115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3734 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3734  hypothetical protein  100 
 
 		 819 aa  1567    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1637  ABC transporter, permease protein, putative  55.93 
 
 		 825 aa  748    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3744  hypothetical protein  56.48 
 
 		 826 aa  704    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0400891 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2669  hypothetical protein  49.51 
 
 		 820 aa  662    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.243432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2027  hypothetical protein  57.37 
 
 		 815 aa  726    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0079  hypothetical protein  50.85 
 
 		 821 aa  639    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4397  hypothetical protein  50.43 
 
 		 821 aa  638    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.256206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0345  hypothetical protein  51.1 
 
 		 819 aa  679    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427244  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0685  hypothetical protein  50.74 
 
 		 820 aa  638    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2029  hypothetical protein  96.83 
 
 		 819 aa  1377    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.349708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2172  hypothetical protein  88.85 
 
 		 820 aa  1233    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78559 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2554  hypothetical protein  72.32 
 
 		 819 aa  957    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5297  protein of unknown function DUF214  50.31 
 
 		 821 aa  654    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4687  hypothetical protein  50.55 
 
 		 821 aa  625  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3353  predicted permease FtsX  47.12 
 
 		 800 aa  534  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.381061 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6018  protein of unknown function DUF214  42.51 
 
 		 800 aa  531  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3021  hypothetical protein  48.04 
 
 		 795 aa  512  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00599694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6285  ABC transporter membrane spanning protein  44.63 
 
 		 802 aa  501  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1541  ABC transporter inner membrane protein  48.35 
 
 		 795 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0256  hypothetical protein  43.67 
 
 		 793 aa  497  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0192  hypothetical protein  48.23 
 
 		 795 aa  490  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431471  normal  0.319513 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1177  hypothetical protein  41.23 
 
 		 804 aa  433  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00247698  normal  0.649292 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2024  predicted permease  29.59 
 
 		 817 aa  294  4e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0555  hypothetical protein  29.55 
 
 		 865 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0626  hypothetical protein  31.72 
 
 		 845 aa  283  9e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02648  hypothetical protein  29.76 
 
 		 817 aa  282  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003769  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  29.61 
 
 		 817 aa  276  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.660506  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4107  hypothetical protein  30.29 
 
 		 840 aa  273  8.000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3202  hypothetical protein  32.43 
 
 		 850 aa  272  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1235  hypothetical protein  30.07 
 
 		 836 aa  272  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0042131  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3508  hypothetical protein  31.22 
 
 		 879 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0867  hypothetical protein  31.1 
 
 		 889 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0832  hypothetical protein  31.19 
 
 		 889 aa  266  2e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0855  protein of unknown function DUF214  31.3 
 
 		 884 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001049  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  30.39 
 
 		 836 aa  261  4e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04771  peptide ABC transporter permease  30.18 
 
 		 836 aa  261  5.0000000000000005e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1467  hypothetical protein  28.69 
 
 		 849 aa  253  1e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3954  hypothetical protein  34.36 
 
 		 849 aa  252  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0372326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3422  hypothetical protein  31.1 
 
 		 887 aa  247  8e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3310  hypothetical protein  31.37 
 
 		 887 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3145  hypothetical protein  30 
 
 		 878 aa  243  9e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0856  hypothetical protein  30.23 
 
 		 897 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0712  hypothetical protein  31.92 
 
 		 889 aa  239  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2018  protein of unknown function DUF214  29.63 
 
 		 847 aa  233  9e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000691729 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2209  protein of unknown function DUF214  29.75 
 
 		 847 aa  223  9e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2187  ABC transporter, permease protein  30.74 
 
 		 839 aa  223  1.9999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.424379  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11005  adhesion ABC transporter transmembrane protein  26.66 
 
 		 855 aa  222  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.05567e-37  normal  0.438455 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2641  putative ABC transporter, permease protein  26.58 
 
 		 803 aa  201  7e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1272  hypothetical protein  28.91 
 
 		 850 aa  197  5.000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0122  protein of unknown function DUF214  30.13 
 
 		 845 aa  184  6e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00908006  hitchhiker  0.000145231 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0310  hypothetical protein  30.61 
 
 		 753 aa  181  7e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1858  hypothetical protein  28.06 
 
 		 870 aa  179  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.576802 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2585  hypothetical protein  27.7 
 
