112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4397 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3734  hypothetical protein  50.31 
 
 
819 aa  637    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1637  ABC transporter, permease protein, putative  50.12 
 
 
825 aa  709    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3744  hypothetical protein  50.55 
 
 
826 aa  659    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0400891 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2669  hypothetical protein  62.36 
 
 
820 aa  940    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.243432  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2027  hypothetical protein  51.78 
 
 
815 aa  680    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4687  hypothetical protein  91.47 
 
 
821 aa  1285    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0079  hypothetical protein  76.37 
 
 
821 aa  1103    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4397  hypothetical protein  100 
 
 
821 aa  1597    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.256206  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0345  hypothetical protein  67.84 
 
 
819 aa  1021    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427244  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0685  hypothetical protein  66.87 
 
 
820 aa  970    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2029  hypothetical protein  50.8 
 
 
819 aa  646    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.349708  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2172  hypothetical protein  50.55 
 
 
820 aa  647    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.78559 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5297  protein of unknown function DUF214  80.63 
 
 
821 aa  1216    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6018  protein of unknown function DUF214  47.42 
 
 
800 aa  649    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3021  hypothetical protein  53.5 
 
 
795 aa  630  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00599694  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2554  hypothetical protein  50.49 
 
 
819 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257329  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6285  ABC transporter membrane spanning protein  50.43 
 
 
802 aa  621  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3353  predicted permease FtsX  51.78 
 
 
800 aa  612  9.999999999999999e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.381061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1541  ABC transporter inner membrane protein  52.52 
 
 
795 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0192  hypothetical protein  52.64 
 
 
795 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431471  normal  0.319513 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0256  hypothetical protein  48.77 
 
 
793 aa  578  1.0000000000000001e-163  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1177  hypothetical protein  42.35 
 
 
804 aa  486  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00247698  normal  0.649292 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02648  hypothetical protein  28.05 
 
 
817 aa  313  6.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2024  predicted permease  28.96 
 
 
817 aa  307  6e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001049  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  30.7 
 
 
836 aa  295  2e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003769  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  27.29 
 
 
817 aa  294  5e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.660506  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1235  hypothetical protein  28.76 
 
 
836 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0042131  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04771  peptide ABC transporter permease  29.68 
 
 
836 aa  285  4.0000000000000003e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3310  hypothetical protein  29.18 
 
 
887 aa  258  3e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4107  hypothetical protein  28.37 
 
 
840 aa  258  4e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3422  hypothetical protein  29.29 
 
 
887 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0712  hypothetical protein  29.71 
 
 
889 aa  247  8e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0832  hypothetical protein  27.93 
 
 
889 aa  244  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0856  hypothetical protein  29.14 
 
 
897 aa  243  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3954  hypothetical protein  29.6 
 
 
849 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0372326 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0555  hypothetical protein  27.04 
 
 
865 aa  241  5e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0855  protein of unknown function DUF214  27.08 
 
 
884 aa  240  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0867  hypothetical protein  27.07 
 
 
889 aa  239  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3202  hypothetical protein  30.59 
 
 
850 aa  238  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3508  hypothetical protein  26.89 
 
 
879 aa  235  3e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0626  hypothetical protein  28.92 
 
 
845 aa  233  8.000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3145  hypothetical protein  28.12 
 
 
878 aa  229  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2641  putative ABC transporter, permease protein  26.03 
 
 
803 aa  227  9e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1467  hypothetical protein  26.71 
 
 
849 aa  218  2.9999999999999998e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2018  protein of unknown function DUF214  27.7 
 
 
847 aa  217  9e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000691729 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1858  hypothetical protein  30.41 
 
 
870 aa  214  7e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.576802 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2187  ABC transporter, permease protein  27.72 
 
 
839 aa  213  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.424379  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11005  adhesion ABC transporter transmembrane protein  27.74 
 
 
855 aa  212  2e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.05567e-37  normal  0.438455 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1272  hypothetical protein  25.61 
 
 
850 aa  201  3.9999999999999996e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2209  protein of unknown function DUF214  26.97 
 
 
847 aa  201  3.9999999999999996e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0122  protein of unknown function DUF214  29.96 
 
 
845 aa  201  5e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00908006  hitchhiker  0.000145231 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1994  ABC transporter, permease protein  30.22 
 
