159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8852 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_8852  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  100 
 
 
448 aa  921    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132899  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3347  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  55.61 
 
 
466 aa  493  9.999999999999999e-139  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.716666  normal  0.862215 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0852  hypothetical protein  51.99 
 
 
451 aa  472  1e-132  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.344076  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  50.67 
 
 
447 aa  461  9.999999999999999e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3675  hypothetical protein  26.5 
 
 
408 aa  97.1  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389336  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.01 
 
 
407 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  28.3 
 
 
409 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  27.76 
 
 
409 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
406 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
406 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  26.24 
 
 
406 aa  73.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.49 
 
 
404 aa  73.6  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4474  hypothetical protein  24.68 
 
 
417 aa  72.8  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
409 aa  73.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  26.18 
 
 
406 aa  72.4  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5580  hypothetical protein  22.31 
 
 
454 aa  72  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.647703  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4269  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  25.12 
 
 
438 aa  71.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000244738  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1952  hypothetical protein  25.44 
 
 
442 aa  71.2  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.2 
 
 
407 aa  70.9  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
410 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  25.28 
 
 
415 aa  70.1  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 
410 aa  69.7  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.42 
 
 
395 aa  69.7  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.07 
 
 
415 aa  68.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
406 aa  67  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
401 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  23.87 
 
 
406 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  22.69 
 
 
407 aa  65.9  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3271  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  23.41 
 
 
402 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3169  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  22.78 
 
 
402 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.4 
 
 
392 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  24.37 
 
 
406 aa  64.3  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
405 aa  64.3  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
411 aa  64.3  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 
394 aa  63.2  0.000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.51 
 
 
413 aa  63.2  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  25.58 
 
 
410 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  24.01 
 
 
409 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6824  hypothetical protein  22.55 
 
 
401 aa  62  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.759789 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  23.7 
 
 
406 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3366  hypothetical protein  24.45 
 
 
404 aa  60.1  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.729663  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 
411 aa  60.1  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  25.28 
 
 
410 aa  60.1  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  24.17 
 
 
438 aa  58.9  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  38.46 
 
 
377 aa  57.8  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 
441 aa  58.5  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
412 aa  57.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  25.14 
 
 
407 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
407 aa  57.4  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  34.34 
 
 
382 aa  57  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  23.7 
 
 
410 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
411 aa  56.6  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  23.7 
 
 
411 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2700  hypothetical protein  22.87 
 
 
398 aa  56.2  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75707  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  23.41 
 
 
406 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3442  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  21.41 
 
 
425 aa  54.7  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  24.32 
 
 
400 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3216  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  21.13 
 
 
403 aa  55.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.844613  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3230  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  21.13 
 
 
403 aa  55.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  38.04 
 
 
382 aa  54.3  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3219  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.69 
 
 
410 aa  54.3  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.304143  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
384 aa  53.5  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
411 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  33.87 
 
 
517 aa  52.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2046  hypothetical protein  23.82 
 
 
428 aa  52.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.621675 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  37.37 
 
 
385 aa  52.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0049  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  37.84 
 
 
419 aa  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  37.37 
 
 
385 aa  52.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  24.3 
 
 
402 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5560  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.4 
 
 
408 aa  51.6  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
409 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  22.31 
 
 
378 aa  51.6  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.42 
 
 
399 aa  51.2  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3394  hypothetical protein  27.82 
 
 
407 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  26.57 
 
 
434 aa  50.8  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 
410 aa  50.8  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  36.46 
 
 
378 aa  50.4  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  40.74 
 
 
388 aa  50.4  0.00006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  38.24 
 
 
398 aa  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2134  Extracellular ligand-binding receptor  21.1 
 
 
412 aa  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.331611 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  24.84 
 
 
418 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8308  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.07 
 
 
561 aa  49.3  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.643873 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
436 aa  49.3  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  36.73 
 
 
385 aa  48.5  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  30.84 
 
 
398 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
435 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0519  hypothetical protein  29.41 
 
 
418 aa  48.5  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2025  hypothetical protein  22.19 
 
 
422 aa  49.3  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0203629  normal  0.690247 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
401 aa  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  34.13 
 
 
419 aa  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0270  hypothetical protein  34.13 
 
 
419 aa  48.5  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494992  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  32.94 
 
 
403 aa  48.5  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 
381 aa  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  34.44 
 
 
411 aa  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3289  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.13 
 
 
419 aa  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1838  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.13 
 
 
419 aa  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0057  putative ABC transporter, substrate-binding protein  34.13 
 
 
419 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0056  putative ABC transporter, substrate-binding protein  34.13 
 
 
419 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2714  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.13 
 
 
419 aa  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.395305  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3119  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  22.41 
 
 
399 aa  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>