175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1257 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1257  ABC transporter, periplasmic-substrate binding protein, putative  100 
 
 		 541 aa  1099    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3889  extracellular ligand-binding receptor  36.9 
 
 		 541 aa  291  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1979  cytochrome c, putative  33.27 
 
 		 516 aa  243  9e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2460  cytochrome c  31.13 
 
 		 508 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.360393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2451  cytochrome c  31.75 
 
 		 558 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.131224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2285  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.93 
 
 		 559 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3486  cytochrome c, putative  31.13 
 
 		 559 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0158874  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1397  cytochrome c family protein, putative  21.82 
 
 		 567 aa  98.2  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1483  cytochrome c family protein, putative  21.36 
 
 		 563 aa  97.4  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 		 398 aa  90.9  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 		 392 aa  89.7  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  24.7 
 
 		 386 aa  89.4  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 378 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 		 385 aa  85.9  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 		 385 aa  85.9  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2628  cytochrome c, putative  30.77 
 
 		 551 aa  85.1  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 386 aa  84.7  0.000000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.08 
 
 		 379 aa  80.1  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 472 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 423 aa  79  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 378 aa  79  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.52 
 
 		 425 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3792  hypothetical protein  28.19 
 
 		 635 aa  75.9  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 384 aa  75.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  21.81 
 
 		 385 aa  72  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 377 aa  72.4  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  24.86 
 
 		 480 aa  67.4  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 		 388 aa  65.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  23.35 
 
 		 517 aa  65.1  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.32 
 
 		 388 aa  64.3  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  23.35 
 
 		 382 aa  63.9  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.85 
 
 		 392 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2293  hypothetical protein  23.79 
 
 		 526 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.289828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  23.03 
 
 		 539 aa  63.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0327  hypothetical protein  33.08 
 
 		 187 aa  62.4  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.126793  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  22.12 
 
 		 390 aa  61.2  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25.87 
 
 		 393 aa  60.8  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 		 394 aa  59.3  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  23.74 
 
 		 403 aa  58.5  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  22.71 
 
 		 497 aa  57  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 		 436 aa  57  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1065  hypothetical protein  27.32 
 
 		 416 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145619  normal  0.0411422 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  21.45 
 
 		 398 aa  56.6  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  23.44 
 
 		 386 aa  55.1  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  21.76 
 
 		 383 aa  55.1  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  20.06 
 
 		 403 aa  54.7  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  22.25 
 
 		 519 aa  54.7  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  20.99 
 
 		 389 aa  54.7  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 383 aa  54.3  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 		 374 aa  54.3  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 		 374 aa  54.3  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  22.22 
 
 		 383 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  20.55 
 
 		 411 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  23.66 
 
 		 394 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  28.73 
 
 		 430 aa  53.5  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  22.26 
 
 		 384 aa  53.5  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1935  Extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 375 aa  53.5  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 		 402 aa  53.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  22.16 
 
 		 377 aa  52.8  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 		 363 aa  52.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  25.71 
 
 		 422 aa  52.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4696  hypothetical protein  30.13 
 
 		 541 aa  52.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.797222  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.76 
 
 		 385 aa  51.6  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  22.98 
 
 		 378 aa  52  0.00003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  48.28 
 
 		 411 aa  52  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  21.95 
 
 		 408 aa  51.6  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  20.47 
 
 		 380 aa  51.6  0.00004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  46.55 
 
 		 411 aa  51.2  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 379 aa  51.2  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1952  hypothetical protein  26.39 
 
 		 442 aa  50.8  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  22.17 
 
 		 399 aa  50.4  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  22.67 
 
 		 512 aa  50.8  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  22.06 
 
 		 386 aa  50.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 370 aa  50.4  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3876  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  22.55 
 
 		 369 aa  50.4  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3766  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  22.55 
 
 		 369 aa  50.4  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3935  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  22.55 
 
 		 369 aa  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 		 412 aa  49.7  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  19.88 
 
 		 410 aa  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3833  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  22.55 
 
 		 369 aa  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3755  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  22.55 
 
 		 369 aa  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 		 383 aa  49.7  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  19.29 
 
 		 409 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  25.09 
 
 		 364 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0098  Extracellular ligand-binding receptor  23.93 
 
 		 370 aa  49.3  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  23.64 
 
 		 375 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 		 374 aa  49.3  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  26.28 
 
 		 420 aa  48.9  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  24.09 
 
 		 396 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  26.45 
 
 		 410 aa  48.9  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  21.94 
 
 		 375 aa  48.5  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1019  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.64 
 
 		 424 aa  48.5  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18333 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  25.11 
 
 		 393 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  20.31 
 
 		 411 aa  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  21.26 
 
 		 407 aa  48.1  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0104  Extracellular ligand-binding receptor  23.93 
 
 		 370 aa  48.1  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 		 370 aa  48.1  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 		 396 aa  48.1  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0542442 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>