107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2172 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3734  hypothetical protein  88.85 
 
 		 819 aa  1241    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1637  ABC transporter, permease protein, putative  56.73 
 
 		 825 aa  755    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3744  hypothetical protein  56.97 
 
 		 826 aa  712    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0400891 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2669  hypothetical protein  49.26 
 
 		 820 aa  650    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.243432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2027  hypothetical protein  58.14 
 
 		 815 aa  729    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0345  hypothetical protein  50.67 
 
 		 819 aa  658    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427244  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2029  hypothetical protein  89.59 
 
 		 819 aa  1258    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.349708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2172  hypothetical protein  100 
 
 		 820 aa  1563    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78559 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2554  hypothetical protein  71.71 
 
 		 819 aa  948    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5297  protein of unknown function DUF214  50.55 
 
 		 821 aa  650    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0079  hypothetical protein  50.92 
 
 		 821 aa  634  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4397  hypothetical protein  50.67 
 
 		 821 aa  635  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.256206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0685  hypothetical protein  50.49 
 
 		 820 aa  629  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4687  hypothetical protein  50.55 
 
 		 821 aa  615  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6018  protein of unknown function DUF214  43.31 
 
 		 800 aa  528  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3353  predicted permease FtsX  47.37 
 
 		 800 aa  525  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.381061 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3021  hypothetical protein  48.47 
 
 		 795 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00599694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0256  hypothetical protein  44.36 
 
 		 793 aa  503  1e-141  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6285  ABC transporter membrane spanning protein  45.07 
 
 		 802 aa  501  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1541  ABC transporter inner membrane protein  47.99 
 
 		 795 aa  479  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0192  hypothetical protein  48.05 
 
 		 795 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431471  normal  0.319513 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1177  hypothetical protein  40.81 
 
 		 804 aa  425  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00247698  normal  0.649292 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2024  predicted permease  30.49 
 
 		 817 aa  304  3.0000000000000004e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02648  hypothetical protein  29.74 
 
 		 817 aa  294  5e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0626  hypothetical protein  32.94 
 
 		 845 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003769  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  29.4 
 
 		 817 aa  285  4.0000000000000003e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.660506  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3508  hypothetical protein  31.78 
 
 		 879 aa  281  5e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0867  hypothetical protein  31.29 
 
 		 889 aa  278  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0832  hypothetical protein  31.41 
 
 		 889 aa  278  4e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1235  hypothetical protein  30.62 
 
 		 836 aa  277  7e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0042131  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4107  hypothetical protein  30.51 
 
 		 840 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0855  protein of unknown function DUF214  31.33 
 
 		 884 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001049  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  31.33 
 
 		 836 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0555  hypothetical protein  29.02 
 
 		 865 aa  274  4.0000000000000004e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04771  peptide ABC transporter permease  31.72 
 
 		 836 aa  271  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3954  hypothetical protein  32.05 
 
 		 849 aa  271  4e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0372326 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3202  hypothetical protein  32.03 
 
 		 850 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0856  hypothetical protein  30.58 
 
 		 897 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3422  hypothetical protein  31.83 
 
 		 887 aa  258  4e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3310  hypothetical protein  32.22 
 
 		 887 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0712  hypothetical protein  32.57 
 
 		 889 aa  253  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1467  hypothetical protein  29.5 
 
 		 849 aa  247  4.9999999999999997e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3145  hypothetical protein  30.47 
 
 		 878 aa  244  7e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2018  protein of unknown function DUF214  29.06 
 
 		 847 aa  231  4e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000691729 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2209  protein of unknown function DUF214  29.55 
 
 		 847 aa  219  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11005  adhesion ABC transporter transmembrane protein  26.3 
 
 		 855 aa  208  3e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.05567e-37  normal  0.438455 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2187  ABC transporter, permease protein  29.66 
 
 		 839 aa  207  9e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.424379  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2641  putative ABC transporter, permease protein  26.51 
 
 		 803 aa  204  7e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0310  hypothetical protein  30.66 
 
 		 753 aa  191  7e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1994  ABC transporter, permease protein  31.74 
 
 		 837 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1272  hypothetical protein  28.98 
 
 		 850 aa  185  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2585  hypothetical protein  27.23 
 
 		 866 aa  161  6e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000661481  normal  0.951642 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1858  hypothetical protein  27.57 
 
