240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1952 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1952  hypothetical protein  100 
 
 
442 aa  872    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5580  hypothetical protein  43.14 
 
 
454 aa  301  1e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.647703  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3442  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  42.16 
 
 
425 aa  282  7.000000000000001e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4269  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  39.02 
 
 
438 aa  274  3e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000244738  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4474  hypothetical protein  39.29 
 
 
417 aa  266  5e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7028  hypothetical protein  34.76 
 
 
419 aa  240  2.9999999999999997e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.557944  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3366  hypothetical protein  38.97 
 
 
404 aa  239  5e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.729663  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3675  hypothetical protein  37.47 
 
 
408 aa  240  5e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389336  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3002  hypothetical protein  36.62 
 
 
400 aa  233  5e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2025  hypothetical protein  38.86 
 
 
422 aa  220  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0203629  normal  0.690247 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3169  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  35.86 
 
 
402 aa  219  5e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2046  hypothetical protein  35.66 
 
 
428 aa  216  5.9999999999999996e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.621675 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6824  hypothetical protein  37.43 
 
 
401 aa  215  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.759789 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2955  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  36.32 
 
 
403 aa  213  4.9999999999999996e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0324512  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3119  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  33.82 
 
 
399 aa  211  2e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3271  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  35.15 
 
 
402 aa  209  1e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3216  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  36.31 
 
 
403 aa  200  3.9999999999999996e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.844613  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3230  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  36.31 
 
 
403 aa  200  5e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3245  putative branched-chain amino acid ABC transport system, solute-binding protein  35.57 
 
 
399 aa  198  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0519  hypothetical protein  35.89 
 
 
418 aa  198  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0606  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  36.34 
 
 
404 aa  197  3e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2700  hypothetical protein  34.39 
 
 
398 aa  194  3e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75707  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0555  hypothetical protein  34.55 
 
 
406 aa  189  5.999999999999999e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0462  hypothetical protein  35.65 
 
 
405 aa  185  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6234  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  34.29 
 
 
402 aa  178  2e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4368  hypothetical protein  41.03 
 
 
117 aa  100  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3895  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity-like protein  31.42 
 
 
322 aa  95.9  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.926603  normal  0.100351 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
412 aa  87.4  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
436 aa  82.4  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3225  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.68 
 
 
416 aa  81.3  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  23.04 
 
 
407 aa  80.5  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.35 
 
 
413 aa  79.7  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3676  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.38 
 
 
443 aa  79.3  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36982  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6809  hypothetical protein  42.86 
 
 
180 aa  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8852  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  25.44 
 
 
448 aa  75.5  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132899  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3219  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.76 
 
 
410 aa  73.9  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.304143  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0049  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.51 
 
 
419 aa  72  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3923  hypothetical protein  26.05 
 
 
370 aa  71.2  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00983972  normal  0.0399777 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3347  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  25.5 
 
 
466 aa  71.2  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.716666  normal  0.862215 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  26.08 
 
 
434 aa  70.5  0.00000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
401 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
418 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 
435 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  23.31 
 
 
381 aa  67  0.0000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0852  hypothetical protein  23.49 
 
 
451 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.344076  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5560  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.68 
 
 
408 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.91 
 
 
419 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
377 aa  64.7  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  25.28 
 
 
447 aa  64.7  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
411 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3289  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.91 
 
 
419 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1838  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.91 
 
 
419 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0057  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.91 
 
 
419 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0056  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.91 
 
 
419 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2714  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.91 
 
 
419 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.395305  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0270  hypothetical protein  26.91 
 
 
419 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494992  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  34.96 
 
 
399 aa  64.3  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0595  putative branched-chain amino acid ABC transport system, solute-binding protein  44.62 
 
 
82 aa  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4369  putative branched-chain amino acid ABC transport system, solute-binding protein  41.25 
 
 
109 aa  62.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4735  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.77 
 
 
450 aa  62  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.96581  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  26.42 
 
 
415 aa  62  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 
419 aa  62  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  35.35 
 
 
539 aa  60.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  31.94 
 
 
438 aa  60.5  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  31.51 
 
 
496 aa  60.5  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  25.43 
 
 
441 aa  60.1  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  33.87 
 
 
406 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  36.63 
 
 
519 aa  60.1  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  24.04 
 
 
517 aa  59.3  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 
411 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.83 
 
 
405 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 
411 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
411 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1257  ABC transporter, periplasmic-substrate binding protein, putative  26.39 
 
 
541 aa  58.5  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  32.74 
 
 
409 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
411 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
386 aa  58.9  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1979  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.91 
 
 
419 aa  58.9  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  27.81 
 
 
406 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  23.33 
 
 
394 aa  58.2  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  36.19 
 
 
393 aa  58.2  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 
390 aa  57.8  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
378 aa  58.2  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  32.74 
 
 
406 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  33.98 
 
 
415 aa  57.4  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  35.58 
 
 
406 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 
405 aa  57.4  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
405 aa  57  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.47 
 
 
512 aa  57  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
399 aa  56.6  0.0000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  33.02 
 
 
403 aa  55.8  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.27 
 
 
395 aa  55.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 
392 aa  55.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.97 
 
 
399 aa  55.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  21.38 
 
 
388 aa  55.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
393 aa  54.7  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  33.01 
 
 
406 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.54 
 
 
425 aa  54.3  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
385 aa  53.9  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  25.16 
 
 
405 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>