216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2460 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3486  cytochrome c, putative  83.27 
 
 		 559 aa  793    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0158874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2460  cytochrome c  100 
 
 		 508 aa  999    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.360393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2285  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  82.47 
 
 		 559 aa  789    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2451  cytochrome c  83.2 
 
 		 558 aa  792    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.131224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1979  cytochrome c, putative  54.84 
 
 		 516 aa  532  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3889  extracellular ligand-binding receptor  34.69 
 
 		 541 aa  240  4e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1257  ABC transporter, periplasmic-substrate binding protein, putative  31.13 
 
 		 541 aa  228  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2628  cytochrome c, putative  29.54 
 
 		 551 aa  133  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2293  hypothetical protein  27.61 
 
 		 526 aa  86.3  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.289828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 		 377 aa  84  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 382 aa  80.5  0.00000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1397  cytochrome c family protein, putative  35.4 
 
 		 567 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1483  cytochrome c family protein, putative  34.64 
 
 		 563 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3792  hypothetical protein  31.72 
 
 		 635 aa  73.6  0.000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  21.57 
 
 		 386 aa  72  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1065  hypothetical protein  32.56 
 
 		 416 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145619  normal  0.0411422 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 		 423 aa  70.1  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.21 
 
 		 517 aa  69.7  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 472 aa  67.8  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.65 
 
 		 425 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  21.2 
 
 		 390 aa  66.2  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 		 378 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 384 aa  65.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  23.32 
 
 		 379 aa  65.5  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  34.95 
 
 		 497 aa  63.9  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 		 382 aa  62.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  24.79 
 
 		 519 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0327  hypothetical protein  32.81 
 
 		 187 aa  61.6  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.126793  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  39.74 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4696  hypothetical protein  30.98 
 
 		 541 aa  60.1  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.797222  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 381 aa  59.7  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 339 aa  59.3  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  22.77 
 
 		 390 aa  58.9  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 		 373 aa  58.9  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  24.65 
 
 		 539 aa  59.3  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 		 435 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  22.02 
 
 		 407 aa  58.2  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  33.12 
 
 		 386 aa  57.8  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 		 384 aa  57.8  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 		 375 aa  57.4  0.0000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  33.93 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  35.71 
 
 		 401 aa  57  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  36.71 
 
 		 512 aa  57  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 		 370 aa  56.6  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  30.61 
 
 		 382 aa  56.6  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  32.67 
 
 		 438 aa  55.5  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  36.71 
 
 		 392 aa  55.5  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  22.85 
 
 		 480 aa  55.1  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1211  Extracellular ligand-binding receptor  28.67 
 
 		 390 aa  54.3  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.391251  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  26.38 
 
 		 379 aa  54.3  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  37.97 
 
 		 387 aa  54.3  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  22.19 
 
 		 403 aa  53.9  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 418 aa  53.9  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 379 aa  53.5  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  28.32 
 
 		 409 aa  53.5  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2389  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.39 
 
 		 382 aa  53.1  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.520842  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 		 379 aa  52.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  22.53 
 
 		 388 aa  52.8  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 		 411 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 411 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0555  hypothetical protein  27.06 
 
 		 406 aa  53.1  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 		 383 aa  52.4  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  26.54 
 
 		 406 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4474  hypothetical protein  29.81 
 
 		 417 aa  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 379 aa  52.8  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  24.35 
 
 		 393 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 		 383 aa  51.6  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  23.36 
 
 		 385 aa  51.6  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  23.36 
 
 		 385 aa  51.6  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 406 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 		 406 aa  52  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  36.71 
 
 		 387 aa  52  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  25.17 
 
 		 374 aa  51.2  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 		 379 aa  51.2  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 396 aa  51.6  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2046  hypothetical protein  25.85 
 
 		 428 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.621675 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  36.99 
 
 		 592 aa  51.2  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 379 aa  51.6  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.12 
 
 		 380 aa  50.8  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  25.79 
 
 		 400 aa  50.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  25.17 
 
 		 374 aa  50.8  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2700  hypothetical protein  32.08 
 
 		 398 aa  50.4  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 		 408 aa  50.4  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7028  hypothetical protein  32.69 
 
 		 419 aa  50.4  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.557944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 394 aa  50.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3002  hypothetical protein  26.5 
 
 		 400 aa  50.4  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  25 
 
 		 410 aa  50.4  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 		 406 aa  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  24.69 
 
 		 373 aa  50.1  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 		 381 aa  49.7  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  25 
 
 		 404 aa  50.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  22.64 
 
 		 410 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 		 406 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  30.3 
 
 		 393 aa  50.1  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  28.87 
 
 		 415 aa  49.7  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.47 
 
 		 391 aa  49.7  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 		 379 aa  49.7  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>