 
837 aa  193  9e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2585  hypothetical protein  27.93 
 
 
866 aa  182  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000661481  normal  0.951642 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1312  hypothetical protein  28.45 
 
 
843 aa  155  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.417466  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1579  ABC-type transporter protein  23.08 
 
 
813 aa  155  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.15291  normal  0.104036 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0310  hypothetical protein  28 
 
 
753 aa  148  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1773  hypothetical protein  30.17 
 
 
841 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00954847  normal  0.230312 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0894  hypothetical protein  23.74 
 
 
855 aa  127  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.196822  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01331  hypothetical protein  25.04 
 
 
929 aa  124  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2956  putative ABC transport system permease protein  29.25 
 
 
872 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.410151 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3628  hypothetical protein  26.34 
 
 
858 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.203673  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5006  protein of unknown function DUF214  25.62 
 
 
857 aa  119  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.624438  normal  0.0207603 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1517  hypothetical protein  23.6 
 
 
851 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1005  hypothetical protein  25.03 
 
 
858 aa  117  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.166389  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1836  protein of unknown function DUF214  28.16 
 
 
842 aa  114  9e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2047  ABC transporter, permease protein  25.39 
 
 
844 aa  112  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.57549  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1658  hypothetical protein  23.73 
 
 
850 aa  110  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1921  protein of unknown function DUF214  28.02 
 
 
842 aa  110  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.270476  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0455  protein of unknown function DUF214  24.96 
 
 
849 aa  109  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1688  protein of unknown function DUF214  29.43 
 
 
846 aa  108  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.121796 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1641  ABC liporpotein exporter, fused inner membrane subunits  25.09 
 
 
846 aa  108  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.147617 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1153  hypothetical protein  25.44 
 
 
857 aa  100  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1282  hypothetical protein  27.01 
 
 
853 aa  97.1  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000146358 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1416  hypothetical protein  30.32 
 
 
843 aa  92.8  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.675366  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1527  hypothetical protein  25.03 
 
 
867 aa  89  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2636  hypothetical protein  24.11 
 
 
843 aa  82.8  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.605081  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3477  protein of unknown function DUF214  26.87 
 
 
884 aa  79.3  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2042  hypothetical protein  30.59 
 
 
842 aa  73.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.056679  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2460  protein of unknown function DUF214  27.36 
 
 
877 aa  73.6  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.764632  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3114  hypothetical protein  26.96 
 
 
877 aa  71.6  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0436  protein of unknown function DUF214  27.2 
 
 
849 aa  70.5  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0397  protein of unknown function DUF214  24.46 
 
 
856 aa  70.1  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0721103  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1848  putative ABC transporter integral membrane protein  24.33 
 
 
841 aa  69.3  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.779452  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4481  hypothetical protein  23.2 
 
 
854 aa  63.9  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.180518  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1178  hypothetical protein  22.71 
 
 
847 aa  62.4  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.883962  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2144  protein of unknown function DUF214  26.29 
 
 
408 aa  62.4  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0804  protein of unknown function DUF214  26.4 
 
 
835 aa  62  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0654  ABC transporter, permease protein  26.4 
 
 
835 aa  62  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0800  protein of unknown function DUF214  23.81 
 
 
848 aa  61.6  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2698  protein of unknown function DUF214  21.9 
 
 
855 aa  60.8  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0506019  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5155  hypothetical protein  26.03 
 
 
855 aa  59.7  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.426312  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1291  hypothetical protein  24.29 
 
 
866 aa  57.4  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.624977  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4888  hypothetical protein  23.15 
 
 
842 aa  56.2  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.355305  normal  0.171205 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5621  protein of unknown function DUF214  25 
 
 
843 aa  55.5  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.458246  normal  0.150773 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0847  hypothetical protein  22.68 
 
 
855 aa  53.9  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3224  hypothetical protein  25.54 
 
 
868 aa  53.1  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.263939  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3960  hypothetical protein  24.69 
 
 
845 aa  52.8  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.148723  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3715  protein of unknown function DUF214  26.21 
 
 
852 aa  52  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713812  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4468  protein of unknown function DUF214  23.66 
 
 
855 aa  50.8  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0829  hypothetical protein  30.57 
 
 
871 aa  50.8  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.270904  normal  0.305315 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>