124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1637 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3734  hypothetical protein  56.09 
 
 		 819 aa  731    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1637  ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 		 825 aa  1612    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3744  hypothetical protein  84.85 
 
 		 826 aa  1199    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0400891 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2669  hypothetical protein  48 
 
 		 820 aa  673    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.243432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2027  hypothetical protein  73.65 
 
 		 815 aa  1027    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4687  hypothetical protein  49.94 
 
 		 821 aa  662    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0079  hypothetical protein  50.36 
 
 		 821 aa  666    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4397  hypothetical protein  50.06 
 
 		 821 aa  677    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.256206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0345  hypothetical protein  49.09 
 
 		 819 aa  694    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427244  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0685  hypothetical protein  49.7 
 
 		 820 aa  679    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2029  hypothetical protein  56.07 
 
 		 819 aa  740    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.349708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2172  hypothetical protein  56.77 
 
 		 820 aa  743    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78559 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2554  hypothetical protein  55.31 
 
 		 819 aa  679    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5297  protein of unknown function DUF214  49.39 
 
 		 821 aa  694    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6018  protein of unknown function DUF214  43.5 
 
 		 800 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6285  ABC transporter membrane spanning protein  44.98 
 
 		 802 aa  526  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3353  predicted permease FtsX  45.11 
 
 		 800 aa  526  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.381061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1541  ABC transporter inner membrane protein  48.9 
 
 		 795 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0256  hypothetical protein  44.08 
 
 		 793 aa  521  1e-146  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0192  hypothetical protein  48.78 
 
 		 795 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431471  normal  0.319513 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3021  hypothetical protein  48.48 
 
 		 795 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00599694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1177  hypothetical protein  39.95 
 
 		 804 aa  436  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00247698  normal  0.649292 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02648  hypothetical protein  29.66 
 
 		 817 aa  297  6e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2024  predicted permease  29.22 
 
 		 817 aa  296  7e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003769  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  29.21 
 
 		 817 aa  293  7e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.660506  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0855  protein of unknown function DUF214  30.26 
 
 		 884 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0832  hypothetical protein  31 
 
 		 889 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1235  hypothetical protein  30.56 
 
 		 836 aa  283  7.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0042131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0867  hypothetical protein  29.99 
 
 		 889 aa  282  1e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3508  hypothetical protein  30.11 
 
 		 879 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3422  hypothetical protein  31.25 
 
 		 887 aa  280  7e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3310  hypothetical protein  31.25 
 
 		 887 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4107  hypothetical protein  31.22 
 
 		 840 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0712  hypothetical protein  31.61 
 
 		 889 aa  273  7e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3954  hypothetical protein  32.13 
 
 		 849 aa  272  2e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0372326 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3202  hypothetical protein  32.22 
 
 		 850 aa  264  6e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0555  hypothetical protein  28.69 
 
 		 865 aa  259  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0856  hypothetical protein  30.27 
 
 		 897 aa  257  7e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04771  peptide ABC transporter permease  30.59 
 
 		 836 aa  253  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001049  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  30.96 
 
 		 836 aa  251  5e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3145  hypothetical protein  30.09 
 
 		 878 aa  249  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1467  hypothetical protein  27.35 
 
 		 849 aa  241  2.9999999999999997e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0626  hypothetical protein  31.15 
 
 		 845 aa  240  8e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1272  hypothetical protein  28.11 
 
 		 850 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2018  protein of unknown function DUF214  26.87 
 
 		 847 aa  209  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000691729 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2641  putative ABC transporter, permease protein  28.08 
 
 		 803 aa  207  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11005  adhesion ABC transporter transmembrane protein  25.53 
 
 		 855 aa  200  7e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.05567e-37  normal  0.438455 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2209  protein of unknown function DUF214  27.06 
 
 		 847 aa  199  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2187  ABC transporter, permease protein  26.98 
 
 		 839 aa  196  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.424379  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1579  ABC-type transporter protein  25.53 
 
 		 813 aa  169  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.15291  normal  0.104036 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2585  hypothetical protein  27.41 
 
 		 866 aa  168  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000661481  normal  0.951642 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1858  hypothetical protein  27.22 
 
 		 870 aa  167  5.9999999999999996e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.576802 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1994  ABC transporter, permease protein  28.12 
 
