132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3675 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_3675  hypothetical protein  100 
 
 
408 aa  834    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389336  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3366  hypothetical protein  43.07 
 
 
404 aa  305  8.000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.729663  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5580  hypothetical protein  43.12 
 
 
454 aa  289  5.0000000000000004e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.647703  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3271  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  39.11 
 
 
402 aa  277  2e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3169  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  38.62 
 
 
402 aa  274  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4269  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  37.56 
 
 
438 aa  272  8.000000000000001e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000244738  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3442  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  39.24 
 
 
425 aa  270  2.9999999999999997e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3119  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  38.35 
 
 
399 aa  268  2e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2700  hypothetical protein  37.79 
 
 
398 aa  266  5.999999999999999e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75707  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2955  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  39.73 
 
 
403 aa  264  2e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0324512  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4474  hypothetical protein  37.67 
 
 
417 aa  259  4e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0519  hypothetical protein  38.83 
 
 
418 aa  258  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0555  hypothetical protein  36.43 
 
 
406 aa  255  9e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3230  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.53 
 
 
403 aa  254  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3216  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  37.53 
 
 
403 aa  254  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.844613  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3245  putative branched-chain amino acid ABC transport system, solute-binding protein  35.96 
 
 
399 aa  254  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7028  hypothetical protein  38.2 
 
 
419 aa  254  3e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.557944  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6234  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  39.32 
 
 
402 aa  251  2e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6824  hypothetical protein  37.6 
 
 
401 aa  247  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.759789 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0462  hypothetical protein  36.72 
 
 
405 aa  241  1e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3002  hypothetical protein  35.84 
 
 
400 aa  236  6e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1952  hypothetical protein  37.47 
 
 
442 aa  236  8e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3895  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity-like protein  46.88 
 
 
322 aa  227  3e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.926603  normal  0.100351 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0606  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  34.63 
 
 
404 aa  225  1e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2025  hypothetical protein  37.27 
 
 
422 aa  212  7.999999999999999e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0203629  normal  0.690247 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2046  hypothetical protein  35.56 
 
 
428 aa  206  8e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.621675 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4368  hypothetical protein  39.66 
 
 
117 aa  99  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6809  hypothetical protein  42.16 
 
 
180 aa  98.2  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8852  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  26.5 
 
 
448 aa  96.7  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132899  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1979  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.54 
 
 
419 aa  92.8  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  23.87 
 
 
447 aa  82.8  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  30.51 
 
 
436 aa  77.4  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3347  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  24.93 
 
 
466 aa  76.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.716666  normal  0.862215 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0852  hypothetical protein  23.23 
 
 
451 aa  73.6  0.000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.344076  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
412 aa  72  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  25.26 
 
 
438 aa  70.9  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  23.65 
 
 
393 aa  70.9  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 
407 aa  70.1  0.00000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 
398 aa  68.6  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3676  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.17 
 
 
443 aa  67.8  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36982  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
415 aa  67.4  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.59 
 
 
399 aa  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
395 aa  65.1  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0595  putative branched-chain amino acid ABC transport system, solute-binding protein  42.68 
 
 
82 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  22.81 
 
 
407 aa  64.3  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3225  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.88 
 
 
416 aa  64.3  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.82 
 
 
413 aa  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  24.44 
 
 
517 aa  63.2  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  21.78 
 
 
406 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  29.65 
 
 
434 aa  62.8  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  23.23 
 
 
411 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  22.79 
 
 
411 aa  60.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  22.66 
 
 
411 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  25.72 
 
 
415 aa  59.7  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  25.13 
 
 
480 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  23.34 
 
 
409 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  24.35 
 
 
386 aa  58.5  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  23.93 
 
 
378 aa  58.2  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  22.99 
 
 
402 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3219  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.63 
 
 
410 aa  57.4  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.304143  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
377 aa  57  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  20.81 
 
 
539 aa  57  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4735  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.08 
 
 
450 aa  56.6  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.96581  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  23.08 
 
 
407 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 
401 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  23.39 
 
 
386 aa  56.2  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  25.19 
 
 
386 aa  55.5  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  22.29 
 
 
406 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  23.48 
 
 
411 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  20.74 
 
 
406 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.95 
 
 
512 aa  54.7  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  34.43 
 
 
441 aa  55.1  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 
384 aa  54.3  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  30 
 
 
497 aa  54.3  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  21.79 
 
 
387 aa  53.5  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  32.08 
 
 
392 aa  53.1  0.000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.31 
 
 
405 aa  53.1  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  21.69 
 
 
389 aa  52.4  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  24.1 
 
 
375 aa  52.8  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
411 aa  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
423 aa  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  22.25 
 
 
496 aa  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  34.34 
 
 
405 aa  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  22.52 
 
 
388 aa  51.2  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  21.71 
 
 
390 aa  51.2  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
395 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  22.16 
 
 
386 aa  51.6  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  33.66 
 
 
406 aa  50.8  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  20.06 
 
 
407 aa  50.4  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.28 
 
 
519 aa  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  22.7 
 
 
410 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  31.19 
 
 
399 aa  49.3  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2114  extracellular ligand-binding receptor  31.03 
 
 
474 aa  48.9  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0375175  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  23.48 
 
 
419 aa  49.3  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 
388 aa  48.5  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 
472 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
385 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.12 
 
 
425 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
385 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  24.57 
 
 
404 aa  48.9  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>