothetical protein  23.39 
 
 		 845 aa  53.5  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.148723  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2759  hypothetical protein  22.26 
 
 		 854 aa  51.2  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.732322  normal  0.0170519 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0847  hypothetical protein  22.45 
 
 		 855 aa  50.4  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0457  protein of unknown function DUF214  29.75 
 
 		 866 aa  50.4  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.306104  normal  0.015476 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0829  hypothetical protein  29.94 
 
 		 871 aa  49.3  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.270904  normal  0.305315 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5621  protein of unknown function DUF214  23.42 
 
 		 843 aa  48.5  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.458246  normal  0.150773 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2300  protein of unknown function DUF214  29.92 
 
 		 834 aa  48.5  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183109  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>