 		 837 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1312  hypothetical protein  27.65 
 
 		 843 aa  162  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.417466  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0122  protein of unknown function DUF214  33.05 
 
 		 845 aa  139  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00908006  hitchhiker  0.000145231 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2956  putative ABC transport system permease protein  31.52 
 
 		 872 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.410151 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0310  hypothetical protein  27.95 
 
 		 753 aa  124  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1416  hypothetical protein  29.43 
 
 		 843 aa  122  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.675366  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1005  hypothetical protein  23.56 
 
 		 858 aa  115  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01331  hypothetical protein  26.92 
 
 		 929 aa  113  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1688  protein of unknown function DUF214  29.11 
 
 		 846 aa  111  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.121796 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0894  hypothetical protein  23.01 
 
 		 855 aa  102  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.196822  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3628  hypothetical protein  24.94 
 
 		 858 aa  101  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.203673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2047  ABC transporter, permease protein  23.87 
 
 		 844 aa  86.7  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.57549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1658  hypothetical protein  23 
 
 		 850 aa  85.9  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1517  hypothetical protein  21.48 
 
 		 851 aa  84  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1641  ABC liporpotein exporter, fused inner membrane subunits  24.02 
 
 		 846 aa  77  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.147617 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5006  protein of unknown function DUF214  23.96 
 
 		 857 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.624438  normal  0.0207603 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0455  protein of unknown function DUF214  22.89 
 
 		 849 aa  73.9  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2144  protein of unknown function DUF214  25.4 
 
 		 408 aa  71.6  0.00000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2460  protein of unknown function DUF214  25.37 
 
 		 877 aa  67.4  0.0000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.764632  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3114  hypothetical protein  25.37 
 
 		 877 aa  65.9  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1527  hypothetical protein  24.52 
 
 		 867 aa  65.5  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1566  ABC lipoprotein efflux pump, inner membrane subunit  24.1 
 
 		 417 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.764315  normal  0.414868 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5155  hypothetical protein  25 
 
 		 855 aa  64.3  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.426312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2567  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.59 
 
 		 417 aa  62  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.178921  normal  0.0571791 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1921  protein of unknown function DUF214  27.22 
 
 		 842 aa  61.6  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.270476  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3477  protein of unknown function DUF214  24.44 
 
 		 884 aa  60.5  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1153  hypothetical protein  24.91 
 
 		 857 aa  58.5  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2636  hypothetical protein  22.09 
 
 		 843 aa  58.2  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.605081  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2042  hypothetical protein  25.49 
 
 		 842 aa  57.4  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.056679  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1836  protein of unknown function DUF214  25.77 
 
 		 842 aa  57.4  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1178  hypothetical protein  22.09 
 
 		 847 aa  55.8  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.883962  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1446  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  22.07 
 
 		 417 aa  55.8  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4481  hypothetical protein  21.34 
 
 		 854 aa  55.5  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.180518  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1282  hypothetical protein  26.1 
 
 		 853 aa  55.5  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000146358 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3466  hypothetical protein  24.82 
 
 		 399 aa  55.1  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1848  putative ABC transporter integral membrane protein  22.1 
 
 		 841 aa  53.1  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.779452  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003992  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC  23.26 
 
 		 374 aa  52.8  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2300  protein of unknown function DUF214  22.9 
 
 		 834 aa  52  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183109  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0436  protein of unknown function DUF214  27.41 
 
 		 849 aa  52  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0481  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC  21.18 
 
 		 414 aa  48.9  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0641  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  21.18 
 
 		 414 aa  48.9  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.256103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0654  ABC transporter, permease protein  25.08 
 
 		 835 aa  48.5  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1887  lipoprotein releasing system transmembrane protein, putative  21.43 
 
 		 448 aa  48.5  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.358126  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0804  protein of unknown function DUF214  25.08 
 
 		 835 aa  48.5  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4664  permease  22.98 
 
 		 858 aa  48.1  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3224  hypothetical protein  23.08 
 
 		 868 aa  48.1  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.263939  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0397  protein of unknown function DUF214  23.88 
 
 		 856 aa  47.8  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0721103  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1696  lipoprotein releasing system transmembrane protein, putative  21.43 
 
 		 417 aa  47.4  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>