267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5580 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_5580  hypothetical protein  100 
 
 
454 aa  905    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.647703  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3442  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  64.25 
 
 
425 aa  504  1e-141  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7028  hypothetical protein  46.17 
 
 
419 aa  347  3e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.557944  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4269  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  40.61 
 
 
438 aa  334  2e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000244738  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4474  hypothetical protein  43.48 
 
 
417 aa  325  1e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3002  hypothetical protein  42.29 
 
 
400 aa  302  7.000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1952  hypothetical protein  43.03 
 
 
442 aa  297  3e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3675  hypothetical protein  41.85 
 
 
408 aa  293  4e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389336  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2046  hypothetical protein  40.34 
 
 
428 aa  276  4e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.621675 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3366  hypothetical protein  40.78 
 
 
404 aa  272  8.000000000000001e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.729663  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2025  hypothetical protein  39.04 
 
 
422 aa  255  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0203629  normal  0.690247 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3169  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  39.36 
 
 
402 aa  252  1e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3271  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  39.25 
 
 
402 aa  250  3e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3216  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.47 
 
 
403 aa  243  7e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.844613  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3230  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.34 
 
 
403 aa  242  1e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3119  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.2 
 
 
399 aa  237  4e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2700  hypothetical protein  37.37 
 
 
398 aa  232  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75707  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2955  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.14 
 
 
403 aa  228  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0324512  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3245  putative branched-chain amino acid ABC transport system, solute-binding protein  37.6 
 
 
399 aa  221  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0519  hypothetical protein  38.25 
 
 
418 aa  218  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0555  hypothetical protein  37.74 
 
 
406 aa  217  4e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0462  hypothetical protein  37.43 
 
 
405 aa  215  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0606  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  36.67 
 
 
404 aa  202  7e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6824  hypothetical protein  37.22 
 
 
401 aa  199  7e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.759789 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6234  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  36.57 
 
 
402 aa  199  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4368  hypothetical protein  50.89 
 
 
117 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3895  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity-like protein  36.91 
 
 
322 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.926603  normal  0.100351 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.88 
 
 
413 aa  108  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3225  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.22 
 
 
416 aa  109  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3219  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.43 
 
 
410 aa  107  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.304143  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3676  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.81 
 
 
443 aa  85.5  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36982  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1979  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.13 
 
 
419 aa  84.3  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4735  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.33 
 
 
450 aa  77.8  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.96581  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8852  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  22.79 
 
 
448 aa  76.6  0.0000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132899  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
407 aa  76.3  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
412 aa  74.7  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6809  hypothetical protein  43.33 
 
 
180 aa  74.3  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
404 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
411 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
388 aa  67.8  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
403 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
402 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
436 aa  66.6  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
377 aa  66.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.02 
 
 
405 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.41 
 
 
376 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
405 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
394 aa  63.5  0.000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  22.33 
 
 
447 aa  62.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  34.82 
 
 
539 aa  62.4  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  23.71 
 
 
438 aa  62.4  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  24.1 
 
 
403 aa  62  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
406 aa  61.6  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
394 aa  60.1  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  36 
 
 
434 aa  60.1  0.00000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 
389 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  22.07 
 
 
386 aa  59.7  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  37.35 
 
 
497 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  37.65 
 
 
496 aa  58.9  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.74 
 
 
425 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
412 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  34.78 
 
 
411 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0595  putative branched-chain amino acid ABC transport system, solute-binding protein  44.29 
 
 
82 aa  58.5  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
390 aa  58.2  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3347  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  24.57 
 
 
466 aa  57.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.716666  normal  0.862215 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.01 
 
 
395 aa  57.4  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 
399 aa  57  0.0000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.72 
 
 
392 aa  57  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  24.84 
 
 
395 aa  56.6  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
392 aa  57  0.0000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
380 aa  56.6  0.0000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.37 
 
 
399 aa  56.6  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  24.36 
 
 
517 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 
395 aa  55.8  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0852  hypothetical protein  28.14 
 
 
451 aa  55.8  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.344076  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  33.91 
 
 
411 aa  56.2  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
384 aa  55.8  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4369  putative branched-chain amino acid ABC transport system, solute-binding protein  31.18 
 
 
109 aa  55.8  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
395 aa  55.8  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 
379 aa  55.5  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
387 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  24.2 
 
 
406 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  24.2 
 
 
395 aa  55.1  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  23.14 
 
 
410 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
400 aa  54.7  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  24.31 
 
 
387 aa  54.7  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 
437 aa  53.9  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24 
 
 
380 aa  53.5  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  22.94 
 
 
379 aa  53.5  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  23.9 
 
 
373 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  31.63 
 
 
393 aa  53.5  0.000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  35.37 
 
 
512 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 
401 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  23.59 
 
 
370 aa  53.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  27.54 
 
 
463 aa  52.8  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
415 aa  52.4  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  20.64 
 
 
407 aa  53.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  35.56 
 
 
390 aa  53.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
400 aa  53.1  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  23.17 
 
 
395 aa  52.4  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>