More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2389 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2389  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  100 
 
 
382 aa  775    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.520842  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  41.18 
 
 
372 aa  286  4e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0532  Extracellular ligand-binding receptor  39.94 
 
 
370 aa  280  3e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0390708  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2331  Extracellular ligand-binding receptor  38.35 
 
 
377 aa  230  4e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2232  extracellular ligand-binding receptor  37.39 
 
 
373 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2773  Extracellular ligand-binding receptor  37.46 
 
 
413 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2947  extracellular ligand-binding receptor  35.82 
 
 
367 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.752891  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2831  substrate-binding protein, putative  36.55 
 
 
375 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00332473  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0744  Extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 
381 aa  187  3e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0561  Extracellular ligand-binding receptor  30.52 
 
 
368 aa  151  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.378991  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
402 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
384 aa  140  3.9999999999999997e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
404 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.51 
 
 
404 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
404 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 
376 aa  132  9e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  24.28 
 
 
419 aa  125  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.53 
 
 
388 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  24.07 
 
 
392 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
374 aa  119  7e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  22.52 
 
 
373 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
396 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2361  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.95 
 
 
385 aa  108  2e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 
383 aa  107  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 
399 aa  106  9e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
381 aa  105  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
376 aa  103  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.42 
 
 
396 aa  103  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2810  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
377 aa  102  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079562  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
373 aa  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
369 aa  101  3e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
380 aa  100  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  23.19 
 
 
386 aa  100  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
395 aa  100  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
397 aa  99  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
376 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
398 aa  98.2  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.26 
 
 
391 aa  97.4  3e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 
388 aa  96.7  5e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  23.14 
 
 
381 aa  96.7  6e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
392 aa  96.3  7e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 
393 aa  96.3  8e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.82 
 
 
399 aa  95.9  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  25.24 
 
 
397 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  25.24 
 
 
397 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  24.15 
 
 
371 aa  94.7  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.92 
 
 
397 aa  93.2  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  23.67 
 
 
390 aa  93.2  7e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
386 aa  92.4  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  24.31 
 
 
379 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.68 
 
 
399 aa  92  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  22.74 
 
 
393 aa  92  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 
397 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
376 aa  90.1  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
373 aa  89.7  7e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.84 
 
 
376 aa  89.7  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
401 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 
380 aa  89.4  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000952162  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
368 aa  88.2  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.92 
 
 
402 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.91 
 
 
395 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  33.17 
 
 
396 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  33.17 
 
 
396 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  24.38 
 
 
391 aa  88.6  2e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  23.77 
 
 
409 aa  87.4  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2873  extracellular ligand-binding receptor  24.1 
 
 
394 aa  87.8  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 
401 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
379 aa  87.8  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  21.35 
 
 
390 aa  87.4  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  27.22 
 
 
380 aa  87.4  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  32.77 
 
 
384 aa  87  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.22 
 
 
380 aa  87.4  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.22 
 
 
380 aa  87.4  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
370 aa  87.4  4e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
381 aa  87  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
375 aa  87  5e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.22 
 
 
376 aa  86.7  7e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
386 aa  86.7  7e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.22 
 
 
380 aa  86.3  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
389 aa  86.3  8e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.22 
 
 
380 aa  86.3  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.22 
 
 
380 aa  86.3  8e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0701  Extracellular ligand-binding receptor  21.34 
 
 
377 aa  85.5  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0183935  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
389 aa  85.5  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  24.1 
 
 
386 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  24.27 
 
 
397 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 
401 aa  85.9  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
371 aa  85.5  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 
400 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
372 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
400 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  23.5 
 
 
393 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.92 
 
 
380 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5221  Extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 
379 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.029602  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1045  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
378 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
384 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
376 aa  85.1  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
381 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 
376 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 
380 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>