15 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3792 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3792  hypothetical protein  100 
 
 		 635 aa  1260    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4696  hypothetical protein  35.82 
 
 		 541 aa  320  5e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.797222  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2293  hypothetical protein  34.13 
 
 		 526 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.289828  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1397  cytochrome c family protein, putative  29.84 
 
 		 567 aa  192  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1483  cytochrome c family protein, putative  30.79 
 
 		 563 aa  192  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3889  extracellular ligand-binding receptor  35.57 
 
 		 541 aa  80.5  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1257  ABC transporter, periplasmic-substrate binding protein, putative  28.19 
 
 		 541 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2285  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.95 
 
 		 559 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1979  cytochrome c, putative  28.29 
 
 		 516 aa  73.9  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2460  cytochrome c  31.72 
 
 		 508 aa  73.6  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.360393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2451  cytochrome c  31.72 
 
 		 558 aa  71.2  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.131224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1065  hypothetical protein  33.68 
 
 		 416 aa  70.5  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145619  normal  0.0411422 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3486  cytochrome c, putative  29.95 
 
 		 559 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0158874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2628  cytochrome c, putative  30.86 
 
 		 551 aa  68.2  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0327  hypothetical protein  29.55 
 
 		 187 aa  51.2  0.00006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.126793  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>