273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4269 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4269  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  100 
 
 		 438 aa  896    Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000244738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4474  hypothetical protein  51.06 
 
 		 417 aa  402  1e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3442  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  42.64 
 
 		 425 aa  332  8e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5580  hypothetical protein  41.83 
 
 		 454 aa  327  2.0000000000000001e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.647703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3366  hypothetical protein  40.8 
 
 		 404 aa  285  1.0000000000000001e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.729663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7028  hypothetical protein  39.71 
 
 		 419 aa  284  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.557944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3675  hypothetical protein  37.56 
 
 		 408 aa  272  9e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2046  hypothetical protein  37.93 
 
 		 428 aa  271  1e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.621675 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2025  hypothetical protein  39.07 
 
 		 422 aa  269  8e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0203629  normal  0.690247 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3230  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.82 
 
 		 403 aa  260  4e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3216  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.82 
 
 		 403 aa  260  4e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.844613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1952  hypothetical protein  39.29 
 
 		 442 aa  259  5.0000000000000005e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3169  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  35.52 
 
 		 402 aa  257  2e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2700  hypothetical protein  36.84 
 
 		 398 aa  254  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3002  hypothetical protein  36.34 
 
 		 400 aa  249  5e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3271  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  35.66 
 
 		 402 aa  246  4.9999999999999997e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0555  hypothetical protein  36.41 
 
 		 406 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6234  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.27 
 
 		 402 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0462  hypothetical protein  37.67 
 
 		 405 aa  239  1e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2955  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  36.19 
 
 		 403 aa  238  2e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0324512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3119  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  33.75 
 
 		 399 aa  238  2e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0519  hypothetical protein  36.63 
 
 		 418 aa  236  7e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3245  putative branched-chain amino acid ABC transport system, solute-binding protein  35.06 
 
 		 399 aa  232  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0606  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.67 
 
 		 404 aa  229  5e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6824  hypothetical protein  35.38 
 
 		 401 aa  213  5.999999999999999e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.759789 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4368  hypothetical protein  56.41 
 
 		 117 aa  153  7e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3895  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity-like protein  34.96 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.926603  normal  0.100351 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.45 
 
 		 413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3225  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.03 
 
 		 416 aa  117  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3219  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.56 
 
 		 410 aa  104  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.304143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4369  putative branched-chain amino acid ABC transport system, solute-binding protein  50 
 
 		 109 aa  97.8  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 401 aa  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6809  hypothetical protein  43.01 
 
 		 180 aa  86.3  9e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4735  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.05 
 
 		 450 aa  82.4  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.96581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 		 415 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1979  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.32 
 
 		 419 aa  81.3  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 412 aa  79.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3676  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.38 
 
 		 443 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36982  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 436 aa  78.6  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  25 
 
 		 438 aa  77  0.0000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 		 388 aa  75.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.1 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 		 386 aa  75.1  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 		 411 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 		 411 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  24.78 
 
 		 404 aa  73.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  42.17 
 
 		 519 aa  72.8  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  37.5 
 
 		 517 aa  72.4  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 		 389 aa  71.2  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 441 aa  70.9  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 		 406 aa  70.5  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  25.66 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 390 aa  70.1  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  24.76 
 
 		 447 aa  69.7  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 		 411 aa  69.7  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  30.56 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 398 aa  69.3  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  41.24 
 
 		 512 aa  68.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.64 
 
 		 409 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 		 407 aa  68.6  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8852  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  25 
 
 		 448 aa  68.9  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 394 aa  67.8  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  22.61 
 
 		 415 aa  68.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  34.04 
 
 		 497 aa  67.4  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  24.71 
 
 		 379 aa  67  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  36.57 
 
 		 434 aa  67  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 		 387 aa  66.6  0.0000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 410 aa  66.2  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  23.48 
 
 		 407 aa  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  23.34 
 
 		 410 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 409 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  24.67 
 
 		 410 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  27.68 
 
 		 409 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  39.45 
 
 		 399 aa  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 		 384 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 		 406 aa  64.3  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  22.92 
 
 		 377 aa  63.5  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 382 aa  63.5  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  23.21 
 
 		 403 aa  62.4  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 		 395 aa  62  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  38.55 
 
 		 539 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  23.48 
 
 		 377 aa  62.4  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 		 402 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 		 409 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 		 387 aa  60.5  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0049  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.46 
 
 		 419 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3347  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  25.71 
 
 		 466 aa  60.1  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.716666  normal  0.862215 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  25.2 
 
 		 400 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 378 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 		 435 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0852  hypothetical protein  31.46 
 
 		 451 aa  58.9  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.344076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  24.21 
 
 		 411 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 		 418 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4018  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  21.55 
 
 		 481 aa  58.9  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>