More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2451 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2285  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  88.49 
 
 		 559 aa  934    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3486  cytochrome c, putative  87.23 
 
 		 559 aa  910    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0158874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2460  cytochrome c  83.2 
 
 		 508 aa  816    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.360393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2451  cytochrome c  100 
 
 		 558 aa  1096    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.131224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1979  cytochrome c, putative  55.56 
 
 		 516 aa  530  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3889  extracellular ligand-binding receptor  34.74 
 
 		 541 aa  244  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1257  ABC transporter, periplasmic-substrate binding protein, putative  31.75 
 
 		 541 aa  226  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2628  cytochrome c, putative  29.48 
 
 		 551 aa  133  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1397  cytochrome c family protein, putative  24.9 
 
 		 567 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2293  hypothetical protein  28.12 
 
 		 526 aa  92  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.289828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1483  cytochrome c family protein, putative  23.53 
 
 		 563 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 		 377 aa  81.3  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 382 aa  80.5  0.00000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 		 423 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 378 aa  75.1  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  23.87 
 
 		 472 aa  74.3  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 		 382 aa  72.8  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  20.71 
 
 		 379 aa  72  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3792  hypothetical protein  31.72 
 
 		 635 aa  71.6  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1065  hypothetical protein  32.43 
 
 		 416 aa  70.5  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145619  normal  0.0411422 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  21.47 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  37.97 
 
 		 517 aa  68.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  23.29 
 
 		 390 aa  67.4  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4696  hypothetical protein  27.47 
 
 		 541 aa  66.2  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.797222  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 407 aa  65.9  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  36.94 
 
 		 401 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  23.91 
 
 		 388 aa  64.7  0.000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  31.21 
 
 		 386 aa  64.7  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  24.06 
 
 		 480 aa  64.3  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 435 aa  63.9  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  38.05 
 
 		 592 aa  63.9  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  39.74 
 
 		 389 aa  63.2  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  37.97 
 
 		 497 aa  63.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  31.29 
 
 		 384 aa  62.4  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.67 
 
 		 425 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  37.97 
 
 		 512 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 		 402 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 		 406 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  21.83 
 
 		 519 aa  61.2  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  30.25 
 
 		 406 aa  60.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 		 418 aa  60.8  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  32.38 
 
 		 411 aa  60.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  23.14 
 
 		 385 aa  60.5  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  23.14 
 
 		 385 aa  60.5  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  33.02 
 
 		 377 aa  60.5  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 373 aa  59.7  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  24.04 
 
 		 410 aa  58.9  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  31.73 
 
 		 401 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.7 
 
 		 404 aa  59.3  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 		 386 aa  58.9  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 		 392 aa  58.9  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  28.7 
 
 		 410 aa  58.9  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  32.28 
 
 		 430 aa  58.5  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  30.82 
 
 		 406 aa  58.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0327  hypothetical protein  30.77 
 
 		 187 aa  58.2  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.126793  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  36.71 
 
 		 392 aa  57.8  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 		 398 aa  57.8  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  23.37 
 
 		 539 aa  57.8  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  31.53 
 
 		 403 aa  57.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 381 aa  57.4  0.0000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0555  hypothetical protein  31.36 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 		 410 aa  57.4  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  30.82 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4269  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  30.77 
 
 		 438 aa  57.4  0.0000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000244738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7952  Extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 		 384 aa  57  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351177  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 		 412 aa  57  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 		 382 aa  57  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  30.26 
 
 		 409 aa  57  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 		 387 aa  56.6  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 406 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 373 aa  56.2  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 		 377 aa  56.2  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  30 
 
 		 438 aa  56.2  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7508  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.25 
 
 		 384 aa  56.2  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 379 aa  55.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 		 383 aa  55.8  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 		 387 aa  55.1  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 		 377 aa  55.5  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  32.38 
 
 		 406 aa  55.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  31.11 
 
 		 409 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 379 aa  54.7  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 		 339 aa  54.7  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2955  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  33.02 
 
 		 403 aa  54.3  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0324512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 		 411 aa  54.7  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  21.99 
 
 		 437 aa  54.3  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  30.93 
 
 		 415 aa  54.3  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 		 394 aa  53.9  0.000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  31.73 
 
 		 393 aa  53.9  0.000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  27.88 
 
 		 400 aa  53.9  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 		 367 aa  53.5  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 		 397 aa  53.5  0.000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 		 415 aa  53.5  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 		 393 aa  53.5  0.000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  27.08 
 
 		 385 aa  52.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  30.77 
 
 		 394 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 		 409 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 407 aa  53.1  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  24.55 
 
 		 379 aa  53.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 		 386 aa  53.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>