More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2773 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2773  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
413 aa  821    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2232  extracellular ligand-binding receptor  46.65 
 
 
373 aa  311  1e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2831  substrate-binding protein, putative  41.4 
 
 
375 aa  241  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00332473  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2389  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  36.83 
 
 
382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.520842  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0744  Extracellular ligand-binding receptor  40.41 
 
 
381 aa  225  1e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2331  Extracellular ligand-binding receptor  38.78 
 
 
377 aa  224  2e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  35.52 
 
 
372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0532  Extracellular ligand-binding receptor  34.07 
 
 
370 aa  184  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0390708  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2947  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
367 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.752891  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
384 aa  147  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
376 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
404 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  31.49 
 
 
404 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.49 
 
 
404 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  30.64 
 
 
402 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 
419 aa  132  1.0000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
380 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 
386 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 
386 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
380 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.76 
 
 
380 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.35 
 
 
380 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
391 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
391 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 
380 aa  123  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  30.36 
 
 
380 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.36 
 
 
380 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
394 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.36 
 
 
380 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0561  Extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 
368 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.378991  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.36 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.36 
 
 
376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.36 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.36 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 
383 aa  120  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.06 
 
 
380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.06 
 
 
380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  30.06 
 
 
372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.06 
 
 
380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  30.06 
 
 
380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.06 
 
 
380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
392 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
369 aa  120  4.9999999999999996e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
390 aa  120  6e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  25.07 
 
 
392 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.45 
 
 
396 aa  117  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 
380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.76 
 
 
378 aa  117  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 
399 aa  114  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25 
 
 
388 aa  113  6e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.7 
 
 
384 aa  113  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.47 
 
 
391 aa  113  7.000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
395 aa  112  9e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 
384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 
401 aa  112  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
400 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 
398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
384 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 
401 aa  110  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.13 
 
 
380 aa  108  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2361  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.86 
 
 
385 aa  109  1e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
396 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
394 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 
372 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 
383 aa  107  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  27.87 
 
 
383 aa  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
397 aa  107  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
393 aa  106  7e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
401 aa  106  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
399 aa  106  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  28.66 
 
 
336 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
401 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
381 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.53 
 
 
402 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 
370 aa  104  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
376 aa  102  8e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
369 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
399 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 
386 aa  100  4e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
380 aa  100  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  27.06 
 
 
371 aa  99.8  7e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.5 
 
 
399 aa  99.8  7e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
380 aa  100  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
371 aa  99  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
398 aa  99  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
385 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
380 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 
390 aa  98.2  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
460 aa  97.8  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
389 aa  97.8  3e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.49 
 
 
399 aa  98.2  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>