196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3442 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3442  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  100 
 
 		 425 aa  848    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5580  hypothetical protein  64.25 
 
 		 454 aa  493  9.999999999999999e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.647703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7028  hypothetical protein  46.32 
 
 		 419 aa  342  5.999999999999999e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.557944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4269  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  42.13 
 
 		 438 aa  333  4e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000244738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4474  hypothetical protein  41.39 
 
 		 417 aa  310  2.9999999999999997e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3002  hypothetical protein  41.01 
 
 		 400 aa  289  5.0000000000000004e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2046  hypothetical protein  40.69 
 
 		 428 aa  279  6e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.621675 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3366  hypothetical protein  42.24 
 
 		 404 aa  273  3e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.729663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1952  hypothetical protein  42.16 
 
 		 442 aa  273  5.000000000000001e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3675  hypothetical protein  39.24 
 
 		 408 aa  271  2e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3169  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.91 
 
 		 402 aa  254  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2025  hypothetical protein  37.96 
 
 		 422 aa  250  3e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0203629  normal  0.690247 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3271  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.12 
 
 		 402 aa  244  9.999999999999999e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3230  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  39.17 
 
 		 403 aa  243  6e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3216  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.89 
 
 		 403 aa  243  6e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.844613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3119  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  36.39 
 
 		 399 aa  240  2.9999999999999997e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3245  putative branched-chain amino acid ABC transport system, solute-binding protein  35.84 
 
 		 399 aa  224  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0555  hypothetical protein  34.64 
 
 		 406 aa  221  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2700  hypothetical protein  35.01 
 
 		 398 aa  219  5e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2955  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  34.93 
 
 		 403 aa  218  1e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0324512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0606  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  35.73 
 
 		 404 aa  218  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0462  hypothetical protein  37.3 
 
 		 405 aa  217  2.9999999999999998e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6234  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  36.15 
 
 		 402 aa  213  7e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0519  hypothetical protein  36.46 
 
 		 418 aa  211  2e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6824  hypothetical protein  34.81 
 
 		 401 aa  191  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.759789 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3895  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity-like protein  38.59 
 
 		 322 aa  145  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.926603  normal  0.100351 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4368  hypothetical protein  50 
 
 		 117 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.23 
 
 		 413 aa  115  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3225  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.81 
 
 		 416 aa  108  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3219  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.27 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.304143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3676  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.05 
 
 		 443 aa  83.2  0.000000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4735  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.71 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.96581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1979  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.67 
 
 		 419 aa  72  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6809  hypothetical protein  39.53 
 
 		 180 aa  69.3  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 		 410 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  24.2 
 
 		 447 aa  67.8  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 412 aa  67  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 		 436 aa  67  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  22.11 
 
 		 438 aa  66.2  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3347  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  24.87 
 
 		 466 aa  63.9  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.716666  normal  0.862215 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 		 403 aa  62.4  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  31.11 
 
 		 434 aa  63.2  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.1 
 
 		 405 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  22.8 
 
 		 404 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0595  putative branched-chain amino acid ABC transport system, solute-binding protein  43.28 
 
 		 82 aa  61.2  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  23.73 
 
 		 405 aa  60.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 		 410 aa  60.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 		 386 aa  60.5  0.00000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 435 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  22.87 
 
 		 411 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  30.28 
 
 		 402 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  22.22 
 
 		 407 aa  59.7  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.36 
 
 		 395 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 		 418 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  35.24 
 
 		 415 aa  57  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 		 388 aa  57  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  23.91 
 
 		 415 aa  56.6  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 406 aa  57  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3889  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 541 aa  56.6  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 		 441 aa  56.6  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 		 406 aa  56.6  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  24.57 
 
 		 406 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  34.83 
 
 		 497 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  22.56 
 
 		 539 aa  55.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 411 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 411 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  22.87 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  33.33 
 
 		 496 aa  55.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 		 377 aa  54.7  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  31.48 
 
 		 400 aa  55.1  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8852  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  21.41 
 
 		 448 aa  54.7  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0852  hypothetical protein  23.06 
 
 		 451 aa  54.3  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.344076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 		 411 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  34.91 
 
 		 409 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  34.25 
 
 		 393 aa  54.3  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 406 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  23.16 
 
 		 480 aa  54.3  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.47 
 
 		 425 aa  53.9  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4018  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  28.12 
 
 		 481 aa  53.9  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  22.97 
 
 		 379 aa  53.5  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  33.33 
 
 		 519 aa  53.5  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.71 
 
 		 415 aa  53.9  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 		 406 aa  53.5  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  33.9 
 
 		 402 aa  53.5  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  37.21 
 
 		 390 aa  53.5  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 472 aa  53.1  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.52 
 
 		 517 aa  53.1  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.14 
 
 		 512 aa  53.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  21.49 
 
 		 410 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  27.56 
 
 		 394 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  35.29 
 
 		 384 aa  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  22.43 
 
 		 409 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  23.41 
 
 		 386 aa  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8308  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.07 
 
 		 561 aa  52.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.643873 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  33.66 
 
 		 409 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3151  hypothetical protein  26.71 
 
 		 433 aa  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.134749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  31.01 
 
 		 407 aa  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3923  hypothetical protein  22.75 
 
 		 370 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00983972  normal  0.0399777 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>