 		 866 aa  176  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000661481  normal  0.951642 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1579  ABC-type transporter protein  26.21 
 
 		 813 aa  174  5e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.15291  normal  0.104036 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1312  hypothetical protein  30.58 
 
 		 843 aa  168  4e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.417466  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1416  hypothetical protein  33.43 
 
 		 843 aa  141  6e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.675366  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1994  ABC transporter, permease protein  32.1 
 
 		 837 aa  134  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2956  putative ABC transport system permease protein  34.09 
 
 		 872 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.410151 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3628  hypothetical protein  26.47 
 
 		 858 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.203673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1773  hypothetical protein  30.63 
 
 		 841 aa  117  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00954847  normal  0.230312 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01331  hypothetical protein  27.11 
 
 		 929 aa  117  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1005  hypothetical protein  24 
 
 		 858 aa  110  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1517  hypothetical protein  24.21 
 
 		 851 aa  108  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1688  protein of unknown function DUF214  30.83 
 
 		 846 aa  104  5e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.121796 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0894  hypothetical protein  23.64 
 
 		 855 aa  101  5e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.196822  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3477  protein of unknown function DUF214  25.76 
 
 		 884 aa  94.4  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5006  protein of unknown function DUF214  25.85 
 
 		 857 aa  92.8  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.624438  normal  0.0207603 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1641  ABC liporpotein exporter, fused inner membrane subunits  26.74 
 
 		 846 aa  89.4  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.147617 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1153  hypothetical protein  27.36 
 
 		 857 aa  85.9  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1658  hypothetical protein  25.04 
 
 		 850 aa  84.3  0.000000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0455  protein of unknown function DUF214  25.37 
 
 		 849 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2047  ABC transporter, permease protein  27.3 
 
 		 844 aa  75.5  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.57549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1921  protein of unknown function DUF214  27.11 
 
 		 842 aa  69.7  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.270476  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5155  hypothetical protein  25.21 
 
 		 855 aa  68.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.426312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1836  protein of unknown function DUF214  26.81 
 
 		 842 aa  67.8  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1527  hypothetical protein  26.13 
 
 		 867 aa  67.4  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1251  protein of unknown function DUF214  24 
 
 		 386 aa  66.6  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.859867  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2636  hypothetical protein  24.6 
 
 		 843 aa  63.9  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.605081  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2042  hypothetical protein  25.6 
 
 		 842 aa  62.4  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.056679  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1178  hypothetical protein  22.21 
 
 		 847 aa  61.6  0.00000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.883962  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2155  protein of unknown function DUF214  27.47 
 
 		 445 aa  61.2  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.755011  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4664  permease  25.67 
 
 		 858 aa  60.8  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0065  hypothetical protein  24.05 
 
 		 381 aa  60.8  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395417  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4776  hypothetical protein  25.29 
 
 		 857 aa  59.7  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3224  hypothetical protein  28.6 
 
 		 868 aa  59.3  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.263939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2460  protein of unknown function DUF214  28.15 
 
 		 877 aa  58.5  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.764632  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0397  protein of unknown function DUF214  25.37 
 
 		 856 aa  57.8  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0721103  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3114  hypothetical protein  28.15 
 
 		 877 aa  56.2  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0495  hypothetical protein  23.36 
 
 		 397 aa  54.7  0.000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0804  protein of unknown function DUF214  26.89 
 
 		 835 aa  53.5  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0654  ABC transporter, permease protein  26.89 
 
 		 835 aa  53.5  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1372  protein of unknown function DUF214  25.49 
 
 		 378 aa  54.3  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.669142  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2932  hypothetical protein  20.46 
 
 		 390 aa  52.8  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000965565  normal  0.65467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1291  hypothetical protein  24.52 
 
 		 866 aa  50.4  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.624977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5621  protein of unknown function DUF214  24.89 
 
 		 843 aa  50.1  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.458246  normal  0.150773 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4481  hypothetical protein  21.54 
 
 		 854 aa  50.1  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.180518  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0436  protein of unknown function DUF214  24.62 
 
 		 849 aa  49.3  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2144  protein of unknown function DUF214  24.26 
 
 		 408 aa  49.3  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0641  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  23.43 
 
 		 414 aa  48.9  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.256103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0481  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC  23.43 
 
 		 414 aa  48.9  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>