 		 870 aa  160  8e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.576802 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1579  ABC-type transporter protein  25.69 
 
 		 813 aa  155  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.15291  normal  0.104036 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3628  hypothetical protein  28.08 
 
 		 858 aa  141  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.203673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1312  hypothetical protein  29.01 
 
 		 843 aa  139  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.417466  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0122  protein of unknown function DUF214  33.15 
 
 		 845 aa  132  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00908006  hitchhiker  0.000145231 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1416  hypothetical protein  30.29 
 
 		 843 aa  125  4e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.675366  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2956  putative ABC transport system permease protein  32.49 
 
 		 872 aa  122  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.410151 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1773  hypothetical protein  30.54 
 
 		 841 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00954847  normal  0.230312 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01331  hypothetical protein  25.97 
 
 		 929 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1005  hypothetical protein  25.12 
 
 		 858 aa  115  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1517  hypothetical protein  24.03 
 
 		 851 aa  104  8e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1688  protein of unknown function DUF214  29.93 
 
 		 846 aa  103  9e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.121796 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0894  hypothetical protein  23.3 
 
 		 855 aa  100  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.196822  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5006  protein of unknown function DUF214  26.08 
 
 		 857 aa  94.7  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.624438  normal  0.0207603 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1641  ABC liporpotein exporter, fused inner membrane subunits  27.82 
 
 		 846 aa  91.3  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.147617 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2042  hypothetical protein  32.48 
 
 		 842 aa  86.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.056679  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3477  protein of unknown function DUF214  24.79 
 
 		 884 aa  77.8  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1658  hypothetical protein  23.85 
 
 		 850 aa  74.3  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2047  ABC transporter, permease protein  26.23 
 
 		 844 aa  72.8  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.57549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1153  hypothetical protein  28.79 
 
 		 857 aa  71.6  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1921  protein of unknown function DUF214  30.89 
 
 		 842 aa  71.2  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.270476  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1836  protein of unknown function DUF214  30.89 
 
 		 842 aa  70.1  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1251  protein of unknown function DUF214  23.74 
 
 		 386 aa  65.5  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.859867  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1527  hypothetical protein  26.39 
 
 		 867 aa  65.1  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2155  protein of unknown function DUF214  29.06 
 
 		 445 aa  63.5  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.755011  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0455  protein of unknown function DUF214  27.01 
 
 		 849 aa  61.2  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0436  protein of unknown function DUF214  26.54 
 
 		 849 aa  59.7  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4664  permease  22.95 
 
 		 858 aa  58.2  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2636  hypothetical protein  24.45 
 
 		 843 aa  55.8  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.605081  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2932  hypothetical protein  22.26 
 
 		 390 aa  55.8  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000965565  normal  0.65467 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5155  hypothetical protein  25.42 
 
 		 855 aa  54.7  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.426312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0495  hypothetical protein  22.1 
 
 		 397 aa  52.8  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3466  hypothetical protein  24.05 
 
 		 399 aa  52.4  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3224  hypothetical protein  28.96 
 
 		 868 aa  51.6  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.263939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4776  hypothetical protein  21.81 
 
 		 857 aa  51.2  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0397  protein of unknown function DUF214  29.35 
 
 		 856 aa  51.2  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0721103  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1848  putative ABC transporter integral membrane protein  25.23 
 
 		 841 aa  50.8  0.00009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.779452  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2460  protein of unknown function DUF214  31.88 
 
 		 877 aa  50.8  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.764632  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0063  permease domain-containing protein  33.33 
 
 		 789 aa  50.8  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3114  hypothetical protein  31.88 
 
 		 877 aa  50.4  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1291  hypothetical protein  24.79 
 
 		 866 aa  50.1  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.624977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0065  hypothetical protein  22.79 
 
 		 381 aa  49.7  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395417  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0804  protein of unknown function DUF214  27.05 
 
 		 835 aa  49.7  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0654  ABC transporter, permease protein  27.05 
 
 		 835 aa  49.7  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4481  hypothetical protein  21.86 
 
 		 854 aa  49.7  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.180518  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1282  hypothetical protein  26.07 
 
 		 853 aa  48.9  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000146358 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00555  ABC transporter efflux protein  24.89 
 
 		 417 aa  48.5  0.0005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.29728  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2144  protein of unknown function DUF214  22.59 
 
 		 408 aa  47.8  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>