36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4018 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4018  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  100 
 
 		 481 aa  988    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8308  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  45.9 
 
 		 561 aa  340  5e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.643873 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3866  hypothetical protein  23.95 
 
 		 464 aa  94.4  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.679852 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3490  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.48 
 
 		 466 aa  89.7  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.46611  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4474  hypothetical protein  22.62 
 
 		 417 aa  67.8  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 		 403 aa  63.2  0.000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  24.25 
 
 		 379 aa  62.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  24.08 
 
 		 387 aa  61.6  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3219  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.03 
 
 		 410 aa  60.8  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.304143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3676  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.6 
 
 		 443 aa  60.1  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 387 aa  58.9  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4269  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  21.55 
 
 		 438 aa  58.5  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000244738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  24.25 
 
 		 377 aa  56.2  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  21.09 
 
 		 386 aa  56.2  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3442  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  28.12 
 
 		 425 aa  54.7  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  21.49 
 
 		 394 aa  52.8  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2537  hypothetical protein  25.25 
 
 		 385 aa  51.6  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00283871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  22.31 
 
 		 415 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  20.49 
 
 		 389 aa  51.2  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3225  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.16 
 
 		 416 aa  50.4  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1952  hypothetical protein  22.57 
 
 		 442 aa  50.4  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.66 
 
 		 413 aa  50.1  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  22.13 
 
 		 392 aa  50.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0606  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  24.83 
 
 		 404 aa  49.3  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.8 
 
 		 425 aa  48.5  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2700  hypothetical protein  21.68 
 
 		 398 aa  47  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0852  hypothetical protein  22.03 
 
 		 451 aa  45.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.344076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  24.62 
 
 		 447 aa  45.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  21.5 
 
 		 372 aa  45.1  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3027  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.63 
 
 		 440 aa  44.3  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.305023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 		 398 aa  44.3  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  22.87 
 
 		 386 aa  43.5  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2134  Extracellular ligand-binding receptor  21.63 
 
 		 412 aa  43.9  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.331611 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  22.89 
 
 		 379 aa  43.5  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 368 aa  43.5  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 441 aa  43.5  0.009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>